287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4160 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4160  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
690 aa  1399    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0349949 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  38.21 
 
 
705 aa  436  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.54 
 
 
707 aa  432  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.33 
 
 
726 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  38.51 
 
 
702 aa  427  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  38.55 
 
 
720 aa  424  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  37.89 
 
 
709 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.2 
 
 
724 aa  419  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5502  putative alcohol dehydrogenase  38.21 
 
 
712 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210225  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  37.5 
 
 
730 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  37.65 
 
 
726 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  38.11 
 
 
718 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  37.84 
 
 
718 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  38.2 
 
 
738 aa  404  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.31 
 
 
697 aa  405  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  37.8 
 
 
698 aa  403  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0262  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.09 
 
 
737 aa  403  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0206165  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  35.93 
 
 
721 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  36.77 
 
 
706 aa  397  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0905  alcohol dehydrogenase  36.22 
 
 
711 aa  384  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.879569  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0379  Pyrrolo-quinoline quinone  36.58 
 
 
727 aa  378  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2227  Pyrrolo-quinoline quinone  36.25 
 
 
705 aa  368  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2878  Pyrrolo-quinoline quinone  34.38 
 
 
727 aa  334  4e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  36.44 
 
 
554 aa  278  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  33.4 
 
 
562 aa  259  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6478  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.08 
 
 
606 aa  254  5.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.975384  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  34.26 
 
 
579 aa  251  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.04 
 
 
584 aa  249  9e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.04 
 
 
584 aa  247  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2578  putative PQQ dehydrogenase protein  31.45 
 
 
600 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2427  methanol dehydrogenase-like protein (xoxF)  30.94 
 
 
605 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0410852  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  33.4 
 
 
602 aa  245  1.9999999999999999e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1236  Pyrrolo-quinoline quinone  31.45 
 
 
600 aa  246  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.21 
 
 
601 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  32.43 
 
 
580 aa  242  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.71 
 
 
576 aa  241  4e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  32.04 
 
 
580 aa  240  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4686  Pyrrolo-quinoline quinone  33.98 
 
 
607 aa  240  8e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.829526 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  30.81 
 
 
587 aa  239  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  31.98 
 
 
591 aa  239  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.35 
 
 
587 aa  239  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.35 
 
 
587 aa  239  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2260  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.5 
 
 
601 aa  238  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  29.84 
 
 
600 aa  236  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.65 
 
 
631 aa  236  8e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1932  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.85 
 
 
592 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0203998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  32.46 
 
 
631 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.9 
 
 
595 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0851  Pyrrolo-quinoline quinone  31.72 
 
 
558 aa  234  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  30.9 
 
 
595 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  32.46 
 
 
631 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  31.84 
 
 
601 aa  234  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  30.71 
 
 
595 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.08 
 
 
608 aa  233  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520136  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.82 
 
 
597 aa  232  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  31.57 
 
 
613 aa  231  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4972  Pyrrolo-quinoline quinone  31.84 
 
 
608 aa  231  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.779778  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.7 
 
 
579 aa  229  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  31.05 
 
 
616 aa  228  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.64 
 
 
589 aa  227  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0099  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.77 
 
 
605 aa  227  6e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.850532  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  31.52 
 
 
623 aa  227  7e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  31.27 
 
 
620 aa  226  8e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.84 
 
 
588 aa  226  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  30.55 
 
 
602 aa  226  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  31.52 
 
 
623 aa  226  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1595  putative alcohol dehydrogenase  31.55 
 
 
561 aa  226  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  31.66 
 
 
599 aa  224  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0299  methanol dehydrogenase protein, large subunit, putative  31.51 
 
 
619 aa  223  7e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0065801  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  30.78 
 
 
601 aa  223  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  32.55 
 
 
549 aa  223  8e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3106  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.52 
 
 
606 aa  223  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  31.97 
 
 
601 aa  223  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  31.4 
 
 
587 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2344  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.13 
 
 
611 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0903405  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3733  Pyrrolo-quinoline quinone  31.58 
 
 
562 aa  220  7e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5752  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.6 
 
 
599 aa  220  7.999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0649397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1717  Pyrrolo-quinoline quinone  30.92 
 
 
620 aa  219  8.999999999999998e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000584084  unclonable  0.000000429175 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2082  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.98 
 
 
588 aa  219  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.687191  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  32.24 
 
 
588 aa  218  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  31.13 
 
 
587 aa  219  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2994  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.88 
 
 
613 aa  219  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  29.68 
 
 
583 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.21 
 
 
582 aa  217  5e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2145  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  31.02 
 
 
601 aa  217  7e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.885263  normal  0.307838 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1809  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.02 
 
 
601 aa  217  7e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2044  Pyrrolo-quinoline quinone  30.58 
 
 
599 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.115508  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0508  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.21 
 
 
601 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619983  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5977  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  31.41 
 
 
600 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.391325  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3393  putative methanol dehydrogenase protein, large subunit  29.3 
 
 
606 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.078697  normal  0.0119159 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  31.66 
 
 
593 aa  215  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1761  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  30.83 
 
 
601 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0779  methanol dehydrogenase protein, large subunit  29.91 
 
 
601 aa  213  7.999999999999999e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0879687  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  30.9 
 
 
604 aa  213  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  29.23 
 
 
600 aa  213  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2415  putative quinoprotein alcohol dehydrogenase  30.87 
 
 
577 aa  212  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0421  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  31.84 
 
 
590 aa  211  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  29.48 
 
 
615 aa  211  4e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3387  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  30.52 
 
 
601 aa  210  5e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3149  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  30.97 
 
 
631 aa  210  8e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>