More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6242 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  62.22 
 
 
595 aa  730    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  62.22 
 
 
595 aa  731    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  61.58 
 
 
587 aa  753    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  61.96 
 
 
588 aa  754    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  70.72 
 
 
593 aa  827    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  77.99 
 
 
580 aa  946    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  70.23 
 
 
602 aa  821    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  62.05 
 
 
595 aa  729    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  78.96 
 
 
584 aa  933    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  100 
 
 
597 aa  1211    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  78.62 
 
 
582 aa  965    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  62.12 
 
 
587 aa  735    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  62.35 
 
 
587 aa  751    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  62.61 
 
 
589 aa  730    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  61.9 
 
 
579 aa  730    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  57.96 
 
 
602 aa  698    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  63.81 
 
 
591 aa  751    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  66.31 
 
 
579 aa  764    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  78.26 
 
 
549 aa  890    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  78.6 
 
 
584 aa  930    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  81.35 
 
 
580 aa  994    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  62.12 
 
 
587 aa  735    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  61.48 
 
 
588 aa  727    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  62.12 
 
 
587 aa  733    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  51.97 
 
 
623 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  52.81 
 
 
623 aa  598  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  51.71 
 
 
620 aa  598  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  51.78 
 
 
631 aa  594  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  51.1 
 
 
631 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  51.1 
 
 
631 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0476  quinoprotein alcohol dehydrogenase  50.99 
 
 
618 aa  580  1e-164  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0260666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  41.52 
 
 
554 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  38.58 
 
 
570 aa  372  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3242  Pyrrolo-quinoline quinone  39.27 
 
 
573 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00434002  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.1 
 
 
573 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  39.27 
 
 
573 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5972  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  40.44 
 
 
575 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0151209 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7192  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  40.51 
 
 
575 aa  375  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.426546  normal  0.582027 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5895  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.58 
 
 
575 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136104  normal  0.867214 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6162  Pyrrolo-quinoline quinone  39.41 
 
 
575 aa  369  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114811  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  37.88 
 
 
562 aa  367  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0306  putative alcohol dehydrogenase  38.58 
 
 
575 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100044  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.33 
 
 
576 aa  360  5e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  39.32 
 
 
583 aa  359  9e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0299  methanol dehydrogenase protein, large subunit, putative  38.55 
 
 
619 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0065801  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0363  putative alcohol dehydrogenase precursor  38.43 
 
 
572 aa  356  5.999999999999999e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  38.36 
 
 
705 aa  348  1e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3639  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.5 
 
 
566 aa  342  9e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347084  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  39.73 
 
 
601 aa  342  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.53 
 
 
601 aa  340  5e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0476  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.99 
 
 
600 aa  339  7e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3387  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.23 
 
 
601 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  36.95 
 
 
601 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5977  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.77 
 
 
600 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.391325  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2017  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  36.18 
 
 
592 aa  337  5e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.115973  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4972  Pyrrolo-quinoline quinone  36.44 
 
 
608 aa  336  5.999999999999999e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.779778  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4686  Pyrrolo-quinoline quinone  39.48 
 
 
607 aa  335  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.829526 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  37.09 
 
 
600 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2578  putative PQQ dehydrogenase protein  39.16 
 
 
600 aa  335  2e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  36.62 
 
 
600 aa  335  2e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1236  Pyrrolo-quinoline quinone  39.16 
 
 
600 aa  335  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  39.03 
 
 
601 aa  335  2e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.29 
 
 
599 aa  332  1e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1932  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.79 
 
 
592 aa  329  9e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0203998 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.65 
 
 
608 aa  328  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520136  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.33 
 
 
726 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2427  methanol dehydrogenase-like protein (xoxF)  37.26 
 
 
605 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0410852  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5752  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.68 
 
 
599 aa  327  3e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0649397 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  37.69 
 
 
720 aa  327  6e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1809  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.58 
 
 
601 aa  326  7e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1761  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.3 
 
 
601 aa  326  7e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2145  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.58 
 
 
601 aa  326  7e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.885263  normal  0.307838 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  37.36 
 
 
616 aa  326  9e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.06 
 
 
724 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.97 
 
 
707 aa  325  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.42 
 
 
613 aa  325  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0262  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.79 
 
 
737 aa  324  3e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0206165  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2344  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38 
 
 
611 aa  323  4e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0903405  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0099  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.51 
 
 
605 aa  323  5e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.850532  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3106  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.65 
 
 
606 aa  323  7e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2260  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.04 
 
 
601 aa  323  7e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0508  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.77 
 
 
601 aa  323  8e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619983  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6478  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.09 
 
 
606 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.975384  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3393  putative methanol dehydrogenase protein, large subunit  37.88 
 
 
606 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.078697  normal  0.0119159 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  36.9 
 
 
718 aa  321  3e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  36.07 
 
 
702 aa  321  3e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0421  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.52 
 
 
590 aa  320  6e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  37.18 
 
 
718 aa  319  7.999999999999999e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5502  putative alcohol dehydrogenase  36.61 
 
 
712 aa  318  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210225  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2994  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.64 
 
 
613 aa  318  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  36.85 
 
 
738 aa  317  4e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  38.65 
 
 
604 aa  317  4e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  36.31 
 
 
615 aa  317  5e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.72 
 
 
697 aa  317  6e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3937  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  37.35 
 
 
580 aa  316  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.79845 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  36.54 
 
 
698 aa  316  9e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  37.59 
 
 
730 aa  316  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3149  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.3 
 
 
631 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  38.13 
 
 
706 aa  313  3.9999999999999997e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  37 
 
 
726 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>