134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1585 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1585  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 282 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0856617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5951  putative methanol oxidation protein  58.6 
 
 		 291 aa  341  8e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.834577  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3941  extracellular solute-binding protein  51.87 
 
 		 285 aa  259  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.792832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0478  extracellular solute-binding protein family 3  45.72 
 
 		 282 aa  251  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0022  extracellular solute-binding protein  52.32 
 
 		 270 aa  248  8e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1238  extracellular solute-binding protein  50.82 
 
 		 274 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.532355 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2580  putative methanol oxidation protein  50.41 
 
 		 274 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1943  extracellular solute-binding protein  48.77 
 
 		 270 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1779  extracellular solute-binding protein  48.33 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.117507  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0510  extracellular solute-binding protein  47.54 
 
 		 286 aa  226  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0862535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5979  extracellular solute-binding protein family 3  44.67 
 
 		 288 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.077375  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5754  extracellular solute-binding protein  43.9 
 
 		 298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.707188 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2147  extracellular solute-binding protein family 3  43.72 
 
 		 284 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1811  extracellular solute-binding protein  43.72 
 
 		 284 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.893534 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1763  extracellular solute-binding protein family 3  42.91 
 
 		 284 aa  211  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.863479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2993  extracellular solute-binding protein  43.67 
 
 		 287 aa  209  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23641  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0098  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 278 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2345  extracellular solute-binding protein family 3  42.56 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.366121  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3042  extracellular solute-binding protein family 3  40.83 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2313  extracellular solute-binding protein  40.68 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000951817  unclonable  0.000000229382 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2425  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  36.33 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0414883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6352  extracellular solute-binding protein  39.59 
 
 		 273 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.756783 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3108  extracellular solute-binding protein  40.08 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6476  extracellular solute-binding protein  35.76 
 
 		 304 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33826  normal  0.119349 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3395  MxaJ protein  39.43 
 
 		 291 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00965407 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3386  extracellular solute-binding protein family 3  40.76 
 
 		 272 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0300  MxaJ protein  39.68 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4974  extracellular solute-binding protein  36.86 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0769997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2791  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0699  extracellular solute-binding protein family 3  38.68 
 
 		 282 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2043  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 		 280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3148  Ankyrin  32.92 
 
 		 581 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4209  extracellular solute-binding protein  30.52 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.352464  normal  0.132236 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4149  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.514926 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4517  extracellular solute-binding protein family 3  31.03 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.627659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0472  extracellular solute-binding protein family 3  29.32 
 
 		 285 aa  110  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1908  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 309 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.365185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4631  extracellular solute-binding protein family 3  30.77 
 
 		 292 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.548325 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2994  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 		 276 aa  104  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141592  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1828  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8039  extracellular solute-binding protein family 3  29.96 
 
 		 281 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.465628  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1590  hypothetical protein  30.32 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.85132  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0780  MxaJ protein  26.97 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.173014  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 250 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0683  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.732102  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  28.03 
 
 		 282 aa  54.3  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 259 aa  53.5  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0125  extracellular solute-binding protein family 3  28.9 
 
 		 270 aa  53.1  0.000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 262 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2392  extracellular solute-binding protein family 3  22.22 
 
 		 255 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.13 
 
 		 259 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  21.34 
 
 		 255 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  24.73 
 
 		 260 aa  49.7  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.13 
 
 		 259 aa  49.3  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.13 
 
 		 259 aa  49.3  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.13 
 
 		 259 aa  49.3  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.13 
 
 		 259 aa  49.3  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0187  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 253 aa  48.9  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.056665 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5590  extracellular solute-binding protein family 3  27.63 
 
 		 277 aa  48.5  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.332068  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02234  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  27.43 
 
 		 260 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1347  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.43 
 
 		 260 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00212497  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  25.98 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.98 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.68 
 
 		 259 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2962  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 287 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  25.98 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02194  hypothetical protein  27.43 
 
 		 260 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.68 
 
 		 259 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.98 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18700  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  32.37 
 
 		 273 aa  47.8  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.7204  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2858  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.03 
 
 		 260 aa  48.1  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  0.227891 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2459  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  27.43 
 
 		 260 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2603  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  27.43 
 
 		 260 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  26.94 
 
 		 265 aa  48.1  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1343  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.43 
 
 		 260 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.908604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2465  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  27.43 
 
 		 260 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2687  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  27.43 
 
 		 260 aa  47.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.859955  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3449  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  27.43 
 
 		 260 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1804  extracellular solute-binding protein family 3  24.49 
 
 		 267 aa  47.4  0.0003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.33 
 
 		 266 aa  47  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1692  extracellular solute-binding protein family 3  25.69 
 
 		 258 aa  47  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.350495 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 		 266 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 266 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 		 266 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 		 266 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 266 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 252 aa  47  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.49 
 
 		 264 aa  47  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.49 
 
 		 264 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  25.49 
 
 		 264 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.23 
 
 		 259 aa  46.2  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.77 
 
 		 259 aa  46.2  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1122  extracellular solute-binding protein family 3  30.41 
 
 		 266 aa  45.8  0.0009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  28 
 
 		 251 aa  45.4  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2595  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  27 
 
 		 260 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2583  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  27 
 
 		 260 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.17472 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>