63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3941 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3941  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 285 aa  579  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.792832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0478  extracellular solute-binding protein family 3  68.75 
 
 		 282 aa  377  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1238  extracellular solute-binding protein  66.94 
 
 		 274 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.532355 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2580  putative methanol oxidation protein  66.12 
 
 		 274 aa  352  4e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1943  extracellular solute-binding protein  61 
 
 		 270 aa  345  6e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0022  extracellular solute-binding protein  63.2 
 
 		 270 aa  330  2e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5951  putative methanol oxidation protein  51.06 
 
 		 291 aa  277  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.834577  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1585  extracellular solute-binding protein family 3  51.87 
 
 		 282 aa  259  4e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0856617 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1779  extracellular solute-binding protein  49.59 
 
 		 307 aa  250  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.117507  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5979  extracellular solute-binding protein family 3  46.15 
 
 		 288 aa  217  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.077375  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1811  extracellular solute-binding protein  42.55 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.893534 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2147  extracellular solute-binding protein family 3  42.55 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5754  extracellular solute-binding protein  45.34 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.707188 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0510  extracellular solute-binding protein  42.59 
 
 		 286 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0862535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1763  extracellular solute-binding protein family 3  42.53 
 
 		 284 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.863479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3395  MxaJ protein  40.8 
 
 		 291 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00965407 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2345  extracellular solute-binding protein family 3  37.05 
 
 		 277 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.366121  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0098  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 		 278 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6352  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 		 273 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.756783 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2425  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  39.3 
 
 		 303 aa  168  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0414883  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0699  extracellular solute-binding protein family 3  40.08 
 
 		 282 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3386  extracellular solute-binding protein family 3  42.02 
 
 		 272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3042  extracellular solute-binding protein family 3  38.46 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6476  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33826  normal  0.119349 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2993  extracellular solute-binding protein  35.68 
 
 		 287 aa  159  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23641  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3108  extracellular solute-binding protein  37.16 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4974  extracellular solute-binding protein  38.65 
 
 		 291 aa  151  8.999999999999999e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0769997  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0300  MxaJ protein  35.97 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2313  extracellular solute-binding protein  32.75 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000951817  unclonable  0.000000229382 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2791  extracellular solute-binding protein  35.12 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3148  Ankyrin  29.71 
 
 		 581 aa  103  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2043  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 280 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1908  extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.365185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4149  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.514926 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4517  extracellular solute-binding protein family 3  29.89 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.627659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4631  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 		 292 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.548325 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4209  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 		 302 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.352464  normal  0.132236 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1828  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 		 283 aa  88.6  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8039  extracellular solute-binding protein family 3  32.67 
 
 		 281 aa  87  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.465628  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0472  extracellular solute-binding protein family 3  28.06 
 
 		 285 aa  85.1  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2994  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141592  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1590  hypothetical protein  26.26 
 
 		 262 aa  55.5  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.85132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3735  extracellular solute-binding protein family 3  25.7 
 
 		 277 aa  54.7  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0780  MxaJ protein  27.27 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.173014  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 263 aa  49.3  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 		 264 aa  46.6  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 250 aa  46.6  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.4 
 
 		 755 aa  45.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2962  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 287 aa  45.4  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 248 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.99 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  24.15 
 
 		 264 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  24.61 
 
 		 260 aa  44.3  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.15 
 
 		 264 aa  45.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  22.22 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  24.15 
 
 		 264 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.15 
 
 		 264 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.31 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.22 
 
 		 264 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.22 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 273 aa  43.1  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3557  extracellular solute-binding protein family 3  30.36 
 
 		 290 aa  42.4  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.838933 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>