55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6352 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6352  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 273 aa  554  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.756783 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2345  extracellular solute-binding protein family 3  60.31 
 
 		 277 aa  316  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.366121  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0098  extracellular solute-binding protein  61.45 
 
 		 278 aa  310  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2993  extracellular solute-binding protein  61.22 
 
 		 287 aa  295  7e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23641  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3386  extracellular solute-binding protein family 3  54.22 
 
 		 272 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0699  extracellular solute-binding protein family 3  49.8 
 
 		 282 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1585  extracellular solute-binding protein family 3  39.59 
 
 		 282 aa  180  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0856617 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2313  extracellular solute-binding protein  41.74 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000951817  unclonable  0.000000229382 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1763  extracellular solute-binding protein family 3  40 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.863479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0022  extracellular solute-binding protein  41.49 
 
 		 270 aa  171  9e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5951  putative methanol oxidation protein  38.43 
 
 		 291 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.834577  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3941  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 		 285 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.792832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1811  extracellular solute-binding protein  37.72 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.893534 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2147  extracellular solute-binding protein family 3  37.72 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5979  extracellular solute-binding protein family 3  38.49 
 
 		 288 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.077375  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5754  extracellular solute-binding protein  39.67 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.707188 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0510  extracellular solute-binding protein  39.26 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0862535  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0300  MxaJ protein  36.53 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0478  extracellular solute-binding protein family 3  38.49 
 
 		 282 aa  159  6e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3395  MxaJ protein  38.55 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00965407 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1779  extracellular solute-binding protein  39.1 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.117507  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1238  extracellular solute-binding protein  40.34 
 
 		 274 aa  155  9e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.532355 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2580  putative methanol oxidation protein  39.92 
 
 		 274 aa  153  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6476  extracellular solute-binding protein  35.34 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33826  normal  0.119349 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1943  extracellular solute-binding protein  39.92 
 
 		 270 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2791  extracellular solute-binding protein  37.15 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2425  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  35.38 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0414883  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3042  extracellular solute-binding protein family 3  36.67 
 
 		 296 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3108  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 		 293 aa  132  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4974  extracellular solute-binding protein  35.94 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0769997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4517  extracellular solute-binding protein family 3  36.92 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.627659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4149  extracellular solute-binding protein  37.31 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.514926 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3148  Ankyrin  34.43 
 
 		 581 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4631  extracellular solute-binding protein family 3  36.9 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.548325 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2043  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 280 aa  122  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4209  extracellular solute-binding protein  36.22 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.352464  normal  0.132236 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0472  extracellular solute-binding protein family 3  34.89 
 
 		 285 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8039  extracellular solute-binding protein family 3  32.81 
 
 		 281 aa  105  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.465628  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1908  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 309 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.365185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2994  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141592  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1828  extracellular solute-binding protein  31.5 
 
 		 283 aa  92.8  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0780  MxaJ protein  31.18 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.173014  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0574  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.33 
 
 		 510 aa  55.5  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1590  hypothetical protein  28.24 
 
 		 262 aa  54.7  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.85132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 248 aa  52  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 276 aa  49.3  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  26.64 
 
 		 257 aa  48.1  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.61 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 		 222 aa  47.4  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  28.34 
 
 		 260 aa  45.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5123  extracellular solute-binding protein family 3  26.21 
 
 		 252 aa  45.4  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815904  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0324  arginine ABC-transporter, arginine binding protein  29.63 
 
 		 242 aa  43.9  0.003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.592181  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0700  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  25.58 
 
 		 243 aa  43.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.347684  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 		 252 aa  42.7  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 252 aa  42.7  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>