43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3108 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3108  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 293 aa  596  1e-169  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3042  extracellular solute-binding protein family 3  68.5 
 
 		 296 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3395  MxaJ protein  65.52 
 
 		 291 aa  372  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00965407 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2425  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  45.79 
 
 		 303 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0414883  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0300  MxaJ protein  50 
 
 		 284 aa  261  8e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6476  extracellular solute-binding protein  40.83 
 
 		 304 aa  246  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33826  normal  0.119349 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4974  extracellular solute-binding protein  43.5 
 
 		 291 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0769997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1585  extracellular solute-binding protein family 3  40.08 
 
 		 282 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0856617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5951  putative methanol oxidation protein  36.3 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.834577  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3941  extracellular solute-binding protein  37.55 
 
 		 285 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.792832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1943  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1779  extracellular solute-binding protein  36.19 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.117507  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1811  extracellular solute-binding protein  36.24 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.893534 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2147  extracellular solute-binding protein family 3  36.24 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0699  extracellular solute-binding protein family 3  36.76 
 
 		 282 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0478  extracellular solute-binding protein family 3  36.09 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1238  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 		 274 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.532355 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2580  putative methanol oxidation protein  36.02 
 
 		 274 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0510  extracellular solute-binding protein  35.42 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0862535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5979  extracellular solute-binding protein family 3  36.92 
 
 		 288 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.077375  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3148  Ankyrin  36.02 
 
 		 581 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1763  extracellular solute-binding protein family 3  35.09 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.863479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5754  extracellular solute-binding protein  35.77 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.707188 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0022  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 270 aa  137  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2345  extracellular solute-binding protein family 3  33.82 
 
 		 277 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.366121  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2313  extracellular solute-binding protein  33.1 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000951817  unclonable  0.000000229382 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2791  extracellular solute-binding protein  32.95 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6352  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 		 273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.756783 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2993  extracellular solute-binding protein  33.99 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23641  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0098  extracellular solute-binding protein  32.81 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3386  extracellular solute-binding protein family 3  32.81 
 
 		 272 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2043  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 280 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1908  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.365185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1828  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 283 aa  70.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4149  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.514926 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2994  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141592  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4517  extracellular solute-binding protein family 3  26.9 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.627659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8039  extracellular solute-binding protein family 3  27 
 
 		 281 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.465628  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0472  extracellular solute-binding protein family 3  25.52 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4209  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.352464  normal  0.132236 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4631  extracellular solute-binding protein family 3  25.56 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.548325 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0780  MxaJ protein  27.66 
 
 		 190 aa  53.5  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.173014  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1590  hypothetical protein  26.98 
 
 		 262 aa  43.5  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.85132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>