44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3042 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3042  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 296 aa  605  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3395  MxaJ protein  71.15 
 
 		 291 aa  395  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00965407 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3108  extracellular solute-binding protein  69.23 
 
 		 293 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0300  MxaJ protein  48.16 
 
 		 284 aa  271  1e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2425  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  44.48 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0414883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6476  extracellular solute-binding protein  40.62 
 
 		 304 aa  242  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33826  normal  0.119349 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4974  extracellular solute-binding protein  45.56 
 
 		 291 aa  229  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0769997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1585  extracellular solute-binding protein family 3  40.83 
 
 		 282 aa  193  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0856617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5951  putative methanol oxidation protein  39.8 
 
 		 291 aa  189  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.834577  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1943  extracellular solute-binding protein  39.33 
 
 		 270 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3941  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 		 285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.792832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1779  extracellular solute-binding protein  37.4 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.117507  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0510  extracellular solute-binding protein  35.79 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0862535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1238  extracellular solute-binding protein  39.92 
 
 		 274 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.532355 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0478  extracellular solute-binding protein family 3  36.7 
 
 		 282 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5754  extracellular solute-binding protein  38.55 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.707188 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5979  extracellular solute-binding protein family 3  38.55 
 
 		 288 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.077375  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2580  putative methanol oxidation protein  39.52 
 
 		 274 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2147  extracellular solute-binding protein family 3  36.21 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1811  extracellular solute-binding protein  36.21 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.893534 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0699  extracellular solute-binding protein family 3  35.82 
 
 		 282 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2345  extracellular solute-binding protein family 3  37.54 
 
 		 277 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.366121  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0022  extracellular solute-binding protein  36.13 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1763  extracellular solute-binding protein family 3  37.12 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.863479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2313  extracellular solute-binding protein  35.89 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000951817  unclonable  0.000000229382 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2993  extracellular solute-binding protein  35.52 
 
 		 287 aa  145  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23641  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6352  extracellular solute-binding protein  36.67 
 
 		 273 aa  145  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.756783 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0098  extracellular solute-binding protein  35.16 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3148  Ankyrin  35.97 
 
 		 581 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3386  extracellular solute-binding protein family 3  31.6 
 
 		 272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2791  extracellular solute-binding protein  31.66 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2043  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 		 280 aa  99  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1908  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 309 aa  92.8  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.365185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1828  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 283 aa  82.4  0.000000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4149  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.514926 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2994  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 276 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141592  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4517  extracellular solute-binding protein family 3  27.34 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.627659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4209  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.352464  normal  0.132236 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4631  extracellular solute-binding protein family 3  26.87 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.548325 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8039  extracellular solute-binding protein family 3  29.39 
 
 		 281 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.465628  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0472  extracellular solute-binding protein family 3  25.95 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0780  MxaJ protein  26.09 
 
 		 190 aa  57  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.173014  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3735  extracellular solute-binding protein family 3  25.35 
 
 		 277 aa  51.2  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1590  hypothetical protein  22.87 
 
 		 262 aa  44.3  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.85132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>