78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1943 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1943  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 270 aa  545  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1238  extracellular solute-binding protein  88.35 
 
 		 274 aa  461  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.532355 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2580  putative methanol oxidation protein  87.55 
 
 		 274 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3941  extracellular solute-binding protein  61 
 
 		 285 aa  345  5e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.792832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0022  extracellular solute-binding protein  62.22 
 
 		 270 aa  340  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0478  extracellular solute-binding protein family 3  60.84 
 
 		 282 aa  338  5.9999999999999996e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1779  extracellular solute-binding protein  50.81 
 
 		 307 aa  242  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.117507  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1585  extracellular solute-binding protein family 3  48.77 
 
 		 282 aa  241  7e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0856617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5951  putative methanol oxidation protein  46.06 
 
 		 291 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.834577  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0510  extracellular solute-binding protein  43.31 
 
 		 286 aa  209  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0862535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5979  extracellular solute-binding protein family 3  43.72 
 
 		 288 aa  205  8e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.077375  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5754  extracellular solute-binding protein  43.72 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.707188 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2147  extracellular solute-binding protein family 3  41.06 
 
 		 284 aa  202  7e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1811  extracellular solute-binding protein  41.06 
 
 		 284 aa  202  7e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.893534 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1763  extracellular solute-binding protein family 3  40.64 
 
 		 284 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.863479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2345  extracellular solute-binding protein family 3  40.5 
 
 		 277 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.366121  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3042  extracellular solute-binding protein family 3  39.33 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4974  extracellular solute-binding protein  39 
 
 		 291 aa  165  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0769997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2993  extracellular solute-binding protein  38.59 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23641  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0300  MxaJ protein  37.05 
 
 		 284 aa  159  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0098  extracellular solute-binding protein  38.17 
 
 		 278 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3395  MxaJ protein  35.22 
 
 		 291 aa  158  7e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00965407 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2425  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  33.81 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0414883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3108  extracellular solute-binding protein  37.36 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6352  extracellular solute-binding protein  39.92 
 
 		 273 aa  152  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.756783 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6476  extracellular solute-binding protein  32.13 
 
 		 304 aa  141  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33826  normal  0.119349 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0699  extracellular solute-binding protein family 3  37.92 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2313  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000951817  unclonable  0.000000229382 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3386  extracellular solute-binding protein family 3  34.03 
 
 		 272 aa  122  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2791  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 289 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2043  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 280 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4149  extracellular solute-binding protein  31.32 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.514926 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1908  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.365185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4517  extracellular solute-binding protein family 3  31.37 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.627659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4209  extracellular solute-binding protein  31.6 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.352464  normal  0.132236 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3148  Ankyrin  28.94 
 
 		 581 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4631  extracellular solute-binding protein family 3  30.52 
 
 		 292 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.548325 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8039  extracellular solute-binding protein family 3  32.13 
 
 		 281 aa  88.6  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.465628  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0472  extracellular solute-binding protein family 3  28.52 
 
 		 285 aa  85.9  6e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1828  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 283 aa  79.3  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2994  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 276 aa  73.9  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141592  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3735  extracellular solute-binding protein family 3  29.25 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 261 aa  50.8  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 		 251 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.71 
 
 		 259 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0780  MxaJ protein  24.86 
 
 		 190 aa  50.1  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.173014  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6160  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.92 
 
 		 343 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.419436 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1590  hypothetical protein  23.6 
 
 		 262 aa  48.9  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.85132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 273 aa  48.5  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.38 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.38 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.38 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.38 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.11 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.38 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.38 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.38 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 252 aa  47.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.22 
 
 		 265 aa  47.4  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 266 aa  47  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 255 aa  46.6  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 249 aa  46.6  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 259 aa  45.8  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0187  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 253 aa  45.8  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.056665 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3010  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 294 aa  44.3  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 247 aa  43.5  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  23.13 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  23.13 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6202  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.1 
 
 		 339 aa  43.5  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.288537 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.13 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.13 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  27.04 
 
 		 254 aa  43.5  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 		 246 aa  43.1  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.57 
 
 		 264 aa  42.7  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  22.57 
 
 		 264 aa  42.4  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 272 aa  42  0.009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.47 
 
 		 251 aa  42  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>