58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0022 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0022  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 270 aa  551  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1943  extracellular solute-binding protein  62.22 
 
 		 270 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3941  extracellular solute-binding protein  63.2 
 
 		 285 aa  330  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.792832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1238  extracellular solute-binding protein  64.37 
 
 		 274 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.532355 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2580  putative methanol oxidation protein  63.56 
 
 		 274 aa  324  8.000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0478  extracellular solute-binding protein family 3  54.14 
 
 		 282 aa  300  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5951  putative methanol oxidation protein  47.62 
 
 		 291 aa  256  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.834577  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1585  extracellular solute-binding protein family 3  52.32 
 
 		 282 aa  248  7e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0856617 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0510  extracellular solute-binding protein  45.15 
 
 		 286 aa  224  8e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0862535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1779  extracellular solute-binding protein  47.15 
 
 		 307 aa  222  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.117507  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5979  extracellular solute-binding protein family 3  46.96 
 
 		 288 aa  221  9e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.077375  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5754  extracellular solute-binding protein  46.56 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.707188 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2147  extracellular solute-binding protein family 3  41.54 
 
 		 284 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1811  extracellular solute-binding protein  41.54 
 
 		 284 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.893534 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1763  extracellular solute-binding protein family 3  42.23 
 
 		 284 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.863479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2345  extracellular solute-binding protein family 3  43.62 
 
 		 277 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.366121  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2993  extracellular solute-binding protein  42.56 
 
 		 287 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23641  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0098  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 		 278 aa  179  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6352  extracellular solute-binding protein  41.49 
 
 		 273 aa  171  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.756783 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3395  MxaJ protein  37.2 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00965407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3042  extracellular solute-binding protein family 3  36.13 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3386  extracellular solute-binding protein family 3  39.75 
 
 		 272 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0699  extracellular solute-binding protein family 3  40.24 
 
 		 282 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0300  MxaJ protein  33.73 
 
 		 284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4974  extracellular solute-binding protein  34.9 
 
 		 291 aa  135  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0769997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3108  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 		 293 aa  133  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2313  extracellular solute-binding protein  35.15 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000951817  unclonable  0.000000229382 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2425  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  30.99 
 
 		 303 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0414883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6476  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33826  normal  0.119349 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2791  extracellular solute-binding protein  31.69 
 
 		 289 aa  115  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1908  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.365185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2043  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 280 aa  105  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3148  Ankyrin  30.8 
 
 		 581 aa  97.4  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0472  extracellular solute-binding protein family 3  30.92 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4149  extracellular solute-binding protein  30.66 
 
 		 296 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.514926 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4517  extracellular solute-binding protein family 3  31.98 
 
 		 300 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.627659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4631  extracellular solute-binding protein family 3  31.85 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.548325 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4209  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 		 302 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.352464  normal  0.132236 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8039  extracellular solute-binding protein family 3  30.08 
 
 		 281 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.465628  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2994  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 276 aa  82  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141592  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1828  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 283 aa  73.2  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0780  MxaJ protein  28.82 
 
 		 190 aa  52.4  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.173014  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1590  hypothetical protein  23.48 
 
 		 262 aa  50.4  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.85132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3735  extracellular solute-binding protein family 3  26.67 
 
 		 277 aa  49.3  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3278  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 		 276 aa  49.3  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.806697  normal  0.241519 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0567  amino acid ABC transporter  25.11 
 
 		 278 aa  47.4  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0581  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.11 
 
 		 278 aa  47.4  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143423  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  26.22 
 
 		 714 aa  46.6  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.36 
 
 		 265 aa  46.2  0.0006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 		 1251 aa  44.3  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 263 aa  43.5  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.11 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 255 aa  43.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1470  extracellular solute-binding protein family 3  26.38 
 
 		 274 aa  42.7  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.506058  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25 
 
 		 259 aa  42.4  0.009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  23.41 
 
 		 251 aa  42  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  26.8 
 
 		 937 aa  42  0.01  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25 
 
 		 259 aa  42  0.01  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>