More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02089 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02089  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
390 aa  813    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.569859  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2793  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.72 
 
 
377 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.368215 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.71 
 
 
375 aa  327  2.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.73 
 
 
378 aa  303  3.0000000000000004e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44 
 
 
376 aa  301  1e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.53 
 
 
378 aa  298  1e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.28 
 
 
376 aa  296  4e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.68 
 
 
375 aa  296  5e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.18 
 
 
382 aa  295  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.18 
 
 
382 aa  295  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0277  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.36 
 
 
401 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1523  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.92 
 
 
383 aa  293  4e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1331  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.44 
 
 
383 aa  293  4e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0263045 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
392 aa  293  5e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.87 
 
 
391 aa  293  5e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.6 
 
 
380 aa  291  1e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.97 
 
 
380 aa  291  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.51 
 
 
381 aa  288  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.6 
 
 
376 aa  287  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0095  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.3 
 
 
377 aa  285  7e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.13 
 
 
386 aa  285  9e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.89 
 
 
377 aa  284  2.0000000000000002e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.44 
 
 
377 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.31 
 
 
407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.44 
 
 
383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.97 
 
 
383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3179  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.84 
 
 
399 aa  281  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0449668  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.56 
 
 
396 aa  281  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.96869  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.2 
 
 
375 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.24 
 
 
375 aa  281  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.2 
 
 
375 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.2 
 
 
375 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.21 
 
 
391 aa  281  2e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.2 
 
 
375 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.36 
 
 
374 aa  280  3e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.21 
 
 
391 aa  280  3e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2482  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.57 
 
 
389 aa  280  3e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.04 
 
 
407 aa  280  4e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.46 
 
 
374 aa  280  4e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.2 
 
 
375 aa  280  4e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.21 
 
 
383 aa  280  4e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
383 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.882269  normal  0.131095 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1130  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
383 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4199  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
383 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0319412  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
383 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176318  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.28 
 
 
382 aa  279  7e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.47 
 
 
377 aa  279  7e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.93 
 
 
375 aa  279  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40 
 
 
377 aa  278  8e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.52 
 
 
375 aa  278  9e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.52 
 
 
375 aa  278  9e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.52 
 
 
375 aa  278  9e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.52 
 
 
375 aa  278  9e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.52 
 
 
375 aa  278  9e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.52 
 
 
375 aa  278  9e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.52 
 
 
375 aa  278  9e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  39.52 
 
 
375 aa  278  9e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.77 
 
 
378 aa  278  1e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1088  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.59 
 
 
383 aa  277  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0935088  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
378 aa  277  2e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.13 
 
 
386 aa  277  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.52 
 
 
375 aa  277  3e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1343  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.53 
 
 
379 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1568  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.53 
 
 
379 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2596  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.53 
 
 
383 aa  276  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.1 
 
 
402 aa  276  4e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2071  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.53 
 
 
379 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3241  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.53 
 
 
379 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002797  N-succinyl-L,L-diaminopimelate desuccinylase  39.01 
 
 
378 aa  276  5e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40 
 
 
375 aa  276  6e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40 
 
 
375 aa  276  6e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.97 
 
 
375 aa  276  6e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2451  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.53 
 
 
379 aa  275  7e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.684558  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2507  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.53 
 
 
379 aa  275  7e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0948  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.53 
 
 
377 aa  275  8e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0918  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.8 
 
 
377 aa  275  8e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.27 
 
 
376 aa  275  9e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40 
 
 
375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.16 
 
 
376 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.5 
 
 
375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.67 
 
 
376 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.26 
 
 
383 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1810  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.22 
 
 
406 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.834903 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.47 
 
 
378 aa  273  4.0000000000000004e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5341  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.79 
 
 
379 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964134  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.07 
 
 
376 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1245  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.53 
 
 
379 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.64598  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.04 
 
 
383 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1734  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.58 
 
 
377 aa  273  5.000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0557  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.58 
 
 
386 aa  273  5.000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1765  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.05 
 
 
377 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803337  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.32 
 
 
375 aa  272  9e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.8 
 
 
376 aa  271  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1933  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.53 
 
 
379 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.55211 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
375 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2470  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.95 
 
 
380 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00847211  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.21 
 
 
390 aa  269  5e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1992  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.95 
 
 
380 aa  269  7e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000000073122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1857  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
381 aa  269  7e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2121  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
381 aa  269  7e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>