More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1114 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00182  DNA polymerase III subunit alpha  36.11 
 
 		 1160 aa  711    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480953  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3419  DNA polymerase III, alpha subunit  36.02 
 
 		 1160 aa  709    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09131  DNA polymerase III subunit alpha  36.85 
 
 		 1165 aa  737    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1464  DNA polymerase III, alpha subunit  37.22 
 
 		 1170 aa  746    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1401  DNA polymerase III, alpha subunit  39.08 
 
 		 1155 aa  803    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.67909  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1606  DNA polymerase III subunit alpha  34.55 
 
 		 1174 aa  684    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0035  DNA polymerase III, alpha subunit  35.1 
 
 		 1228 aa  676    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2786  DNA polymerase III subunit alpha  37.51 
 
 		 1149 aa  779    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1286  DNA polymerase III, alpha subunit  36.02 
 
 		 1165 aa  726    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.148493  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3949  DNA polymerase III subunit alpha  36.93 
 
 		 1163 aa  649    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  unclonable  0.0040384  normal  0.125075 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4735  DNA polymerase III DnaE  35.4 
 
 		 1108 aa  658    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1570  DNA polymerase III subunit alpha  35.93 
 
 		 1186 aa  706    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.749203  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0818  DNA polymerase III subunit alpha  37.33 
 
 		 1200 aa  714    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0825  DNA polymerase III subunit alpha  34.84 
 
 		 1163 aa  644    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1644  DNA polymerase III subunit alpha  36.53 
 
 		 1158 aa  679    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1549  DNA polymerase III, alpha subunit  35.56 
 
 		 1173 aa  710    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4498  DNA polymerase III DnaE  35.14 
 
 		 1108 aa  655    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4333  DNA polymerase III DnaE  35.14 
 
 		 1108 aa  655    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4345  DNA polymerase III DnaE  35.14 
 
 		 1108 aa  655    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3636  DNA polymerase III subunit alpha  50.76 
 
 		 1183 aa  1187    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1024  DNA polymerase III, alpha chain  35.01 
 
 		 1148 aa  694    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0991  DNA polymerase III, alpha chain  35.01 
 
 		 1148 aa  697    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1358  DNA polymerase III subunit alpha  35.56 
 
 		 1173 aa  709    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0559  DNA polymerase III, alpha subunit  34.51 
 
 		 1156 aa  654    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.77827 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0047  DNA polymerase III subunit alpha  49.83 
 
 		 1188 aa  1170    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.55181  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0265  DNA polymerase III subunit alpha  36.65 
 
 		 1172 aa  743    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.309989  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04615  putative DNA polymerase III alpha subunit  34.27 
 
 		 1454 aa  650    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3038  DNA polymerase III subunit alpha  35.03 
 
 		 1176 aa  699    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.117325 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1860  DNA polymerase III subunit alpha  34.9 
 
 		 1168 aa  661    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.100328 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0846  DNA polymerase III, alpha subunit  36.46 
 
 		 1158 aa  728    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1116  DNA polymerase III subunit alpha  35.09 
 
 		 1173 aa  704    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3553  DNA polymerase III subunit alpha  37.17 
 
 		 1163 aa  652    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1222  DNA polymerase III, alpha subunit  38.99 
 
 		 1156 aa  816    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3236  DNA polymerase III subunit alpha  36.99 
 
 		 1163 aa  649    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.040942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2319  DNA polymerase III DnaE  41.25 
 
 		 1225 aa  867    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.511943  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1301  DNA polymerase III subunit alpha  39.12 
 
 		 1172 aa  738    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.357557  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1798  DNA polymerase III subunit alpha  54.81 
 
 		 1177 aa  1311    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.277174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1158  DNA polymerase III subunit alpha  38.26 
 
 		 1172 aa  734    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.304661  normal  0.960715 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1215  DNA polymerase III, alpha subunit  39.35 
 
 		 1155 aa  833    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000331804  hitchhiker  0.00000568126 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2196  DNA polymerase III, alpha subunit  38.63 
 
 		 1165 aa  781    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1115  DNA polymerase III, alpha subunit  35.05 
 
 		 1158 aa  687    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.560519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4849  DNA polymerase III DnaE  35.14 
 
 		 1108 aa  655    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0910  DNA polymerase III subunit alpha  36.82 
 
 		 1186 aa  714    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.689093  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0854  DNA polymerase III subunit alpha  37.53 
 
 		 1165 aa  737    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2620  DNA polymerase III subunit alpha  36.75 
 
 		 1157 aa  677    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1582  DNA polymerase III subunit alpha  36.41 
 
 		 1170 aa  684    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1872  DNA polymerase III DnaE  39.82 
 
 		 1156 aa  852    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0984  DNA polymerase III subunit alpha  33.68 
 
 		 1278 aa  636    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3445  DNA polymerase III, alpha subunit  37.62 
 
 		 1210 aa  761    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4082  DNA polymerase III subunit alpha  49.66 
 
 		 1183 aa  1156    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4168  DNA polymerase III subunit alpha  49.79 
 
 		 1249 aa  1155    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2601  DNA polymerase III subunit alpha  35.55 
 
 		 1151 aa  658    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15831  DNA polymerase III subunit alpha  39.13 
 
 		 1171 aa  770    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10281  DNA polymerase III subunit alpha  37.22 
 
 		 1165 aa  728    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1106  DNA polymerase III subunit alpha  34.99 
 
 		 1173 aa  684    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2433  DNA polymerase III subunit alpha  36.29 
 
 		 1185 aa  663    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.184139 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1247  DNA polymerase III, alpha subunit  35.3 
 
 		 1149 aa  679    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3107  DNA polymerase III subunit alpha  50.55 
 
 		 1191 aa  1178    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.438164  normal  0.971034 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1569  DNA polymerase III subunit alpha  36.49 
 
 		 1159 aa  671    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.840877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2858  DNA polymerase III subunit alpha  35.49 
 
 		 1151 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.813555  normal  0.262906 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0578  DNA polymerase III subunit alpha  36.57 
 
 		 1168 aa  694    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1693  DNA polymerase III subunit alpha  34.73 
 
 		 1168 aa  655    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.859046  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0538  DNA polymerase III, alpha subunit  32.83 
 
 		 1163 aa  657    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2747  DNA polymerase III, alpha subunit  37.89 
 
 		 1159 aa  816    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.782351 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0500  DNA polymerase III subunit alpha  35.12 
 
 		 1166 aa  640    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0751072  normal  0.378075 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09151  DNA polymerase III subunit alpha  36.8 
 
 		 1165 aa  734    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1264  DNA polymerase III DnaE  38.93 
 
 		 1181 aa  808    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.756254  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3087  DNA polymerase III subunit alpha  50.55 
 
 		 1191 aa  1178    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.714026  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1096  DNA polymerase III catalytic subunit, DnaE type  38.46 
 
 		 1165 aa  799    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.35277  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1264  DNA polymerase III, alpha subunit  36.37 
 
 		 1155 aa  711    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1255  DNA polymerase III subunit alpha  34.88 
 
 		 1172 aa  656    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0094  DNA polymerase III, alpha subunit  35.46 
 
 		 1194 aa  733    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.866734  decreased coverage  0.0038584 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0198  DNA polymerase III subunit alpha  35.48 
 
 		 1158 aa  693    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2626  DNA polymerase III subunit alpha  36.35 
 
 		 1158 aa  678    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0206088 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2693  DNA polymerase III subunit alpha  36.44 
 
 		 1158 aa  679    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112631 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1849  DNA polymerase III, alpha subunit  35.27 
 
 		 1182 aa  713    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.134668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1285  DNA polymerase III subunit alpha  36.43 
 
 		 1158 aa  674    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.876044  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2043  DNA polymerase III DnaE  39.85 
 
 		 1130 aa  840    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1378  DNA polymerase III subunit alpha  37.29 
 
 		 1147 aa  656    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.450591  normal  0.182438 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1465  DNA polymerase III subunit alpha  35.72 
 
 		 1157 aa  664    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17260  DNA polymerase III subunit alpha  35.26 
 
 		 1173 aa  712    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1581  DNA polymerase III subunit alpha  55.77 
 
 		 1185 aa  1334    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.305928  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1197  DNA polymerase III subunit alpha  33.6 
 
 		 1274 aa  636    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1225  DNA polymerase III, alpha subunit  39.55 
 
 		 1164 aa  841    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.344496  normal  0.610841 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3229  DNA polymerase III, alpha subunit  37.25 
 
 		 1195 aa  711    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.909958  normal  0.738512 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2800  DNA polymerase III subunit alpha  36.31 
 
 		 1158 aa  678    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.867982 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1054  DNA polymerase III subunit alpha  51.82 
 
 		 1190 aa  1215    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.785794  normal  0.120623 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1238  DNA polymerase III subunit alpha  36.16 
 
 		 1331 aa  682    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2068  DNA polymerase III, alpha subunit  39.95 
 
 		 1184 aa  793    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00797778  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1453  DNA polymerase III, alpha subunit  35.86 
 
 		 1183 aa  697    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0741  DNA polymerase III subunit alpha  37.42 
 
 		 1200 aa  714    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.607066  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3050  DNA polymerase III subunit alpha  51.68 
 
 		 1183 aa  1200    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1154  DNA polymerase III subunit alpha  35.52 
 
 		 1157 aa  688    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3147  DNA polymerase III subunit alpha  50.55 
 
 		 1191 aa  1178    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0480917  normal  0.366201 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2961  DNA polymerase III, alpha subunit  35.58 
 
 		 1173 aa  659    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.078928 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2777  DNA polymerase III subunit alpha  50.76 
 
 		 1182 aa  1194    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.91865  normal  0.16788 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0916  DNA polymerase III subunit alpha  35.26 
 
 		 1162 aa  724    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1715  DNA polymerase III, alpha subunit  37.64 
 
 		 1175 aa  763    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.49916  normal  0.677237 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09341  DNA polymerase III subunit alpha  36.48 
 
 		 1172 aa  743    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.146562 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1363  DNA polymerase III subunit alpha  36.71 
 
 		 1157 aa  685    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>