More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0785 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0785  aspartate--tRNA ligase  100 
 
 		 598 aa  1226    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1682  aspartyl-tRNA synthetase  65.03 
 
 		 600 aa  804    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.23496  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2053  aspartyl-tRNA synthetase  57.94 
 
 		 584 aa  705    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6101  aspartyl-tRNA synthetase  57.77 
 
 		 578 aa  712    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.692121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17620  aspartyl-tRNA synthetase  64.69 
 
 		 590 aa  785    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0256877 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12592  aspartyl-tRNA synthetase  59.4 
 
 		 596 aa  727    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.743404 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1963  aspartyl-tRNA synthetase  60.57 
 
 		 601 aa  740    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2086  aspartyl-tRNA synthetase  55.84 
 
 		 579 aa  687    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3164  aspartyl-tRNA synthetase  58.81 
 
 		 591 aa  712    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0018  aspartyl-tRNA synthetase  90.47 
 
 		 599 aa  1112    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0678505  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12420  aspartyl-tRNA synthetase  59.67 
 
 		 610 aa  744    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0974797  normal  0.322383 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1821  aspartyl-tRNA synthetase  58.96 
 
 		 607 aa  712    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00584627  normal  0.950731 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1359  aspartyl-tRNA synthetase  64.35 
 
 		 592 aa  793    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.340655  normal  0.727219 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1809  aspartyl-tRNA synthetase  63.16 
 
 		 591 aa  766    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0253979  normal  0.442001 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2007  aspartyl-tRNA synthetase  65.16 
 
 		 601 aa  804    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.116026  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3040  aspartyl-tRNA synthetase  60.54 
 
 		 598 aa  745    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.986896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2347  aspartyl-tRNA synthetase  59.5 
 
 		 590 aa  724    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.138721 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14070  aspartyl-tRNA synthetase  61.29 
 
 		 609 aa  749    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12790  aspartyl-tRNA synthetase  61.1 
 
 		 604 aa  754    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.759255  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1719  aspartyl-tRNA synthetase  61.32 
 
 		 592 aa  747    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2308  aspartyl-tRNA synthetase  60.1 
 
 		 572 aa  715    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2366  aspartyl-tRNA synthetase  59.63 
 
 		 586 aa  719    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15220  aspartyl-tRNA synthetase  60.74 
 
 		 590 aa  749    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.925983  normal  0.271227 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3335  aspartyl-tRNA synthetase  63.49 
 
 		 599 aa  764    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0540844  normal  0.0126547 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2022  aspartyl-tRNA synthetase  61.19 
 
 		 599 aa  758    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000279536 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2314  aspartyl-tRNA synthetase  61.49 
 
 		 600 aa  745    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3785  aspartyl-tRNA synthetase  60 
 
 		 590 aa  734    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2521  aspartyl-tRNA synthetase  58.15 
 
 		 1019 aa  703    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.563997 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2291  aspartyl-tRNA synthetase  61.69 
 
 		 596 aa  760    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1812  aspartyl-tRNA synthetase  58.29 
 
 		 604 aa  709    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0197544  hitchhiker  0.0000225826 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1334  aspartyl-tRNA synthetase  58.39 
 
 		 592 aa  700    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.455738  normal  0.523529 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2398  aspartyl-tRNA synthetase  61.49 
 
 		 590 aa  743    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.946352  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2355  aspartyl-tRNA synthetase  59.5 
 
 		 590 aa  724    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.502246 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2615  aspartyl-tRNA synthetase  60.44 
 
 		 601 aa  731    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2128  aspartyl-tRNA synthetase  57.87 
 
 		 585 aa  706    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00128349  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3090  aspartyl-tRNA synthetase  54.47 
 
 		 584 aa  673    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.904457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12140  Aspartyl-tRNA synthetase  47.66 
 
 		 590 aa  567  1e-160  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000646901  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0150  aspartyl-tRNA synthetase  46.41 
 
 		 602 aa  558  1e-158  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00425968  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1292  aspartyl-tRNA synthetase  47.89 
 
 		 585 aa  561  1e-158  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1473  aspartyl-tRNA synthetase  47.5 
 
 		 592 aa  555  1e-157  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0686129  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0812  aspartyl-tRNA synthetase  45.97 
 
 		 586 aa  555  1e-157  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000270105  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0553  aspartyl-tRNA synthetase  46.74 
 
 		 598 aa  545  1e-154  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0171157  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2506  aspartyl-tRNA synthetase  46.6 
 
 		 594 aa  547  1e-154  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000273748  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3586  aspartyl-tRNA synthetase  46.75 
 
 		 592 aa  542  1e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000069189  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0593  aspartyl-tRNA synthetase  46.92 
 
 		 594 aa  543  1e-153  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00934088  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2047  aspartyl-tRNA synthetase  50.92 
 
 		 580 aa  544  1e-153  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0219169  normal  0.547776 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3302  aspartyl-tRNA synthetase  47.42 
 
 		 589 aa  539  9.999999999999999e-153  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0945  aspartyl-tRNA synthetase  47.31 
 
 		 590 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1673  aspartyl-tRNA synthetase  46.97 
 
 		 597 aa  536  1e-151  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3132  aspartyl-tRNA synthetase  47.43 
 
 		 583 aa  535  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4485  aspartyl-tRNA synthetase  45.96 
 
 		 591 aa  533  1e-150  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0604234  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4297  aspartyl-tRNA synthetase  45.63 
 
 		 591 aa  532  1e-150  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.970735  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0634  aspartyl-tRNA synthetase  45.26 
 
 		 599 aa  532  1e-150  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000213965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0906  aspartyl-tRNA synthetase  46.55 
 
 		 601 aa  532  1e-150  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.401416  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0010  aspartyl-tRNA synthetase  45.87 
 
 		 627 aa  533  1e-150  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.000218304  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4632  aspartyl-tRNA synthetase  45.63 
 
 		 591 aa  532  1e-150  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000004582  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0991  aspartyl-tRNA synthetase  45.79 
 
 		 601 aa  532  1e-150  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000125703  unclonable  0.00000000115783 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4535  aspartyl-tRNA synthetase  46.13 
 
 		 591 aa  534  1e-150  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000691465  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0714  aspartyl-tRNA synthetase  45.63 
 
 		 591 aa  530  1e-149  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000343649  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4135  aspartyl-tRNA synthetase  45.63 
 
 		 591 aa  530  1e-149  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00458828  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4145  aspartyl-tRNA synthetase  45.47 
 
 		 591 aa  528  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0128208  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0757  aspartyl-tRNA synthetase  44.89 
 
 		 600 aa  530  1e-149  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000505912  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0012  aspartyl-tRNA synthetase  46.28 
 
 		 606 aa  531  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00181386  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1676  aspartyl-tRNA synthetase  45.7 
 
 		 600 aa  529  1e-149  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150774 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0724  aspartyl-tRNA synthetase  44.88 
 
 		 600 aa  529  1e-149  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000988367  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4249  aspartyl-tRNA synthetase  46.54 
 
 		 591 aa  530  1e-149  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00151202  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4482  aspartyl-tRNA synthetase  45.63 
 
 		 591 aa  530  1e-149  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31618e-21 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4522  aspartyl-tRNA synthetase  45.63 
 
 		 591 aa  530  1e-149  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.010466  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0649  aspartyl-tRNA synthetase  44.82 
 
 		 583 aa  527  1e-148  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.176198  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0668  aspartyl-tRNA synthetase  44.98 
 
 		 583 aa  526  1e-148  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.530416  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1463  aspartyl-tRNA synthetase  44.89 
 
 		 594 aa  525  1e-148  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0040271  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1946  aspartyl-tRNA synthetase  44 
 
 		 593 aa  526  1e-148  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.734363  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0743  aspartyl-tRNA synthetase  44.98 
 
 		 583 aa  526  1e-148  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.853011  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1203  aspartyl-tRNA synthetase  44.63 
 
 		 608 aa  526  1e-148  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.000000000120939  decreased coverage  0.0042207 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0014  aspartyl-tRNA synthetase  47.97 
 
 		 602 aa  528  1e-148  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0247  aspartyl-tRNA synthetase  45.77 
 
 		 614 aa  526  1e-148  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.359084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1357  aspartyl-tRNA synthetase  44.89 
 
 		 594 aa  526  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000312068  unclonable  2.29944e-22 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2279  aspartyl-tRNA synthetase  43.57 
 
 		 608 aa  525  1e-148  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000116393  hitchhiker  0.0000000131011 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3118  aspartyl-tRNA synthetase  45.45 
 
 		 589 aa  527  1e-148  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00400953  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2354  aspartyl-tRNA synthetase  46.03 
 
 		 595 aa  527  1e-148  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1359  aspartyl-tRNA synthetase  44.98 
 
 		 583 aa  526  1e-148  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.400527  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2839  aspartyl-tRNA synthetase  46.11 
 
 		 598 aa  526  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2329  aspartyl-tRNA synthetase  45.56 
 
 		 594 aa  527  1e-148  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000245437  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0028  aspartyl-tRNA synthetase  46.96 
 
 		 610 aa  528  1e-148  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.607813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01552  aspartyl-tRNA synthetase  47.59 
 
 		 588 aa  523  1e-147  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.744907  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3016  aspartyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 		 596 aa  523  1e-147  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.187201 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1040  aspartyl-tRNA synthetase  44.97 
 
 		 596 aa  523  1e-147  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000020223  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1313  aspartyl-tRNA synthetase  47.88 
 
 		 599 aa  524  1e-147  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0603  aspartyl-tRNA synthetase  46.42 
 
 		 588 aa  523  1e-147  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0961  aspartyl-tRNA synthetase  46.85 
 
 		 597 aa  523  1e-147  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0436213  normal  0.406742 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1183  aspartyl-tRNA synthetase  44.72 
 
 		 608 aa  524  1e-147  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000958333  hitchhiker  0.00287943 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1981  aspartyl-tRNA synthetase  43.81 
 
 		 585 aa  523  1e-147  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000379313  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1948  aspartyl-tRNA synthetase  44.93 
 
 		 583 aa  522  1e-147  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0464  aspartyl-tRNA synthetase  45.58 
 
 		 594 aa  523  1e-147  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0196748  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1434  aspartyl-tRNA synthetase  44.72 
 
 		 593 aa  521  1e-146  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1550  aspartyl-tRNA synthetase  44.72 
 
 		 593 aa  518  1e-146  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2226  aspartyl-tRNA synthetase  45.21 
 
 		 617 aa  520  1e-146  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.544329  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2384  aspartyl-tRNA synthetase  45.2 
 
 		 594 aa  521  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000393733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1196  aspartyl-tRNA synthetase  43.14 
 
 		 584 aa  520  1e-146  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0420  aspartyl-tRNA synthetase  44.98 
 
 		 608 aa  521  1e-146  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>