More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0617 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0617  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 1025 aa  2123    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0738  DNA polymerase I  58.49 
 
 		 955 aa  1126    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3657  DNA polymerase I  32.25 
 
 		 946 aa  520  1e-146  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02590  DNA polymerase I  31.75 
 
 		 956 aa  507  9.999999999999999e-143  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  31.46 
 
 		 949 aa  488  1e-136  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4214  DNA polymerase I  30.53 
 
 		 939 aa  478  1e-133  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.305733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2200  DNA polymerase I  46.03 
 
 		 910 aa  468  9.999999999999999e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.759934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1688  DNA polymerase I  31.91 
 
 		 940 aa  464  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0959  DNA polymerase I  45.94 
 
 		 928 aa  462  9.999999999999999e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.75162 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2951  DNA polymerase I  45.41 
 
 		 933 aa  456  1e-127  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.04792  normal  0.12878 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  31.44 
 
 		 943 aa  456  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1189  DNA polymerase I  47.99 
 
 		 929 aa  458  1e-127  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  30.97 
 
 		 951 aa  457  1e-127  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25960  DNA polymerase I  46.23 
 
 		 901 aa  453  1.0000000000000001e-126  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3006  DNA polymerase I  44.81 
 
 		 889 aa  450  1e-125  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3769  DNA polymerase I  46.47 
 
 		 908 aa  449  1.0000000000000001e-124  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0220988 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3145  DNA polymerase I  46.5 
 
 		 899 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1841  DNA polymerase I  31.53 
 
 		 885 aa  449  1.0000000000000001e-124  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3372  DNA polymerase I  45.28 
 
 		 899 aa  444  1e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0398668  normal  0.0449106 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3564  DNA polymerase I  46.39 
 
 		 908 aa  444  1e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0954216  normal  0.139495 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3361  DNA polymerase I  46.78 
 
 		 909 aa  444  1e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00788758  normal  0.41459 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12970  DNA polymerase I  47.32 
 
 		 904 aa  441  9.999999999999999e-123  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.199065  normal  0.445592 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11645  DNA polymerase I  46.78 
 
 		 904 aa  441  9.999999999999999e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.693039 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1938  DNA polymerase I  31.73 
 
 		 945 aa  440  9.999999999999999e-123  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.632824  normal  0.0549057 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1226  DNA polymerase I  44.75 
 
 		 893 aa  437  1e-121  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.826859 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3011  DNA polymerase I  45.42 
 
 		 920 aa  439  1e-121  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.128275  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2063  DNA polymerase I  38.52 
 
 		 955 aa  439  1e-121  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.045949  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3057  DNA polymerase I  45.42 
 
 		 920 aa  439  1e-121  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.826907 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3026  DNA polymerase I  45.21 
 
 		 929 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.248484  normal  0.0929498 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1969  DNA polymerase I  44.71 
 
 		 908 aa  435  1e-120  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.223022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1088  DNA polymerase I  47.21 
 
 		 910 aa  436  1e-120  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  30.69 
 
 		 968 aa  432  1e-119  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3109  DNA polymerase I  30.85 
 
 		 972 aa  431  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3011  DNA polymerase I  30.85 
 
 		 972 aa  431  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.664853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  31.43 
 
 		 916 aa  432  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3201  DNA polymerase I  44.93 
 
 		 912 aa  426  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1621  DNA polymerase I  46.95 
 
 		 945 aa  428  1e-118  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.924074 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5677  DNA polymerase I  44.74 
 
 		 905 aa  427  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902906  normal  0.469276 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2852  DNA polymerase I  43.81 
 
 		 906 aa  429  1e-118  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00117674  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1802  DNA polymerase I  42.34 
 
 		 894 aa  424  1e-117  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000838871 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11120  DNA polymerase I  42.76 
 
 		 937 aa  421  1e-116  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.249586  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5532  DNA polymerase I  47.6 
 
 		 888 aa  421  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20220  DNA polymerase I  44.44 
 
 		 901 aa  418  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.232173 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3037  DNA polymerase I  43.45 
 
 		 902 aa  417  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000203838  normal  0.011117 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3415  DNA polymerase I  29.24 
 
 		 965 aa  416  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00208167  normal  0.0804526 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14980  DNA polymerase I  51.33 
 
 		 904 aa  415  1e-114  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0168327  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1475  DNA polymerase I  43.52 
 
 		 893 aa  413  1e-113  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1509  DNA polymerase I  43.67 
 
 		 905 aa  412  1e-113  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2043  DNA polymerase I  44.22 
 
 		 911 aa  412  1e-113  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.307294 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2445  DNA polymerase I  47.65 
 
 		 917 aa  407  1.0000000000000001e-112  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  29.71 
 
 		 1010 aa  402  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2886  DNA polymerase I  40.45 
 
 		 949 aa  398  1e-109  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.725232  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2966  DNA-directed DNA polymerase  43.82 
 
 		 901 aa  393  1e-108  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0080  DNA polymerase I  28.97 
 
 		 944 aa  389  1e-106  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.432939  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2673  DNA polymerase I  38.39 
 
 		 878 aa  351  4e-95  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000968641  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1599  DNA polymerase I  42.76 
 
 		 883 aa  344  5e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0044  DNA polymerase I  39.42 
 
 		 911 aa  341  4e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.812891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04860  DNA polymerase I  43.4 
 
 		 870 aa  340  9.999999999999999e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029838  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6293  DNA polymerase I  39.84 
 
 		 917 aa  338  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0712  DNA polymerase I  37.69 
 
 		 939 aa  338  3.9999999999999995e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2250  DNA polymerase I  42.58 
 
 		 866 aa  337  5.999999999999999e-91  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.177355  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1421  DNA polymerase I  41.01 
 
 		 896 aa  337  5.999999999999999e-91  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0115482  hitchhiker  0.000000064495 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1962  DNA polymerase I  42.34 
 
 		 866 aa  336  2e-90  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1096  DNA polymerase I  38.42 
 
 		 963 aa  335  3e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0889452  normal  0.949667 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72490  DNA polymerase I  39.64 
 
 		 913 aa  335  3e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.579087  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1794  DNA polymerase type I  38.96 
 
 		 926 aa  335  4e-90  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0886  DNA polymerase I  35.42 
 
 		 894 aa  333  7.000000000000001e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  42.11 
 
 		 934 aa  333  9e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1349  DNA polymerase I  38.95 
 
 		 924 aa  333  1e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38206  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  44.12 
 
 		 926 aa  332  2e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2156  DNA polymerase I  37.86 
 
 		 872 aa  331  4e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4482  DNA polymerase I  37.82 
 
 		 891 aa  331  5.0000000000000004e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4317  DNA polymerase I  37.82 
 
 		 891 aa  331  5.0000000000000004e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4702  DNA polymerase I  37.82 
 
 		 877 aa  331  5.0000000000000004e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.7101300000000004e-28 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4831  DNA polymerase I  37.82 
 
 		 877 aa  331  5.0000000000000004e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.318585  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0541  DNA polymerase I  38.01 
 
 		 877 aa  330  6e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.375796  hitchhiker  0.00000000000567935 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4328  DNA polymerase I  37.82 
 
 		 891 aa  330  6e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1092  DNA polymerase I  35.84 
 
 		 932 aa  331  6e-89  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.416306  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1637  DNA polymerase I  34.66 
 
 		 936 aa  329  1.0000000000000001e-88  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1441  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 850 aa  330  1.0000000000000001e-88  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4697  DNA polymerase I  37.62 
 
 		 877 aa  329  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0439377  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4718  DNA polymerase I  37.82 
 
 		 877 aa  329  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4712  DNA polymerase I  37.62 
 
 		 877 aa  329  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.14352  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2692  DNA polymerase I  38.43 
 
 		 899 aa  329  2.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.700333  hitchhiker  0.00010677 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3094  DNA polymerase I  38.43 
 
 		 899 aa  329  2.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1283  DNA polymerase I  36.06 
 
 		 893 aa  328  3e-88  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  37.23 
 
 		 930 aa  328  4.0000000000000003e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2345  DNA polymerase I  40.41 
 
 		 895 aa  327  6e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0546  DNA polymerase I  27.8 
 
 		 1045 aa  327  7e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2014  DNA polymerase I  42.08 
 
 		 875 aa  326  1e-87  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000063172  unclonable  0.00000000000000410772 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2415  DNA polymerase I  37.4 
 
 		 888 aa  327  1e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0701371 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1172  DNA polymerase I  35.87 
 
 		 893 aa  326  1e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  37.84 
 
 		 891 aa  325  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5105  DNA polymerase I  36.71 
 
 		 915 aa  325  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.186109 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0787  DNA polymerase I  39.4 
 
 		 876 aa  326  2e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2403  DNA polymerase I  38.1 
 
 		 923 aa  326  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0123  DNA polymerase I  36.54 
 
 		 915 aa  325  3e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  40.93 
 
 		 934 aa  325  3e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0851  DNA polymerase I  37.91 
 
 		 923 aa  324  4e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2017  DNA polymerase I  40.34 
 
 		 866 aa  325  4e-87  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>