112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2745 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 		 200 aa  385  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  41.25 
 
 		 111 aa  61.6  0.000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  37.35 
 
 		 116 aa  60.1  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2824  hypothetical protein  54.9 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000715394  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  35.45 
 
 		 110 aa  58.2  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5921  helix-hairpin-helix motif protein  50.98 
 
 		 129 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.946109  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2514  helix-hairpin-helix protein  50 
 
 		 148 aa  55.1  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355933  normal  0.208797 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0313  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.16 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0283813  normal  0.592381 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1003  hypothetical protein  51.16 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1849  hypothetical protein  56.1 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0478  hypothetical protein  53.49 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.913399  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0170  alanin-rich signal peptide protein  53.49 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1438  hypothetical protein  53.49 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5664  hypothetical protein  50 
 
 		 165 aa  54.3  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.736878 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3996  putative alanine-rich signal peptide protein  55.56 
 
 		 183 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.186554  normal  0.500535 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4109  alanin-rich signal peptide protein  55.56 
 
 		 183 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.238137 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0405  hypothetical protein  41.79 
 
 		 120 aa  52  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1939  hypothetical protein  51.16 
 
 		 157 aa  52.4  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.734564  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1190  Radical SAM domain protein  47.83 
 
 		 590 aa  52  0.000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.540561  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04795  alanin-rich signal peptide protein  53.49 
 
 		 178 aa  51.6  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.372716  normal  0.0109755 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2366  hypothetical protein  51.22 
 
 		 158 aa  50.8  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.237169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  49.02 
 
 		 121 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4634  hypothetical protein  53.66 
 
 		 154 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3730  hypothetical protein  53.66 
 
 		 154 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.616789  normal  0.0368269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.1 
 
 		 152 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3791  hypothetical protein  53.66 
 
 		 154 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.476277  normal  0.0556492 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3089  hypothetical protein  44.23 
 
 		 138 aa  51.2  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000479823  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1657  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.43 
 
 		 226 aa  50.8  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.11522  hitchhiker  0.000932836 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  49.02 
 
 		 130 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3584  radical SAM family protein  37.84 
 
 		 413 aa  50.1  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1886  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.54 
 
 		 300 aa  50.4  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.528332  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01933  Radical SAM  38.16 
 
 		 413 aa  50.1  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3612  hypothetical protein  50 
 
 		 155 aa  49.3  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1257  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  38.24 
 
 		 422 aa  48.9  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0994426 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2548  hypothetical protein  29.73 
 
 		 129 aa  49.3  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  26.61 
 
 		 181 aa  49.3  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  26.27 
 
 		 181 aa  49.3  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0205  hypothetical protein  47.06 
 
 		 127 aa  48.9  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.288848  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0210  hypothetical protein  47.06 
 
 		 123 aa  48.5  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0267278 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  43.14 
 
 		 119 aa  48.9  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  40 
 
 		 101 aa  48.5  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17330  DNA uptake protein  41.94 
 
 		 305 aa  48.1  0.00009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.353261  normal  0.0144782 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0740  DNA uptake/competence protein  38.64 
 
 		 128 aa  47.4  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.4977199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4078  hypothetical protein  48.98 
 
 		 137 aa  47.8  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00569663  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1611  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.24 
 
 		 278 aa  47.4  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  51.22 
 
 		 545 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0688  Soluble ligand binding domain protein  36.71 
 
 		 308 aa  47  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.108278 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3228  helix-hairpin-helix motif protein  51.22 
 
 		 545 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.269914 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  38.16 
 
 		 100 aa  46.2  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12460  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  38.71 
 
 		 285 aa  46.6  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.29 
 
 		 545 aa  45.8  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.68 
 
 		 220 aa  45.8  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  29.03 
 
 		 135 aa  45.8  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  29.03 
 
 		 135 aa  45.8  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  42.11 
 
 		 103 aa  45.8  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1737  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.1 
 
 		 290 aa  45.8  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3435  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.14 
 
 		 304 aa  45.4  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0218719  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2230  Soluble ligand binding domain protein  41.27 
 
 		 180 aa  45.4  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0322679  hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  39.06 
 
 		 222 aa  45.4  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1109  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  35.53 
 
 		 187 aa  45.4  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.294059  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2033  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.61 
 
 		 93 aa  45.4  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000281796  hitchhiker  0.000016405 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2424  hypothetical protein  47.73 
 
 		 133 aa  44.7  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2247  radical SAM family Fe-S protein  28.09 
 
 		 566 aa  44.3  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.747344  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1191  radical SAM domain-containing protein  38.71 
 
 		 551 aa  44.3  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000804505  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1233  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.1 
 
 		 171 aa  44.7  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2769  Radical SAM domain protein  43.4 
 
 		 595 aa  44.7  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.847713  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  35.71 
 
 		 234 aa  43.9  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12590  DNA uptake protein  40.32 
 
 		 352 aa  44.3  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2211  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.98 
 
 		 320 aa  44.3  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1297  Radical SAM domain protein  40.91 
 
 		 575 aa  44.3  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0386  hypothetical protein  50 
 
 		 44 aa  43.9  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  40.98 
 
 		 107 aa  43.9  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0496  DNA uptake-like protein  40 
 
 		 220 aa  43.9  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0194671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.6 
 
 		 130 aa  43.9  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.92 
 
 		 142 aa  43.5  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1985  hypothetical protein  36.76 
 
 		 108 aa  43.5  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2102  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.07 
 
 		 319 aa  43.5  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  30.77 
 
 		 190 aa  43.1  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1869  hypothetical protein  43.86 
 
 		 207 aa  43.5  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00710485  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  34.52 
 
 		 543 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  30.77 
 
 		 261 aa  43.1  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3028  Radical SAM domain protein  40.43 
 
 		 572 aa  43.5  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.377577  normal  0.0472174 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0407  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.48 
 
 		 131 aa  43.5  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000244274  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13270  DNA uptake protein  39.13 
 
 		 301 aa  43.9  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.560922 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0570  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  30.56 
 
 		 224 aa  43.1  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000494468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0317  RNA binding S1  33.33 
 
 		 772 aa  43.1  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499934  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4563  hypothetical protein  42.37 
 
 		 212 aa  42.7  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101881 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  40.98 
 
 		 279 aa  42.7  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2967  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  33.33 
 
 		 150 aa  43.1  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.938885  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1157  comE operon protein 1, putative  28.57 
 
 		 224 aa  42.7  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1635  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 		 228 aa  42.7  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2803  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.34 
 
 		 277 aa  42.7  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  35.23 
 
 		 243 aa  42.7  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0826  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  33.33 
 
 		 355 aa  42.4  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0217462  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  38.36 
 
 		 89 aa  42  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.27 
 
 		 263 aa  42.4  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0963672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2104  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  30.88 
 
 		 201 aa  42.4  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.854635  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2839  hypothetical protein  37.66 
 
 		 184 aa  42.4  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1000  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.3 
 
 		 207 aa  42.4  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3848  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.7 
 
 		 279 aa  42  0.006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>