99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5921 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5921  helix-hairpin-helix motif protein  100 
 
 		 129 aa  241  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.946109  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0210  hypothetical protein  56.19 
 
 		 123 aa  113  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0267278 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  80.95 
 
 		 152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0205  hypothetical protein  57.55 
 
 		 127 aa  105  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.288848  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  56.6 
 
 		 130 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  49.53 
 
 		 121 aa  97.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2496  hypothetical protein  69.23 
 
 		 121 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.942964  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2719  hypothetical protein  69.23 
 
 		 121 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.652584  normal  0.0856315 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2424  hypothetical protein  68.75 
 
 		 133 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5114  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  83.33 
 
 		 119 aa  89  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.668052 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  67.21 
 
 		 119 aa  85.5  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0405  hypothetical protein  48 
 
 		 120 aa  81.6  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  52.17 
 
 		 110 aa  71.6  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3089  hypothetical protein  52.54 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000479823  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4078  hypothetical protein  44.44 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00569663  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2514  helix-hairpin-helix protein  49.15 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355933  normal  0.208797 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2824  hypothetical protein  46.77 
 
 		 134 aa  63.5  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000715394  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.59 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2548  hypothetical protein  47.27 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4421  hypothetical protein  41.46 
 
 		 182 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.046952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2839  hypothetical protein  41.67 
 
 		 184 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3472  hypothetical protein  32.52 
 
 		 332 aa  57  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.33558 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  46.15 
 
 		 111 aa  56.6  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50.98 
 
 		 200 aa  54.7  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1869  hypothetical protein  41.67 
 
 		 207 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00710485  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4931  hypothetical protein  40.68 
 
 		 188 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4496  hypothetical protein  42.17 
 
 		 199 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0369659  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4563  hypothetical protein  44.83 
 
 		 212 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101881 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3915  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.48 
 
 		 269 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4885  hypothetical protein  33.33 
 
 		 183 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1508  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.82 
 
 		 127 aa  48.1  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.65 
 
 		 206 aa  48.1  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0934  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.36 
 
 		 211 aa  47.8  0.00005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.800656  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  34.09 
 
 		 234 aa  47.8  0.00005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  43.55 
 
 		 101 aa  47.4  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5924  hypothetical protein  40.51 
 
 		 202 aa  47  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.11783  normal  0.310125 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2104  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.84 
 
 		 201 aa  47  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.854635  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.15 
 
 		 263 aa  47  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0963672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3435  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.21 
 
 		 304 aa  46.6  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0218719  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  42.31 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  44.64 
 
 		 261 aa  47  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1302  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.8 
 
 		 309 aa  46.6  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.78 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0773  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.84 
 
 		 250 aa  45.8  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.466163  normal  0.364804 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.44 
 
 		 222 aa  45.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  48.98 
 
 		 103 aa  45.8  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2230  Soluble ligand binding domain protein  48.21 
 
 		 180 aa  45.4  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0322679  hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.71 
 
 		 121 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1282  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.19 
 
 		 413 aa  44.7  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.74 
 
 		 121 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2665  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  50 
 
 		 361 aa  43.9  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197642  normal  0.42008 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1635  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.55 
 
 		 228 aa  43.9  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1243  DNA uptake protein-related DNA-binding protein  35.96 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104956 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.37 
 
 		 227 aa  43.9  0.0008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.16 
 
 		 105 aa  43.5  0.0009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0740  DNA uptake/competence protein  35.71 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.4977199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  31.48 
 
 		 213 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0596  hypothetical protein  45.45 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.368264  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0510  hypothetical protein  45.45 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.641204  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1202  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.44 
 
 		 242 aa  42.7  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12930  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.92 
 
 		 245 aa  42.7  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149409  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0688  Soluble ligand binding domain protein  36.36 
 
 		 308 aa  42.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.108278 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3053  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.91 
 
 		 200 aa  42.4  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7231  hypothetical protein  34.55 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.330567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  51.16 
 
 		 220 aa  42.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1191  radical SAM domain-containing protein  37.93 
 
 		 551 aa  42.4  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000804505  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0126  ComE operon protein (competence protein)  31.01 
 
 		 111 aa  41.6  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1311  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  53.85 
 
 		 407 aa  42  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0682087  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1623  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.09 
 
 		 122 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.09 
 
 		 122 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330475  normal  0.397521 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2731  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  34.09 
 
 		 122 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0259304 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1109  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  52.38 
 
 		 187 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.294059  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4178  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.1 
 
 		 199 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.666456  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1264  radical SAM domain-containing protein  37.93 
 
 		 551 aa  41.6  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1612  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.09 
 
 		 122 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12443  hypothetical protein  48 
 
 		 297 aa  41.6  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.66 
 
 		 190 aa  41.6  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1761  hypothetical protein  28.21 
 
 		 345 aa  41.2  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.353962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1257  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  40.28 
 
 		 422 aa  41.6  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0994426 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1190  Radical SAM domain protein  61.29 
 
 		 590 aa  41.6  0.004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.540561  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1407  hypothetical protein  43.1 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0230  acetohydroxy acid synthase large subunit  43.1 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.5 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.5 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2247  radical SAM family Fe-S protein  38.89 
 
 		 566 aa  41.2  0.005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.747344  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  47.73 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1230  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  30.39 
 
 		 296 aa  41.2  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.890666  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0624  hypothetical protein  43.1 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  36 
 
 		 543 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0715  hypothetical protein  35.94 
 
 		 274 aa  40.8  0.006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  46.51 
 
 		 265 aa  40.8  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.07 
 
 		 271 aa  40.4  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1257  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.71 
 
 		 219 aa  40.8  0.007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0640  Radical SAM domain protein  48.72 
 
 		 625 aa  40.4  0.007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.47984  normal  0.740234 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1953  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.14 
 
 		 238 aa  40.8  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00139923  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3189  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.84 
 
 		 286 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0313  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.86 
 
 		 205 aa  40  0.01  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0283813  normal  0.592381 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.93 
 
 		 545 aa  40  0.01  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1428  hypothetical protein  40.35 
 
 		 173 aa  40  0.01  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.122979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>