31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4078 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4078  hypothetical protein  100 
 
 		 137 aa  267  4e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00569663  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2824  hypothetical protein  54.84 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000715394  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2424  hypothetical protein  46.67 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3089  hypothetical protein  53.97 
 
 		 138 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000479823  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2719  hypothetical protein  53.97 
 
 		 121 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.652584  normal  0.0856315 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2496  hypothetical protein  53.97 
 
 		 121 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.942964  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  40.4 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0205  hypothetical protein  39.81 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.288848  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  56.67 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5921  helix-hairpin-helix motif protein  51.67 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.946109  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  50 
 
 		 110 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  53.33 
 
 		 152 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  44.12 
 
 		 121 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0210  hypothetical protein  44.62 
 
 		 123 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0267278 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0405  hypothetical protein  50.85 
 
 		 120 aa  60.5  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2514  helix-hairpin-helix protein  31.25 
 
 		 148 aa  57  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355933  normal  0.208797 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5114  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  60 
 
 		 119 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.668052 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.23 
 
 		 130 aa  50.1  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  63.64 
 
 		 200 aa  47  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  38.24 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2548  hypothetical protein  31.82 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2839  hypothetical protein  44.64 
 
 		 184 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12460  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  42.11 
 
 		 285 aa  43.9  0.0008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0640  Radical SAM domain protein  51.52 
 
 		 625 aa  43.5  0.0008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.47984  normal  0.740234 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  40 
 
 		 111 aa  42  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4563  hypothetical protein  41.82 
 
 		 212 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101881 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1869  hypothetical protein  36.07 
 
 		 207 aa  41.2  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00710485  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1190  Radical SAM domain protein  54.55 
 
 		 590 aa  41.2  0.005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.540561  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4496  hypothetical protein  39.66 
 
 		 199 aa  40.8  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0369659  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4318  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.1 
 
 		 216 aa  40.4  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4885  hypothetical protein  37.93 
 
 		 183 aa  40  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>