63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0364 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  100 
 
 		 121 aa  237  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  77.42 
 
 		 130 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0205  hypothetical protein  70.3 
 
 		 127 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.288848  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0210  hypothetical protein  67.33 
 
 		 123 aa  122  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0267278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2424  hypothetical protein  60 
 
 		 133 aa  99  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2719  hypothetical protein  66.15 
 
 		 121 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.652584  normal  0.0856315 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2496  hypothetical protein  66.15 
 
 		 121 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.942964  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5921  helix-hairpin-helix motif protein  62.9 
 
 		 129 aa  90.1  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.946109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  62.9 
 
 		 152 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0405  hypothetical protein  54.17 
 
 		 120 aa  85.1  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  62.3 
 
 		 119 aa  77.8  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5114  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  64.29 
 
 		 119 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.668052 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3089  hypothetical protein  54.1 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000479823  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  38.74 
 
 		 110 aa  66.6  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4078  hypothetical protein  44.12 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00569663  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2824  hypothetical protein  50 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000715394  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2839  hypothetical protein  39.29 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2514  helix-hairpin-helix protein  45.16 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355933  normal  0.208797 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  33.33 
 
 		 111 aa  54.7  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4885  hypothetical protein  36.25 
 
 		 183 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4421  hypothetical protein  37.66 
 
 		 182 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.046952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.61 
 
 		 130 aa  51.2  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4931  hypothetical protein  40.68 
 
 		 188 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.02 
 
 		 200 aa  50.1  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0313  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.74 
 
 		 205 aa  49.7  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0283813  normal  0.592381 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1869  hypothetical protein  38.98 
 
 		 207 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00710485  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2548  hypothetical protein  30.91 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3435  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.47 
 
 		 304 aa  47.8  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0218719  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12443  hypothetical protein  47.27 
 
 		 297 aa  47.8  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4563  hypothetical protein  37.93 
 
 		 212 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101881 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.23 
 
 		 222 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4496  hypothetical protein  41.38 
 
 		 199 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0369659  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1008  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  31.4 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000463906  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3472  hypothetical protein  30.25 
 
 		 332 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.33558 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 		 213 aa  45.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  46.3 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  38.81 
 
 		 103 aa  44.7  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3915  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  49.02 
 
 		 269 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  27.59 
 
 		 187 aa  43.9  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3198  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.86 
 
 		 102 aa  43.9  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 		 105 aa  43.5  0.0009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0496  DNA uptake-like protein  39.47 
 
 		 220 aa  43.5  0.0009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0194671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.48 
 
 		 206 aa  43.5  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.29 
 
 		 227 aa  43.5  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.18 
 
 		 220 aa  43.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2087  comE operon protein 1, putative  37.84 
 
 		 254 aa  42.4  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2230  Soluble ligand binding domain protein  43.33 
 
 		 180 aa  42.4  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0322679  hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1230  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.43 
 
 		 296 aa  42.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.890666  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2104  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  39.06 
 
 		 201 aa  42.7  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.854635  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1109  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  47.92 
 
 		 187 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.294059  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  30.95 
 
 		 234 aa  42  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  40.54 
 
 		 116 aa  41.6  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  32.93 
 
 		 105 aa  41.2  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  33.65 
 
 		 243 aa  40.8  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  47.62 
 
 		 271 aa  40.8  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0767  competence protein ComE, putative  41.18 
 
 		 116 aa  40.8  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.38 
 
 		 100 aa  40.8  0.007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2375  putative comE operon protein 1  37.5 
 
 		 254 aa  40.4  0.007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1190  Radical SAM domain protein  45.95 
 
 		 590 aa  40  0.01  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.540561  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46 
 
 		 263 aa  40  0.01  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0963672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3525  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  54.29 
 
 		 267 aa  40  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.972653 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3593  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  54.29 
 
 		 267 aa  40  0.01  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.663406 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  54.29 
 
 		 267 aa  40  0.01  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>