33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0405 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0405  hypothetical protein  100 
 
 		 120 aa  235  1e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0210  hypothetical protein  53.23 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0267278 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0205  hypothetical protein  50 
 
 		 127 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.288848  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  49.49 
 
 		 121 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  44.55 
 
 		 130 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  59.32 
 
 		 119 aa  72.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2824  hypothetical protein  50.82 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000715394  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2424  hypothetical protein  52.78 
 
 		 133 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3089  hypothetical protein  52.46 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000479823  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2719  hypothetical protein  50.77 
 
 		 121 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.652584  normal  0.0856315 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2496  hypothetical protein  50.77 
 
 		 121 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.942964  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5921  helix-hairpin-helix motif protein  52.54 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.946109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.15 
 
 		 152 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4078  hypothetical protein  50.85 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00569663  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2514  helix-hairpin-helix protein  45.76 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355933  normal  0.208797 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  50.82 
 
 		 110 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2548  hypothetical protein  28.85 
 
 		 129 aa  50.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4421  hypothetical protein  37.08 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.046952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4885  hypothetical protein  38.27 
 
 		 183 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  31.58 
 
 		 130 aa  49.3  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4563  hypothetical protein  40 
 
 		 212 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101881 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.23 
 
 		 200 aa  47.4  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4931  hypothetical protein  43.64 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1869  hypothetical protein  40.35 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00710485  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2839  hypothetical protein  36.36 
 
 		 184 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  29.41 
 
 		 116 aa  45.1  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4496  hypothetical protein  41.82 
 
 		 199 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0369659  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5114  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.27 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.668052 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  42.11 
 
 		 101 aa  42.7  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3472  hypothetical protein  29.51 
 
 		 332 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.33558 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0643  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.21 
 
 		 210 aa  43.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000019703  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1257  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.94 
 
 		 219 aa  41.2  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5924  hypothetical protein  38.24 
 
 		 202 aa  41.2  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.11783  normal  0.310125 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>