62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0205 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0205  hypothetical protein  100 
 
 		 127 aa  244  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.288848  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  76.92 
 
 		 130 aa  149  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0210  hypothetical protein  73.79 
 
 		 123 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0267278 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  69.9 
 
 		 121 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2424  hypothetical protein  64.1 
 
 		 133 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2719  hypothetical protein  71.88 
 
 		 121 aa  98.2  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.652584  normal  0.0856315 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2496  hypothetical protein  71.88 
 
 		 121 aa  98.2  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.942964  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5921  helix-hairpin-helix motif protein  68.85 
 
 		 129 aa  95.9  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.946109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  67.21 
 
 		 152 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  72.13 
 
 		 119 aa  87.8  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0405  hypothetical protein  47.97 
 
 		 120 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5114  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  73.77 
 
 		 119 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.668052 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  41.59 
 
 		 110 aa  74.3  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3089  hypothetical protein  52.54 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000479823  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4078  hypothetical protein  40.4 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00569663  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2824  hypothetical protein  47.46 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000715394  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2514  helix-hairpin-helix protein  38.6 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355933  normal  0.208797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2839  hypothetical protein  30.23 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2548  hypothetical protein  31.43 
 
 		 129 aa  53.5  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4421  hypothetical protein  32.95 
 
 		 182 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.046952  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  32.39 
 
 		 111 aa  51.6  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.5 
 
 		 130 aa  51.6  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4885  hypothetical protein  36.99 
 
 		 183 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0313  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.16 
 
 		 205 aa  48.1  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0283813  normal  0.592381 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3435  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  34.72 
 
 		 304 aa  48.5  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0218719  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4931  hypothetical protein  37.29 
 
 		 188 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.06 
 
 		 200 aa  47.4  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12443  hypothetical protein  55.56 
 
 		 297 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0805  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  34.21 
 
 		 250 aa  46.6  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3915  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.61 
 
 		 269 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1869  hypothetical protein  33.9 
 
 		 207 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00710485  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4563  hypothetical protein  38.18 
 
 		 212 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101881 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  27.35 
 
 		 116 aa  45.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3472  hypothetical protein  29.03 
 
 		 332 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.33558 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  40 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.18 
 
 		 222 aa  44.3  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40 
 
 		 263 aa  43.9  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0963672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4496  hypothetical protein  37.97 
 
 		 199 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0369659  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1230  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.29 
 
 		 296 aa  43.9  0.0008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.890666  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0767  competence protein ComE, putative  45.9 
 
 		 116 aa  42.7  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1264  radical SAM domain-containing protein  37.93 
 
 		 551 aa  43.5  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  37.29 
 
 		 103 aa  43.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  33.33 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.86 
 
 		 206 aa  42.4  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1191  radical SAM domain-containing protein  37.93 
 
 		 551 aa  42.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000804505  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3198  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.75 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5823  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.23 
 
 		 158 aa  42  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.59 
 
 		 227 aa  42  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1202  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  47.5 
 
 		 242 aa  41.2  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.38 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2230  Soluble ligand binding domain protein  41.38 
 
 		 180 aa  41.2  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0322679  hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0740  DNA uptake/competence protein  24.77 
 
 		 128 aa  40.8  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.4977199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1635  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  30 
 
 		 228 aa  40.8  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.88 
 
 		 105 aa  40.8  0.007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.18 
 
 		 220 aa  40.8  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7231  hypothetical protein  34.55 
 
 		 84 aa  40.8  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.330567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2312  hypothetical protein  33.8 
 
 		 222 aa  40.8  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.92281  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.29 
 
 		 121 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.88 
 
 		 187 aa  40.4  0.008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2104  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.97 
 
 		 201 aa  40.4  0.008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.854635  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1142  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat-containing protein  40 
 
 		 315 aa  40  0.01  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.702524  normal  0.935531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 		 121 aa  40  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>