59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2496 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2496  hypothetical protein  100 
 
 		 121 aa  229  7.000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.942964  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2719  hypothetical protein  100 
 
 		 121 aa  229  7.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.652584  normal  0.0856315 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2424  hypothetical protein  79.7 
 
 		 133 aa  144  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0205  hypothetical protein  63.11 
 
 		 127 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.288848  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  58.65 
 
 		 130 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0210  hypothetical protein  55.77 
 
 		 123 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0267278 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  60 
 
 		 121 aa  97.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5921  helix-hairpin-helix motif protein  70.49 
 
 		 129 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.946109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  67.21 
 
 		 152 aa  87  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  68.85 
 
 		 119 aa  85.5  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5114  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  73.85 
 
 		 119 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.668052 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  40.5 
 
 		 110 aa  73.6  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4078  hypothetical protein  47.78 
 
 		 137 aa  73.2  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00569663  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0405  hypothetical protein  42.06 
 
 		 120 aa  71.6  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3089  hypothetical protein  55.93 
 
 		 138 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000479823  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3472  hypothetical protein  32.5 
 
 		 332 aa  55.1  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.33558 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1869  hypothetical protein  36.94 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00710485  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2824  hypothetical protein  40.68 
 
 		 134 aa  54.3  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000715394  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2839  hypothetical protein  44.64 
 
 		 184 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2514  helix-hairpin-helix protein  38.37 
 
 		 148 aa  53.9  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355933  normal  0.208797 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4421  hypothetical protein  42.31 
 
 		 182 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.046952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.5 
 
 		 130 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4885  hypothetical protein  46.67 
 
 		 183 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2548  hypothetical protein  41.82 
 
 		 129 aa  50.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.64 
 
 		 105 aa  50.8  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4931  hypothetical protein  40.68 
 
 		 188 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  38.55 
 
 		 111 aa  48.9  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1508  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.65 
 
 		 127 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2489  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.15 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.632838  normal  0.0131987 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4563  hypothetical protein  43.64 
 
 		 212 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101881 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0767  competence protein ComE, putative  42.65 
 
 		 116 aa  45.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0805  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  29.41 
 
 		 250 aa  45.8  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3093  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  29.17 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000182901 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4496  hypothetical protein  39.66 
 
 		 199 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0369659  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.74 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2120  copper amine oxidase domain protein  41.18 
 
 		 502 aa  43.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.16 
 
 		 121 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2731  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.54 
 
 		 122 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0259304 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2156  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  35.37 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.367346  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  36.17 
 
 		 243 aa  42  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1623  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.54 
 
 		 122 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3435  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  34.15 
 
 		 304 aa  42.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0218719  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1612  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.54 
 
 		 122 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.54 
 
 		 122 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330475  normal  0.397521 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2665  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  53.66 
 
 		 361 aa  41.2  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197642  normal  0.42008 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.17 
 
 		 121 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2082  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  37.5 
 
 		 169 aa  41.6  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.918222  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0715  hypothetical protein  35 
 
 		 274 aa  40.8  0.006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0512  competence protein ComEA  33.33 
 
 		 124 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0318575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1561  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.88 
 
 		 105 aa  40.8  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.230085  hitchhiker  0.0000735026 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1109  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  48.78 
 
 		 187 aa  40.4  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.294059  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1813  DNA-binding protein, putative  46.15 
 
 		 121 aa  40.4  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0556  competence protein ComEA  33.33 
 
 		 124 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0495  competence protein ComEA  33.33 
 
 		 124 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0493  competence protein ComEA  33.33 
 
 		 124 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0502  competence protein ComEA  33.33 
 
 		 124 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.160916 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  43.9 
 
 		 116 aa  40.4  0.009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2230  Soluble ligand binding domain protein  39.39 
 
 		 180 aa  40.4  0.009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0322679  hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2474  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  41.38 
 
 		 137 aa  40  0.01  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>