90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_5114 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_5114  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 		 119 aa  221  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.668052 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  55.88 
 
 		 130 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5921  helix-hairpin-helix motif protein  83.61 
 
 		 129 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.946109  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0205  hypothetical protein  58.42 
 
 		 127 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.288848  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  77.42 
 
 		 152 aa  103  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0210  hypothetical protein  52 
 
 		 123 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0267278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2719  hypothetical protein  73.85 
 
 		 121 aa  100  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.652584  normal  0.0856315 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2496  hypothetical protein  73.85 
 
 		 121 aa  100  8e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.942964  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  53.92 
 
 		 121 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2424  hypothetical protein  69.23 
 
 		 133 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  72.13 
 
 		 119 aa  89.4  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  46.85 
 
 		 110 aa  77  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3089  hypothetical protein  54.24 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000479823  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4078  hypothetical protein  60 
 
 		 137 aa  68.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00569663  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0405  hypothetical protein  41 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2839  hypothetical protein  41.25 
 
 		 184 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.78 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2514  helix-hairpin-helix protein  44.44 
 
 		 148 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355933  normal  0.208797 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2824  hypothetical protein  45.9 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000715394  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2548  hypothetical protein  45.45 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  38.54 
 
 		 111 aa  56.2  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4885  hypothetical protein  41.86 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3435  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.04 
 
 		 304 aa  53.5  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0218719  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  31.3 
 
 		 227 aa  52.8  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4421  hypothetical protein  42.5 
 
 		 182 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.046952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1869  hypothetical protein  41.67 
 
 		 207 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00710485  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5924  hypothetical protein  41.49 
 
 		 202 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.11783  normal  0.310125 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4931  hypothetical protein  42.37 
 
 		 188 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  37.8 
 
 		 116 aa  49.7  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4563  hypothetical protein  45.45 
 
 		 212 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101881 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.1 
 
 		 200 aa  48.9  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7231  hypothetical protein  32.47 
 
 		 84 aa  48.9  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.330567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2104  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.84 
 
 		 201 aa  47.8  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.854635  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1191  radical SAM domain-containing protein  43.1 
 
 		 551 aa  46.6  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000804505  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.43 
 
 		 220 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1612  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.26 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.26 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330475  normal  0.397521 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1264  radical SAM domain-containing protein  43.1 
 
 		 551 aa  46.2  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1623  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.26 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2731  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  34.26 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0259304 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.09 
 
 		 121 aa  45.4  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.4 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4496  hypothetical protein  41.38 
 
 		 199 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0369659  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  50 
 
 		 103 aa  45.4  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1508  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.1 
 
 		 127 aa  45.4  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1741  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 		 184 aa  44.7  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0277947  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1561  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 		 105 aa  45.1  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.230085  hitchhiker  0.0000735026 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3915  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  51.02 
 
 		 269 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.1 
 
 		 206 aa  44.3  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1230  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.11 
 
 		 296 aa  44.3  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.890666  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3472  hypothetical protein  28.1 
 
 		 332 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.33558 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1282  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.65 
 
 		 413 aa  44.3  0.0006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1302  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.37 
 
 		 309 aa  44.3  0.0006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.98 
 
 		 121 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.83 
 
 		 222 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.65 
 
 		 213 aa  43.9  0.0007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  37.5 
 
 		 105 aa  43.9  0.0008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2665  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  62.16 
 
 		 361 aa  43.5  0.0009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197642  normal  0.42008 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1190  Radical SAM domain protein  56.76 
 
 		 590 aa  43.5  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.540561  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2007  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.1 
 
 		 585 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.56 
 
 		 105 aa  42.7  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2082  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  40.68 
 
 		 169 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.918222  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5823  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.79 
 
 		 158 aa  42.4  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2156  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  33.33 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.367346  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1813  DNA-binding protein, putative  34.21 
 
 		 121 aa  42.7  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  39.71 
 
 		 543 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  45 
 
 		 101 aa  42  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1233  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40 
 
 		 171 aa  42  0.003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12443  hypothetical protein  54.29 
 
 		 297 aa  42  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  52.78 
 
 		 263 aa  42  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0963672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2474  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  34.67 
 
 		 137 aa  42  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1761  hypothetical protein  31.87 
 
 		 345 aa  41.6  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.353962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0024  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  38.03 
 
 		 166 aa  41.2  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2489  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.632838  normal  0.0131987 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1243  DNA uptake protein-related DNA-binding protein  32.69 
 
 		 103 aa  41.2  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104956 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3198  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.16 
 
 		 102 aa  41.2  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12930  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.68 
 
 		 245 aa  41.2  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149409  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0773  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.98 
 
 		 250 aa  41.2  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.466163  normal  0.364804 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0934  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.71 
 
 		 211 aa  40.8  0.006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.800656  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  51.28 
 
 		 271 aa  40.8  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1257  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  38.95 
 
 		 422 aa  40.8  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0994426 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2245  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.32 
 
 		 326 aa  40.4  0.007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0740  DNA uptake/competence protein  34.15 
 
 		 128 aa  40.8  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.4977199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2375  putative comE operon protein 1  31.58 
 
 		 254 aa  40.8  0.007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  39.66 
 
 		 545 aa  40.8  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.51 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.51 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1109  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  48.84 
 
 		 187 aa  40.8  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.294059  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1657  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.59 
 
 		 226 aa  40.4  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.11522  hitchhiker  0.000932836 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2010  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.3 
 
 		 301 aa  40  0.01  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>