58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0210 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0210  hypothetical protein  100 
 
 		 123 aa  243  8e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0267278 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  66.67 
 
 		 130 aa  144  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0205  hypothetical protein  73.79 
 
 		 127 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.288848  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  66.99 
 
 		 121 aa  124  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2424  hypothetical protein  66.15 
 
 		 133 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5921  helix-hairpin-helix motif protein  67.74 
 
 		 129 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.946109  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2719  hypothetical protein  67.19 
 
 		 121 aa  95.1  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.652584  normal  0.0856315 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2496  hypothetical protein  67.19 
 
 		 121 aa  95.1  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.942964  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  64.52 
 
 		 152 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0405  hypothetical protein  53.23 
 
 		 120 aa  86.7  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  68.85 
 
 		 119 aa  86.7  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5114  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  65.67 
 
 		 119 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.668052 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  50.62 
 
 		 110 aa  71.6  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3089  hypothetical protein  52.54 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000479823  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4078  hypothetical protein  39.22 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00569663  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2824  hypothetical protein  49.15 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000715394  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2514  helix-hairpin-helix protein  47.46 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355933  normal  0.208797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2839  hypothetical protein  32.26 
 
 		 184 aa  53.5  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  36.36 
 
 		 111 aa  50.4  0.000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.05 
 
 		 130 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4931  hypothetical protein  37.29 
 
 		 188 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4885  hypothetical protein  35.59 
 
 		 183 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.06 
 
 		 200 aa  47.4  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4421  hypothetical protein  35.59 
 
 		 182 aa  47  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.046952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2548  hypothetical protein  30.91 
 
 		 129 aa  47  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4563  hypothetical protein  36.21 
 
 		 212 aa  47  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101881 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12443  hypothetical protein  50 
 
 		 297 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1869  hypothetical protein  30 
 
 		 207 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00710485  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  38.36 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3435  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  30.99 
 
 		 304 aa  44.7  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0218719  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3915  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.7 
 
 		 269 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  30.26 
 
 		 187 aa  44.3  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0313  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.53 
 
 		 205 aa  44.3  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0283813  normal  0.592381 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4496  hypothetical protein  32.5 
 
 		 199 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0369659  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  57.14 
 
 		 263 aa  43.9  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0963672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.59 
 
 		 227 aa  43.9  0.0007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  38.71 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1264  radical SAM domain-containing protein  34.48 
 
 		 551 aa  43.9  0.0008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  36.92 
 
 		 103 aa  43.5  0.0009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1230  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.59 
 
 		 296 aa  43.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.890666  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2104  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  31.03 
 
 		 201 aa  43.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.854635  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  26.42 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1191  radical SAM domain-containing protein  34.48 
 
 		 551 aa  43.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000804505  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0805  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  30.12 
 
 		 250 aa  42.7  0.002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1202  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.14 
 
 		 242 aa  42.4  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  39.34 
 
 		 222 aa  42  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.87 
 
 		 206 aa  41.6  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1787  hypothetical protein  38.71 
 
 		 342 aa  41.2  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.815822  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1190  Radical SAM domain protein  54.84 
 
 		 590 aa  41.2  0.005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.540561  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36 
 
 		 105 aa  41.2  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06940  glycogen/starch synthase, ADP-glucose type  31.34 
 
 		 587 aa  40.8  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.1185  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.24 
 
 		 220 aa  40.4  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.33 
 
 		 100 aa  40.4  0.008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3472  hypothetical protein  32.53 
 
 		 332 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.33558 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.82 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2102  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  48.78 
 
 		 319 aa  40.4  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  25.25 
 
 		 213 aa  40.4  0.009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0640  Radical SAM domain protein  40.54 
 
 		 625 aa  40  0.01  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.47984  normal  0.740234 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>