64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0519 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  100 
 
 		 130 aa  257  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  77.42 
 
 		 121 aa  150  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0205  hypothetical protein  77.45 
 
 		 127 aa  147  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.288848  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0210  hypothetical protein  66.17 
 
 		 123 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0267278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2424  hypothetical protein  64 
 
 		 133 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2496  hypothetical protein  70.31 
 
 		 121 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.942964  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2719  hypothetical protein  70.31 
 
 		 121 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.652584  normal  0.0856315 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5921  helix-hairpin-helix motif protein  67.21 
 
 		 129 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.946109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  67.21 
 
 		 152 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  67.21 
 
 		 119 aa  84  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0405  hypothetical protein  47.93 
 
 		 120 aa  80.9  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3089  hypothetical protein  55.93 
 
 		 138 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000479823  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5114  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  67.21 
 
 		 119 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.668052 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4078  hypothetical protein  40.4 
 
 		 137 aa  67  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00569663  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  55.93 
 
 		 110 aa  65.5  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2824  hypothetical protein  45.76 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000715394  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  33.71 
 
 		 111 aa  53.1  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2514  helix-hairpin-helix protein  37.17 
 
 		 148 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355933  normal  0.208797 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2548  hypothetical protein  36.36 
 
 		 129 aa  51.2  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2839  hypothetical protein  36.84 
 
 		 184 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.08 
 
 		 130 aa  50.4  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4421  hypothetical protein  37.66 
 
 		 182 aa  50.1  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.046952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.88 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4885  hypothetical protein  39.66 
 
 		 183 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.02 
 
 		 200 aa  48.9  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12443  hypothetical protein  45.61 
 
 		 297 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  52.63 
 
 		 101 aa  47.4  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4931  hypothetical protein  38.98 
 
 		 188 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.68 
 
 		 227 aa  47  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1869  hypothetical protein  33.33 
 
 		 207 aa  47  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00710485  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.45 
 
 		 263 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0963672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  32.11 
 
 		 105 aa  46.2  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4563  hypothetical protein  39.66 
 
 		 212 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101881 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36 
 
 		 206 aa  45.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.23 
 
 		 121 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  52.17 
 
 		 103 aa  44.3  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.94 
 
 		 121 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  30.61 
 
 		 234 aa  43.5  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4496  hypothetical protein  39.66 
 
 		 199 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0369659  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.97 
 
 		 187 aa  43.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1230  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  31.71 
 
 		 296 aa  42.7  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.890666  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3435  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  30 
 
 		 304 aa  43.5  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0218719  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1264  radical SAM domain-containing protein  39.66 
 
 		 551 aa  43.5  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7231  hypothetical protein  29.49 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.330567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3915  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 		 269 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1191  radical SAM domain-containing protein  39.66 
 
 		 551 aa  42.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000804505  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0805  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.33 
 
 		 250 aa  42.4  0.002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2247  radical SAM family Fe-S protein  40.82 
 
 		 566 aa  42.4  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.747344  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3472  hypothetical protein  29.51 
 
 		 332 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.33558 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2087  comE operon protein 1, putative  38.67 
 
 		 254 aa  42.7  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.62 
 
 		 190 aa  42.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0313  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.82 
 
 		 205 aa  42  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0283813  normal  0.592381 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2104  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.68 
 
 		 201 aa  42  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.854635  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12930  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.98 
 
 		 245 aa  42  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149409  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.98 
 
 		 181 aa  42  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1561  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  25.83 
 
 		 105 aa  42  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.230085  hitchhiker  0.0000735026 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  28.21 
 
 		 116 aa  42  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0773  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.62 
 
 		 250 aa  42  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.466163  normal  0.364804 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2375  putative comE operon protein 1  38.89 
 
 		 254 aa  41.2  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3198  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.62 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0740  DNA uptake/competence protein  33.33 
 
 		 128 aa  41.2  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.4977199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.98 
 
 		 181 aa  40  0.01  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2010  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.16 
 
 		 301 aa  40  0.01  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  30.25 
 
 		 213 aa  40  0.01  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>