58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2811 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  100 
 
 		 119 aa  223  5.0000000000000005e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0210  hypothetical protein  53 
 
 		 123 aa  97.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0267278 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0205  hypothetical protein  57.43 
 
 		 127 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.288848  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  53.54 
 
 		 130 aa  88.2  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2496  hypothetical protein  68.25 
 
 		 121 aa  88.2  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.942964  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2719  hypothetical protein  68.25 
 
 		 121 aa  88.2  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.652584  normal  0.0856315 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2424  hypothetical protein  65.08 
 
 		 133 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5921  helix-hairpin-helix motif protein  67.21 
 
 		 129 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.946109  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  50.98 
 
 		 121 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  61.29 
 
 		 152 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0405  hypothetical protein  47.96 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3089  hypothetical protein  55.93 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000479823  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  41.23 
 
 		 110 aa  72.4  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4078  hypothetical protein  48.45 
 
 		 137 aa  71.6  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00569663  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5114  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  71.43 
 
 		 119 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.668052 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2824  hypothetical protein  47.54 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000715394  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2514  helix-hairpin-helix protein  49.15 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355933  normal  0.208797 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.05 
 
 		 130 aa  57  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2548  hypothetical protein  40 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2839  hypothetical protein  33.9 
 
 		 184 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.14 
 
 		 200 aa  47.8  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4885  hypothetical protein  35.53 
 
 		 183 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4421  hypothetical protein  35.37 
 
 		 182 aa  47.4  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.046952  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  37.97 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1869  hypothetical protein  37.1 
 
 		 207 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00710485  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  33.33 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.3 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4931  hypothetical protein  35.59 
 
 		 188 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2230  Soluble ligand binding domain protein  49.09 
 
 		 180 aa  44.3  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0322679  hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  30.86 
 
 		 116 aa  44.3  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  38.98 
 
 		 103 aa  44.7  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1286  Radical SAM domain protein  45.45 
 
 		 532 aa  44.3  0.0006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.718238  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1190  Radical SAM domain protein  67.74 
 
 		 590 aa  44.3  0.0006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.540561  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  28.77 
 
 		 545 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4563  hypothetical protein  36.36 
 
 		 212 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101881 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3228  helix-hairpin-helix motif protein  28.77 
 
 		 545 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.269914 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.23 
 
 		 121 aa  42.7  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1813  DNA-binding protein, putative  37.23 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2665  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.81 
 
 		 361 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197642  normal  0.42008 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0934  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  34.92 
 
 		 211 aa  43.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.800656  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0664  hypothetical protein  39.62 
 
 		 237 aa  43.1  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.23 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1297  Radical SAM domain protein  64.52 
 
 		 575 aa  42.7  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3010  competence protein ComEA  41.51 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5823  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.45 
 
 		 158 aa  42.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1109  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  50 
 
 		 187 aa  42.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.294059  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2769  Radical SAM domain protein  58.06 
 
 		 595 aa  42  0.003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.847713  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1508  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.25 
 
 		 127 aa  42  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.12 
 
 		 105 aa  42  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0640  Radical SAM domain protein  51.35 
 
 		 625 aa  41.2  0.004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.47984  normal  0.740234 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0024  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  38.1 
 
 		 166 aa  41.6  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4496  hypothetical protein  38.75 
 
 		 199 aa  40.4  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0369659  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2731  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.63 
 
 		 122 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0259304 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1623  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.63 
 
 		 122 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1886  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.62 
 
 		 300 aa  40  0.01  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.528332  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2489  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34 
 
 		 99 aa  40  0.01  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.632838  normal  0.0131987 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1612  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.63 
 
 		 122 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.63 
 
 		 122 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330475  normal  0.397521 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>