More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1109 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1109  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  100 
 
 
187 aa  374  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.294059  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2354  peptidylprolyl isomerase  56.91 
 
 
174 aa  148  4e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3255  Peptidylprolyl isomerase  62.39 
 
 
155 aa  148  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2474  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  61.95 
 
 
113 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.475671  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4384  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  63.06 
 
 
112 aa  145  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.281199  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4527  peptidylprolyl isomerase  61.06 
 
 
113 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1005  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  62.04 
 
 
155 aa  145  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000154901  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3689  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  61.06 
 
 
113 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.252269 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3836  peptidylprolyl isomerase  61.06 
 
 
113 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.01461  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2612  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  61.06 
 
 
113 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0907  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  61.06 
 
 
113 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0506  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  58.56 
 
 
179 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0554  FK506-binding protein  61.06 
 
 
113 aa  144  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0880255  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6832  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  61.06 
 
 
113 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.728971 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2274  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  64.86 
 
 
138 aa  144  9e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0799  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  57.14 
 
 
138 aa  144  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.295735  normal  0.754912 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4905  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  60.18 
 
 
113 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150191  hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0331  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  52.31 
 
 
165 aa  143  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.592702  normal  0.303367 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2871  peptidylprolyl isomerase  61.26 
 
 
112 aa  142  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.824739 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5559  peptidylprolyl isomerase  60.18 
 
 
113 aa  142  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3736  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  60.18 
 
 
113 aa  142  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.54259 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1790  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  62.5 
 
 
155 aa  140  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000166077  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2261  peptidylprolyl isomerase  58.41 
 
 
113 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.238046  normal  0.0302474 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2910  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  51.47 
 
 
180 aa  140  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3186  Peptidylprolyl isomerase  51.47 
 
 
180 aa  140  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.611453  normal  0.130701 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2362  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  51.68 
 
 
157 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1467  peptidylprolyl isomerase  55.36 
 
 
203 aa  135  4e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00726041 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2362  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  52.99 
 
 
143 aa  134  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1033  Peptidylprolyl isomerase  60.19 
 
 
114 aa  133  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2929  peptidylprolyl isomerase  52.07 
 
 
154 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0827  peptidylprolyl isomerase  58.93 
 
 
115 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0553692  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2532  peptidylprolyl isomerase  55.56 
 
 
155 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.341232 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2646  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  56.25 
 
 
237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3163  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  56.52 
 
 
140 aa  132  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.229484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4646  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  52 
 
 
140 aa  132  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.1872 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5109  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  52 
 
 
140 aa  132  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.629192 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3860  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  57.8 
 
 
159 aa  132  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0800  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  56.78 
 
 
117 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.429736  normal  0.563113 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5187  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  52 
 
 
140 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.500146  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0730  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  55.93 
 
 
117 aa  131  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.66054 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2493  Peptidylprolyl isomerase  58.04 
 
 
119 aa  130  7.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.227224  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3146  peptidylprolyl isomerase  58.04 
 
 
119 aa  130  7.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.317376  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1113  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  53.91 
 
 
254 aa  130  9e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1714  Peptidylprolyl isomerase  56.64 
 
 
116 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.326907  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2540  peptidylprolyl isomerase  52.07 
 
 
154 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1387  peptidylprolyl isomerase  57.14 
 
 
119 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.719013  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0784  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  56.25 
 
 
117 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.496547  normal  0.152176 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0874  peptidylprolyl isomerase  53.57 
 
 
199 aa  129  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.3353  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2573  peptidylprolyl isomerase  53.85 
 
 
154 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2895  peptidylprolyl isomerase  54.39 
 
 
167 aa  129  3e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.023832  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3469  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  54.95 
 
 
114 aa  129  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00701506  normal  0.38451 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0221  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  49.22 
 
 
140 aa  129  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2200  peptidylprolyl isomerase  55.65 
 
 
115 aa  128  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2171  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  54.7 
 
 
154 aa  128  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.125319  normal  0.686842 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2816  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  50.41 
 
 
152 aa  128  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296366  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2350  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  56.64 
 
 
149 aa  127  6e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.704369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5060  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  57.14 
 
 
117 aa  127  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.236785 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0812  FKBP-type peptidylprolyl isomerase  56.25 
 
 
115 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1619  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  54.78 
 
 
117 aa  126  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1971  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  54.87 
 
 
117 aa  125  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000000187591  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3178  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  56.48 
 
 
112 aa  125  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2212  putative FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase)(immunophilin) protein  56.25 
 
 
117 aa  124  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.724814  normal  0.892159 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1444  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type  47.55 
 
 
310 aa  124  6e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01512  fkbp-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  56.88 
 
 
143 aa  124  6e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.173937  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3081  peptidylprolyl isomerase  55.45 
 
 
115 aa  124  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114417  normal  0.104029 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0691  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  53.91 
 
 
119 aa  124  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.621993 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1389  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase)  50.81 
 
 
190 aa  123  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.143322  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2152  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  55.14 
 
 
108 aa  122  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.109523 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2191  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin type  55.05 
 
 
310 aa  121  7e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00827429  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14541  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase)  49.19 
 
 
190 aa  121  7e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14921  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase)  49.6 
 
 
190 aa  121  7e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1524  peptidylprolyl isomerase  53.27 
 
 
197 aa  120  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44220  Peptidylprolyl isomerase  49.53 
 
 
113 aa  119  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.342514  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07190  probable peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  47.59 
 
 
310 aa  119  3e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.301434  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14781  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase)  50.88 
 
 
190 aa  119  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3652  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase)  46.56 
 
 
297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19721  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase)  53.7 
 
 
210 aa  118  6e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0321847 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1749  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  55.45 
 
 
107 aa  115  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.372299 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2074  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  55.45 
 
 
107 aa  115  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.801317  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1803  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  55.45 
 
 
107 aa  115  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1882  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  55.45 
 
 
107 aa  115  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0751  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  48.46 
 
 
153 aa  114  6e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13401  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase)  48.28 
 
 
199 aa  114  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.884354  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3576  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  49.06 
 
 
112 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.515977 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1435  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  53.21 
 
 
144 aa  113  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.585124  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1650  peptidylprolyl isomerase  55.77 
 
 
140 aa  113  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.294952 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2957  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  50.94 
 
 
163 aa  112  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6522  Peptidylprolyl isomerase  41.28 
 
 
258 aa  111  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0821  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FkbP  48.11 
 
 
112 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3640  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  48.6 
 
 
112 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0746275  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1554  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  45.61 
 
 
143 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0827  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  42.86 
 
 
255 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.071288  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0365  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  54.37 
 
 
115 aa  109  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3879  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  49.04 
 
 
112 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1404  putative FkbP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  48.08 
 
 
113 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3832  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  48 
 
 
111 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3905  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  48 
 
 
111 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2126  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  48.84 
 
 
232 aa  109  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.116551  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4028  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  48 
 
 
111 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0429  peptidylprolyl isomerase FKBP-type  48 
 
 
111 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>