84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3584 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3584  radical SAM family protein  100 
 
 		 413 aa  859    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01933  Radical SAM  93.22 
 
 		 413 aa  809    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1759  radical SAM family protein  61.31 
 
 		 411 aa  514  1e-144  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2067  radical SAM family protein  60.1 
 
 		 411 aa  500  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.408571  normal  0.630296 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03047  elongator protein 3/MiaB/NifB  60 
 
 		 414 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2984  hypothetical protein  58.5 
 
 		 412 aa  488  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0923725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2580  radical SAM domain-containing protein  57.35 
 
 		 403 aa  489  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.20747  normal  0.542097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2305  radical SAM domain-containing protein  57.35 
 
 		 403 aa  488  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146682  hitchhiker  0.00602825 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2262  Radical SAM domain protein  57.35 
 
 		 403 aa  487  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.625043  normal  0.275727 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6622  radical SAM domain-containing protein  56.25 
 
 		 404 aa  486  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4606  radical SAM domain-containing protein  59.12 
 
 		 410 aa  482  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7467  hypothetical protein  58.55 
 
 		 410 aa  484  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2260  radical SAM domain-containing protein  58.01 
 
 		 406 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.249916  normal  0.262865 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3540  radical SAM domain-containing protein  57.35 
 
 		 403 aa  481  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1900  radical SAM family protein  56.97 
 
 		 412 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.308107 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2003  Radical SAM domain protein  56.73 
 
 		 416 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2258  Elongator protein 3/MiaB/NifB  56.52 
 
 		 414 aa  471  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.231457  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2338  Radical SAM domain protein  55.01 
 
 		 402 aa  473  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.278935  normal  0.595723 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4146  radical SAM domain-containing protein  58.81 
 
 		 403 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2714  Radical SAM domain protein  57.11 
 
 		 414 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2234  DNA-binding protein  56.8 
 
 		 406 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.62693  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2501  radical SAM family protein  56.72 
 
 		 409 aa  465  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.152187  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0909  radical SAM domain-containing protein  57.04 
 
 		 406 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.338541  normal  0.891076 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2975  Radical SAM domain protein  57.11 
 
 		 414 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.0745419 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4594  radical SAM domain-containing protein  55.99 
 
 		 434 aa  462  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2365  radical SAM family protein  57.14 
 
 		 406 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229751  normal  0.414721 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1309  radical SAM domain-containing protein  54.59 
 
 		 423 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3469  radical SAM family protein  55.21 
 
 		 406 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2040  radical SAM family protein  55.29 
 
 		 421 aa  448  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2924  radical SAM domain protein  53.14 
 
 		 416 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2768  radical SAM domain-containing protein  53.14 
 
 		 406 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.723195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2852  radical SAM domain-containing protein  52.42 
 
 		 406 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0978513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2123  radical SAM domain-containing protein  52.9 
 
 		 406 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0767294  normal  0.422246 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4849  radical SAM domain-containing protein  56.27 
 
 		 439 aa  431  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0228  hypothetical protein  52.74 
 
 		 417 aa  426  1e-118  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008996 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4056  Radical SAM domain protein  53.52 
 
 		 418 aa  415  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0464079 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0668  Radical SAM domain protein  50.35 
 
 		 419 aa  413  1e-114  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.332892  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12078  hypothetical protein  50.98 
 
 		 420 aa  412  1e-114  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2639  hypothetical protein  53.12 
 
 		 417 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1575  hypothetical protein  51.52 
 
 		 420 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00249963  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0306  hypothetical protein  51.71 
 
 		 418 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0825598  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0176  radical SAM domain-containing protein  53.42 
 
 		 413 aa  402  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0194  Radical SAM domain protein  50.64 
 
 		 418 aa  393  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1202  Radical SAM domain protein  51.41 
 
 		 418 aa  394  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000160208  normal  0.825886 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0826  radical SAM family protein  50.12 
 
 		 422 aa  392  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.243039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0246  hypothetical protein  48.82 
 
 		 420 aa  389  1e-107  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1787  radical SAM domain-containing protein  49.5 
 
 		 422 aa  387  1e-106  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0320  hypothetical protein  50.52 
 
 		 419 aa  382  1e-105  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0407  radical SAM family protein  50.39 
 
 		 435 aa  381  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00162852  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1724  Radical SAM domain protein  50.26 
 
 		 461 aa  375  1e-103  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.408853  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3382  radical SAM domain-containing protein  46.63 
 
 		 428 aa  372  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1282  radical SAM domain-containing protein  48.82 
 
 		 432 aa  374  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0925  helix-hairpin-helix motif  49.62 
 
 		 425 aa  363  2e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000510341 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3329  radical SAM domain-containing protein  45.79 
 
 		 431 aa  363  2e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1926  Radical SAM domain protein  47.7 
 
 		 415 aa  361  1e-98  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000517647  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05010  Radical SAM domain protein  48.56 
 
 		 415 aa  360  2e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0124  radical SAM family protein  48.17 
 
 		 431 aa  361  2e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0282893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0108  Radical SAM domain protein  46.06 
 
 		 429 aa  360  3e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0393  Radical SAM domain protein  48.56 
 
 		 397 aa  357  1.9999999999999998e-97  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00226682  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15350  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif  46.33 
 
 		 434 aa  356  3.9999999999999996e-97  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000164569  normal  0.0902203 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0347  hypothetical protein  48.22 
 
 		 420 aa  354  2e-96  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1154  radical SAM family protein  47.21 
 
 		 502 aa  351  1e-95  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.848409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1155  Radical SAM domain protein  48.06 
 
 		 405 aa  342  5e-93  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00303248  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3695  Radical SAM domain protein  45.95 
 
 		 435 aa  338  8e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000234809  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09110  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif protein  44.75 
 
 		 483 aa  332  7.000000000000001e-90  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.567211  normal  0.851078 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1192  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.86 
 
 		 386 aa  312  5.999999999999999e-84  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.052698  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0496  radical SAM family protein  40.09 
 
 		 469 aa  300  3e-80  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0681  radical SAM domain-containing protein  41.14 
 
 		 370 aa  288  1e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0554713  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1713  Radical SAM domain protein  38.98 
 
 		 384 aa  279  7e-74  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00398016  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1942  hypothetical protein  53.02 
 
 		 298 aa  275  9e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1798  Radical SAM domain protein  41.24 
 
 		 377 aa  262  6.999999999999999e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0702083  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3729  radical SAM domain-containing protein  35.79 
 
 		 393 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0105628 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4389  radical SAM domain-containing protein  36.19 
 
 		 393 aa  217  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.484216 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0818  radical SAM domain-containing protein  51.98 
 
 		 539 aa  210  4e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1467  radical SAM domain-containing protein  35.79 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1336  hypothetical protein  31.28 
 
 		 379 aa  202  9e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00270043  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2166  radical SAM domain-containing protein  34.44 
 
 		 386 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.978798  hitchhiker  0.00000549931 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0251  radical SAM domain-containing protein  33.85 
 
 		 372 aa  186  6e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.996674  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0388  radical SAM domain-containing protein  34.64 
 
 		 400 aa  159  1e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1032  hypothetical protein  30.99 
 
 		 348 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2197  radical SAM family protein  25.23 
 
 		 330 aa  49.7  0.00009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.804971  normal  0.445705 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.98 
 
 		 200 aa  48.5  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2046  radical SAM domain-containing protein  24 
 
 		 331 aa  44.3  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1164  Radical SAM domain protein  23.57 
 
 		 331 aa  43.5  0.007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.987774  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>