205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0507 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 		 142 aa  285  1e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  73.94 
 
 		 142 aa  197  3e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  52.22 
 
 		 186 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1428  hypothetical protein  57.14 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  decreased coverage  0.00108668 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  57.14 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1869  hypothetical protein  57.14 
 
 		 203 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.391692  hitchhiker  0.000308285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  49.43 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  57.14 
 
 		 196 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6234  hypothetical protein  57.14 
 
 		 203 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.815006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1845  hypothetical protein  57.14 
 
 		 203 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311424  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1755  hypothetical protein  55.56 
 
 		 203 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  55.56 
 
 		 321 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  47.73 
 
 		 112 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1783  hypothetical protein  55.56 
 
 		 203 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948816  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  55.56 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  50 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  50 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  55.56 
 
 		 199 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  55.56 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  55.56 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  55.56 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2994  helix-hairpin-helix motif  50 
 
 		 121 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.358565  hitchhiker  0.00170682 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  48.65 
 
 		 122 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  45.98 
 
 		 89 aa  68.6  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  38.37 
 
 		 105 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0989  hypothetical protein  52.24 
 
 		 121 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  39.53 
 
 		 107 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  42.05 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  44.58 
 
 		 115 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.58 
 
 		 115 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.58 
 
 		 115 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.69 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0944654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1645  hypothetical protein  49.21 
 
 		 105 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  46.15 
 
 		 126 aa  63.5  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0930  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.23 
 
 		 114 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  46.38 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  46.38 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0934  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.23 
 
 		 114 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1783  hypothetical protein  48.68 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0226713  hitchhiker  0.00393532 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0420  competence protein ComE  49.18 
 
 		 105 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2985  competence protein ComE  49.18 
 
 		 105 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  52.46 
 
 		 100 aa  62  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2564  competence protein ComE  49.18 
 
 		 105 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0939  competence protein ComE  49.18 
 
 		 105 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2875  putative competence protein  49.18 
 
 		 105 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.680946  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2938  putative competence protein  49.18 
 
 		 105 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.496433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0209  competence protein ComE  49.18 
 
 		 105 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  49.25 
 
 		 105 aa  61.2  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1920  hypothetical protein  33.91 
 
 		 183 aa  61.2  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199806  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  44.62 
 
 		 104 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3910  hypothetical protein  35.4 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.795359  normal  0.0251943 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1387  hypothetical protein  41.56 
 
 		 114 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0805977  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2473  hypothetical protein  41.56 
 
 		 114 aa  57  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.180948  normal  0.194353 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2802  hypothetical protein  39.47 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000358181 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  37.97 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4728  hypothetical protein  31.36 
 
 		 136 aa  55.1  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0125771  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0010  competence protein ComEA  45.57 
 
 		 79 aa  54.7  0.0000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3053  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  49.15 
 
 		 200 aa  53.9  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  44.07 
 
 		 243 aa  53.9  0.0000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0037  competence protein ComEA  44.3 
 
 		 79 aa  53.9  0.0000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0368973  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0011  competence protein ComEA  44.3 
 
 		 79 aa  53.9  0.0000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00025095  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4318  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  48.28 
 
 		 216 aa  53.5  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1157  comE operon protein 1, putative  45.61 
 
 		 224 aa  52.8  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1000  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  51.79 
 
 		 207 aa  53.1  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  49.15 
 
 		 206 aa  53.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1561  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  54.55 
 
 		 105 aa  52.4  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.230085  hitchhiker  0.0000735026 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  48.28 
 
 		 187 aa  52.4  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  37.18 
 
 		 110 aa  52.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3304  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.27 
 
 		 214 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0506678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.89 
 
 		 190 aa  52.8  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1521  late competence protein required for DNA binding and uptake  48.21 
 
 		 231 aa  52  0.000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  45.61 
 
 		 261 aa  51.6  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2033  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.5 
 
 		 93 aa  52  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000281796  hitchhiker  0.000016405 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2451  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  50 
 
 		 204 aa  51.6  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0119288  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0943  comEA protein  46.43 
 
 		 262 aa  51.2  0.000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  39.68 
 
 		 103 aa  51.6  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48.21 
 
 		 227 aa  51.6  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1610  hypothetical protein  35.9 
 
 		 113 aa  50.8  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.9 
 
 		 181 aa  50.8  0.000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1657  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.83 
 
 		 226 aa  50.4  0.000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.11522  hitchhiker  0.000932836 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0113  putative competence DNA binding protein ComEA  50.91 
 
 		 115 aa  50.1  0.000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.203684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1243  DNA uptake protein-related DNA-binding protein  48.15 
 
 		 103 aa  50.1  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104956 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.07 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12930  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.83 
 
 		 245 aa  49.7  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149409  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1771  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  36.26 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.219727  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.9 
 
 		 181 aa  50.1  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  50 
 
 		 234 aa  49.7  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1122  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  48.21 
 
 		 235 aa  49.7  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.266281  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  44.64 
 
 		 116 aa  50.1  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.99 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2010  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.42 
 
 		 301 aa  49.3  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.99 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7078  putative DNA-binding protein  38.33 
 
 		 385 aa  48.9  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.537278 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1647  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 		 225 aa  49.3  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5823  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.53 
 
 		 158 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1682  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 		 225 aa  49.3  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00173147  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4447  comE operon protein 1  45.76 
 
 		 198 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00373204  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1202  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.33 
 
 		 242 aa  48.9  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4178  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.07 
 
 		 199 aa  48.5  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.666456  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48.21 
 
 		 213 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>