103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1920 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1920  hypothetical protein  100 
 
 		 183 aa  352  1e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199806  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1783  hypothetical protein  73.49 
 
 		 181 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0226713  hitchhiker  0.00393532 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2802  hypothetical protein  73 
 
 		 119 aa  151  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000358181 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4728  hypothetical protein  55.37 
 
 		 136 aa  116  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0125771  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1610  hypothetical protein  58.43 
 
 		 113 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  53.12 
 
 		 110 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3910  hypothetical protein  54.31 
 
 		 130 aa  99  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.795359  normal  0.0251943 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0977  hypothetical protein  61.18 
 
 		 109 aa  97.1  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1387  hypothetical protein  52.44 
 
 		 114 aa  95.9  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0805977  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2473  hypothetical protein  54.93 
 
 		 114 aa  94  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.180948  normal  0.194353 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  48.98 
 
 		 201 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  47.78 
 
 		 186 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  44.04 
 
 		 113 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  51.25 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  47 
 
 		 199 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  47.47 
 
 		 115 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.47 
 
 		 115 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  47 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  47 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  47 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.47 
 
 		 115 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  47 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  47 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  47 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1428  hypothetical protein  47.78 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  decreased coverage  0.00108668 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  47 
 
 		 321 aa  72  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6234  hypothetical protein  46.67 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.815006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1845  hypothetical protein  46.67 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311424  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1869  hypothetical protein  46.67 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.391692  hitchhiker  0.000308285 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1755  hypothetical protein  45.56 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  45.78 
 
 		 105 aa  68.9  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  46.07 
 
 		 207 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1783  hypothetical protein  45.56 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948816  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2994  helix-hairpin-helix motif  48.84 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.358565  hitchhiker  0.00170682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  48.81 
 
 		 107 aa  67.8  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  48.84 
 
 		 122 aa  67  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  47.19 
 
 		 112 aa  65.1  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  46.81 
 
 		 105 aa  64.7  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  48.81 
 
 		 104 aa  64.3  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0934  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.83 
 
 		 114 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0930  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.83 
 
 		 114 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.84 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0944654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  37.6 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  51.52 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0989  hypothetical protein  48.15 
 
 		 121 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.91 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  35.71 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  47.22 
 
 		 100 aa  57.4  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0420  competence protein ComE  49.18 
 
 		 105 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2985  competence protein ComE  49.18 
 
 		 105 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2564  competence protein ComE  49.18 
 
 		 105 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0939  competence protein ComE  49.18 
 
 		 105 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2875  putative competence protein  49.18 
 
 		 105 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.680946  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2938  putative competence protein  49.18 
 
 		 105 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.496433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0209  competence protein ComE  49.18 
 
 		 105 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1645  hypothetical protein  47.62 
 
 		 105 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  43.59 
 
 		 89 aa  54.7  0.0000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  45.33 
 
 		 99 aa  53.5  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  45.33 
 
 		 99 aa  53.5  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0510  hypothetical protein  38.96 
 
 		 134 aa  53.1  0.000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.641204  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0596  hypothetical protein  38.96 
 
 		 134 aa  53.1  0.000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.368264  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0010  competence protein ComEA  47.14 
 
 		 79 aa  51.2  0.000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0037  competence protein ComEA  47.14 
 
 		 79 aa  51.2  0.000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0368973  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0011  competence protein ComEA  47.14 
 
 		 79 aa  51.2  0.000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00025095  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  44.07 
 
 		 298 aa  50.1  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1657  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.11 
 
 		 226 aa  48.9  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.11522  hitchhiker  0.000932836 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  48.98 
 
 		 545 aa  48.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3228  helix-hairpin-helix motif protein  48.98 
 
 		 545 aa  48.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.269914 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1257  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  42.62 
 
 		 422 aa  47.4  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0994426 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2033  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  34.12 
 
 		 93 aa  47  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000281796  hitchhiker  0.000016405 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2007  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  52.08 
 
 		 585 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0943  comEA protein  42.86 
 
 		 262 aa  47  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.28 
 
 		 100 aa  45.8  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  40.35 
 
 		 243 aa  45.4  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  42.86 
 
 		 234 aa  45.1  0.0005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2803  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.86 
 
 		 277 aa  45.4  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1673  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  41.33 
 
 		 87 aa  45.1  0.0006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2430  hypothetical protein  43.66 
 
 		 109 aa  44.3  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.368266  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1886  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.6 
 
 		 300 aa  43.9  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.528332  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0462  ComE operon protein 1  46.15 
 
 		 83 aa  44.3  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 		 222 aa  44.3  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1202  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.29 
 
 		 242 aa  43.9  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3304  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.33 
 
 		 214 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0506678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0113  putative competence DNA binding protein ComEA  36.51 
 
 		 115 aa  43.1  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.203684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.11 
 
 		 220 aa  43.5  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  38.18 
 
 		 111 aa  43.1  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3189  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.86 
 
 		 286 aa  43.5  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0122  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  35.38 
 
 		 143 aa  42.4  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.214821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1243  DNA uptake protein-related DNA-binding protein  45.1 
 
 		 103 aa  42.7  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104956 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3848  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.5 
 
 		 279 aa  42.7  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  38.1 
 
 		 279 aa  42.7  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.24 
 
 		 190 aa  42  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.18 
 
 		 213 aa  41.6  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0805  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.14 
 
 		 250 aa  41.6  0.006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2830  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.67 
 
 		 230 aa  41.6  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.192028  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0230  acetohydroxy acid synthase large subunit  37.68 
 
 		 115 aa  41.6  0.007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0624  hypothetical protein  37.68 
 
 		 115 aa  41.6  0.007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1407  hypothetical protein  37.68 
 
 		 115 aa  41.6  0.007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2967  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  37.5 
 
 		 150 aa  41.6  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.938885  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0277  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.27 
 
 		 126 aa  41.2  0.008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0216595  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>