231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2994 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2994  helix-hairpin-helix motif  100 
 
 
121 aa  235  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.358565  hitchhiker  0.00170682 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0989  hypothetical protein  95.04 
 
 
121 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  82.76 
 
 
122 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  63.96 
 
 
113 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  68.09 
 
 
115 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  68.09 
 
 
115 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  68.09 
 
 
115 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  75 
 
 
125 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0944654  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0930  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  71.76 
 
 
114 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1645  hypothetical protein  73.81 
 
 
105 aa  114  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0934  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  70.59 
 
 
114 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0420  competence protein ComE  85.25 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2985  competence protein ComE  85.25 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2564  competence protein ComE  85.25 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0939  competence protein ComE  85.25 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2875  putative competence protein  85.25 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.680946  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2938  putative competence protein  85.25 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.496433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0209  competence protein ComE  85.25 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  48.94 
 
 
105 aa  93.2  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  48.84 
 
 
107 aa  88.2  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  47.37 
 
 
186 aa  85.5  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  52.44 
 
 
112 aa  85.5  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  47.96 
 
 
199 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  47.96 
 
 
202 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  47.96 
 
 
202 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  47.96 
 
 
202 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  45.63 
 
 
202 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  47.47 
 
 
321 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1428  hypothetical protein  52.05 
 
 
207 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  decreased coverage  0.00108668 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  47.67 
 
 
201 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  45.63 
 
 
231 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  45.63 
 
 
231 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  55.38 
 
 
196 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6234  hypothetical protein  50.68 
 
 
203 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.815006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1845  hypothetical protein  50.68 
 
 
203 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311424  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1869  hypothetical protein  50.68 
 
 
203 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.391692  hitchhiker  0.000308285 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  45.35 
 
 
104 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  49.32 
 
 
207 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1783  hypothetical protein  49.32 
 
 
203 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948816  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1755  hypothetical protein  49.32 
 
 
203 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  51.16 
 
 
89 aa  73.2  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  54.05 
 
 
126 aa  73.2  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1783  hypothetical protein  50 
 
 
181 aa  71.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0226713  hitchhiker  0.00393532 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.96 
 
 
105 aa  71.6  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50 
 
 
142 aa  70.5  0.000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1920  hypothetical protein  41.41 
 
 
183 aa  69.7  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199806  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4728  hypothetical protein  43.7 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0125771  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  40.71 
 
 
265 aa  67.8  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  48.65 
 
 
99 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  48.65 
 
 
99 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1387  hypothetical protein  55.22 
 
 
114 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0805977  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2473  hypothetical protein  55.22 
 
 
114 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.180948  normal  0.194353 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  45.83 
 
 
110 aa  65.5  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2802  hypothetical protein  42.72 
 
 
119 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000358181 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1610  hypothetical protein  47.62 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.57 
 
 
135 aa  63.5  0.0000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.57 
 
 
135 aa  63.5  0.0000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  41.67 
 
 
142 aa  63.2  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  45.71 
 
 
100 aa  58.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0558  Fis family transcriptional regulator  46.38 
 
 
99 aa  57  0.00000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340752  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3910  hypothetical protein  44.05 
 
 
130 aa  56.6  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.795359  normal  0.0251943 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0962  DNA uptake protein or related DNA-binding protein  48.28 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.33 
 
 
206 aa  53.9  0.0000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1000  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  50.88 
 
 
207 aa  52.8  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1987  hypothetical protein  50.88 
 
 
107 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23480  hypothetical protein  51.79 
 
 
109 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00152182  hitchhiker  0.00697209 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.86 
 
 
227 aa  52.4  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2010  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.11 
 
 
301 aa  52  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0010  competence protein ComEA  41.03 
 
 
79 aa  51.6  0.000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0339  hypothetical protein  45.76 
 
 
83 aa  52  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00775538  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0011  competence protein ComEA  41.03 
 
 
79 aa  52  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00025095  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3003  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.06 
 
 
91 aa  52  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.347216  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0037  competence protein ComEA  41.03 
 
 
79 aa  52  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0368973  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2489  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.07 
 
 
99 aa  52  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.632838  normal  0.0131987 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1548  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.86 
 
 
89 aa  50.8  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1561  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.67 
 
 
105 aa  50.8  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.230085  hitchhiker  0.0000735026 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  48.98 
 
 
243 aa  51.2  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2156  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  46.55 
 
 
90 aa  51.2  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.367346  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004039  DNA uptake protein  50 
 
 
97 aa  51.2  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000258752  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02250  DNA transport competence protein  43.28 
 
 
96 aa  51.2  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1714  DNA transport competence protein  42.31 
 
 
109 aa  51.2  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0133378  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  41.07 
 
 
261 aa  50.8  0.000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  41.38 
 
 
107 aa  50.4  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4178  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.29 
 
 
199 aa  50.4  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.666456  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4318  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.54 
 
 
216 aa  49.7  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0493  competence protein ComEA  50 
 
 
124 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1771  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  40.62 
 
 
99 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.219727  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.64 
 
 
181 aa  49.7  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3093  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48.21 
 
 
107 aa  49.7  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000182901 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0502  competence protein ComEA  50 
 
 
124 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.160916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0512  competence protein ComEA  50 
 
 
124 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0318575  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0979  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.31 
 
 
108 aa  50.1  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160032  normal  0.0718361 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0495  competence protein ComEA  50 
 
 
124 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1644  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.54 
 
 
109 aa  50.1  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.374375  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.86 
 
 
194 aa  49.7  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2451  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.11 
 
 
204 aa  50.1  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0119288  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0556  competence protein ComEA  50 
 
 
124 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1682  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.1 
 
 
225 aa  49.3  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00173147  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1647  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.1 
 
 
225 aa  49.3  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.86 
 
 
181 aa  48.9  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>