268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0339 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0339  hypothetical protein  100 
 
 
83 aa  162  1.0000000000000001e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00775538  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  55.93 
 
 
105 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0510  hypothetical protein  44.3 
 
 
134 aa  69.7  0.00000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.641204  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0596  hypothetical protein  44.3 
 
 
134 aa  69.7  0.00000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.368264  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40 
 
 
135 aa  67.4  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40 
 
 
135 aa  67.4  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2489  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.97 
 
 
99 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.632838  normal  0.0131987 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.37 
 
 
99 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.37 
 
 
99 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0462  ComE operon protein 1  52.94 
 
 
83 aa  65.5  0.0000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  42.11 
 
 
105 aa  64.3  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  47.5 
 
 
89 aa  64.3  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3093  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  50 
 
 
107 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000182901 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0010  competence protein ComEA  46.67 
 
 
79 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23480  hypothetical protein  51.67 
 
 
109 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00152182  hitchhiker  0.00697209 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0011  competence protein ComEA  46.67 
 
 
79 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00025095  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0037  competence protein ComEA  46.67 
 
 
79 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0368973  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1647  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  49.12 
 
 
225 aa  62.4  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1682  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  49.12 
 
 
225 aa  62.4  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00173147  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20070  ComEA-related protein  46.03 
 
 
110 aa  62  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.43 
 
 
121 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.43 
 
 
121 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3003  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.76 
 
 
91 aa  61.6  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.347216  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1000  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.21 
 
 
207 aa  61.2  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.28 
 
 
100 aa  61.2  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.43 
 
 
121 aa  60.8  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1008  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.94 
 
 
114 aa  60.8  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000463906  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0643  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.76 
 
 
210 aa  60.8  0.000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000019703  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0962  DNA uptake protein or related DNA-binding protein  50 
 
 
109 aa  60.5  0.000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1813  DNA-binding protein, putative  46.43 
 
 
121 aa  60.5  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1879  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  51.67 
 
 
107 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.382969  normal  0.520774 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1953  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  55.32 
 
 
238 aa  59.7  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00139923  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  50.91 
 
 
181 aa  59.7  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4408  comE operon protein 1  47.54 
 
 
198 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4460  comE operon protein 1  47.54 
 
 
198 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000156919  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1987  hypothetical protein  48.33 
 
 
107 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1508  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 
127 aa  58.5  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4041  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  49.18 
 
 
111 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.203214  normal  0.860547 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.1 
 
 
206 aa  58.5  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2375  putative comE operon protein 1  51.85 
 
 
254 aa  58.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2087  comE operon protein 1, putative  51.85 
 
 
254 aa  58.5  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0824  hypothetical protein  50.82 
 
 
98 aa  58.5  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.138646  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0781  competence protein CelA  48.21 
 
 
217 aa  58.2  0.00000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.918663  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0558  Fis family transcriptional regulator  39.73 
 
 
99 aa  58.2  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340752  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4074  comE operon protein 1  44.93 
 
 
199 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3053  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.26 
 
 
200 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  49.09 
 
 
181 aa  57.8  0.00000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0624  hypothetical protein  44.62 
 
 
115 aa  57.4  0.00000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1407  hypothetical protein  44.62 
 
 
115 aa  57.4  0.00000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0230  acetohydroxy acid synthase large subunit  44.62 
 
 
115 aa  57.4  0.00000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1561  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 
105 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.230085  hitchhiker  0.0000735026 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  47.37 
 
 
107 aa  57.4  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4226  comE operon protein 1  44.93 
 
 
199 aa  57  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4064  comE operon protein 1  44.93 
 
 
199 aa  57  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0884227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4553  ComE operon protein 1  44.93 
 
 
198 aa  57  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0361747  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 
122 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330475  normal  0.397521 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2731  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.86 
 
 
122 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0259304 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1612  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 
122 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1623  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 
122 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0872  hypothetical protein  40.91 
 
 
105 aa  56.6  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0843  hypothetical protein  40.91 
 
 
105 aa  56.6  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0113  putative competence DNA binding protein ComEA  44.07 
 
 
115 aa  56.6  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.203684  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1392  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.83 
 
 
111 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0637588  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  34.57 
 
 
265 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4447  comE operon protein 1  44.26 
 
 
198 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00373204  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1243  DNA uptake protein-related DNA-binding protein  42.37 
 
 
103 aa  55.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104956 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0979  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.98 
 
 
108 aa  55.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160032  normal  0.0718361 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0790  comE operon protein 1  44.26 
 
 
198 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0708257  hitchhiker  0.000000131461 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1678  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.31 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48.15 
 
 
227 aa  55.5  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2474  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  45.45 
 
 
137 aa  55.5  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1673  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  40.85 
 
 
87 aa  54.7  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4178  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.48 
 
 
199 aa  54.7  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.666456  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2142  flagellar motor switch protein FliM  48.33 
 
 
119 aa  54.3  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1415  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.32 
 
 
110 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0694411 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4349  comE operon protein 1  43.48 
 
 
198 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000484477 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2141  ComE domain-containing protein  43.33 
 
 
112 aa  53.9  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0497973  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0122  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  40.68 
 
 
143 aa  53.9  0.0000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.214821  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0993  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.33 
 
 
90 aa  53.9  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0367342  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.51 
 
 
190 aa  53.9  0.0000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3612  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  38.1 
 
 
112 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.393619  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1984  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45 
 
 
107 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0142259  normal  0.337896 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1548  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  27.91 
 
 
89 aa  53.5  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1100  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.98 
 
 
129 aa  53.5  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628696  hitchhiker  0.00000243122 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1521  late competence protein required for DNA binding and uptake  37.7 
 
 
231 aa  53.5  0.0000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0934  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  47.17 
 
 
211 aa  53.5  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.800656  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2451  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.11 
 
 
204 aa  53.5  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0119288  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0069  ComE operon protein 1  52.73 
 
 
54 aa  53.1  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1813  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.11 
 
 
112 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3898  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.11 
 
 
111 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.209502 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3544  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  38.98 
 
 
112 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3461  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  38.98 
 
 
111 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.111662  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.29 
 
 
100 aa  52.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1944  DNA uptake protein related DNA-binding protein  39.34 
 
 
200 aa  52.8  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.727384  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1257  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.37 
 
 
219 aa  52.8  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1428  hypothetical protein  46.15 
 
 
173 aa  51.6  0.000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.122979  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0512  competence protein ComEA  44.64 
 
 
124 aa  51.2  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0318575  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  42.11 
 
 
105 aa  51.2  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  44.07 
 
 
122 aa  51.2  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0519  competence protein ComEA  46.43 
 
 
123 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000437229  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>