226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0786 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  100 
 
 		 107 aa  209  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  74.77 
 
 		 105 aa  158  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  91.86 
 
 		 104 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  50.48 
 
 		 113 aa  97.1  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  51.69 
 
 		 115 aa  95.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  51.69 
 
 		 115 aa  95.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  51.69 
 
 		 115 aa  95.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  56.52 
 
 		 186 aa  94.4  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  51.61 
 
 		 201 aa  91.7  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1428  hypothetical protein  53.76 
 
 		 207 aa  90.9  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  decreased coverage  0.00108668 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  52.53 
 
 		 199 aa  90.5  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  52.53 
 
 		 202 aa  90.1  9e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  52.53 
 
 		 202 aa  90.1  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  52.53 
 
 		 202 aa  90.1  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1869  hypothetical protein  53.76 
 
 		 203 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.391692  hitchhiker  0.000308285 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  52.53 
 
 		 202 aa  89.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6234  hypothetical protein  53.76 
 
 		 203 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.815006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1845  hypothetical protein  53.76 
 
 		 203 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311424  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  52.69 
 
 		 207 aa  89  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  52.53 
 
 		 231 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  52.53 
 
 		 231 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  52.53 
 
 		 321 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1755  hypothetical protein  52.69 
 
 		 203 aa  87.8  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  49.41 
 
 		 112 aa  87.8  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1783  hypothetical protein  52.69 
 
 		 203 aa  87.8  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948816  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2994  helix-hairpin-helix motif  48.84 
 
 		 121 aa  87.8  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.358565  hitchhiker  0.00170682 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  47.67 
 
 		 122 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  56.16 
 
 		 196 aa  85.9  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  46.23 
 
 		 126 aa  84.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  56.06 
 
 		 125 aa  83.6  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0944654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0930  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  51.16 
 
 		 114 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0934  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  51.16 
 
 		 114 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0989  hypothetical protein  46.91 
 
 		 121 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1645  hypothetical protein  49.41 
 
 		 105 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0420  competence protein ComE  54.1 
 
 		 105 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2985  competence protein ComE  54.1 
 
 		 105 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2564  competence protein ComE  54.1 
 
 		 105 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0939  competence protein ComE  54.1 
 
 		 105 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2875  putative competence protein  54.1 
 
 		 105 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.680946  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2938  putative competence protein  54.1 
 
 		 105 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.496433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0209  competence protein ComE  54.1 
 
 		 105 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1920  hypothetical protein  47.57 
 
 		 183 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199806  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2802  hypothetical protein  44.34 
 
 		 119 aa  73.2  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000358181 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1783  hypothetical protein  51.19 
 
 		 181 aa  71.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0226713  hitchhiker  0.00393532 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.7 
 
 		 142 aa  70.9  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.88 
 
 		 105 aa  70.1  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4728  hypothetical protein  43.24 
 
 		 136 aa  69.7  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0125771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  46.07 
 
 		 110 aa  68.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  39.18 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1610  hypothetical protein  46.43 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1387  hypothetical protein  45.98 
 
 		 114 aa  63.5  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0805977  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3910  hypothetical protein  50 
 
 		 130 aa  62.8  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.795359  normal  0.0251943 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2010  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.16 
 
 		 301 aa  62  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2473  hypothetical protein  48 
 
 		 114 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.180948  normal  0.194353 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  37.62 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  37.62 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  47.06 
 
 		 100 aa  59.7  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  50 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  45.76 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.03 
 
 		 190 aa  57.8  0.00000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.68 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.68 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2156  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  38.04 
 
 		 90 aa  56.6  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.367346  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0962  DNA uptake protein or related DNA-binding protein  43.33 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1944  DNA uptake protein related DNA-binding protein  43.08 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.727384  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1737  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  51.79 
 
 		 290 aa  55.5  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  37.97 
 
 		 265 aa  55.1  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2211  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  50 
 
 		 320 aa  54.3  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  40.58 
 
 		 89 aa  53.9  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1548  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.11 
 
 		 89 aa  53.5  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  45 
 
 		 101 aa  53.5  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  52 
 
 		 103 aa  53.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2338  S1 RNA-binding domain-containing protein  39.47 
 
 		 754 aa  52.4  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.156081  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12460  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  48.28 
 
 		 285 aa  52.8  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0558  Fis family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340752  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.07 
 
 		 187 aa  52  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0781  competence protein CelA  44.07 
 
 		 217 aa  52  0.000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.918663  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4318  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.43 
 
 		 216 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0993  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.54 
 
 		 90 aa  52  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0367342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0570  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.1 
 
 		 224 aa  51.2  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000494468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  42.11 
 
 		 107 aa  51.2  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1657  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.1 
 
 		 226 aa  51.2  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.11522  hitchhiker  0.000932836 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.38 
 
 		 271 aa  51.2  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.1 
 
 		 213 aa  50.8  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.27 
 
 		 121 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.27 
 
 		 121 aa  50.8  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0407  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.43 
 
 		 131 aa  50.4  0.000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000244274  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  46.67 
 
 		 279 aa  50.4  0.000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1521  late competence protein required for DNA binding and uptake  44.64 
 
 		 231 aa  50.4  0.000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17330  DNA uptake protein  50 
 
 		 305 aa  50.4  0.000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.353261  normal  0.0144782 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48.21 
 
 		 181 aa  50.1  0.000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.27 
 
 		 121 aa  50.1  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1813  DNA-binding protein, putative  47.27 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.67 
 
 		 206 aa  49.7  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0977  hypothetical protein  44.26 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  46.55 
 
 		 298 aa  50.1  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3003  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.71 
 
 		 91 aa  49.7  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.347216  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3304  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.28 
 
 		 214 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0506678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48.21 
 
 		 181 aa  49.7  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.55 
 
 		 545 aa  49.3  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>