191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0857 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  100 
 
 
104 aa  206  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  91.86 
 
 
107 aa  159  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  71.43 
 
 
105 aa  149  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  54.35 
 
 
186 aa  89.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  48.45 
 
 
201 aa  88.6  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  43.69 
 
 
113 aa  86.7  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  46.07 
 
 
115 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.07 
 
 
115 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.07 
 
 
115 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1428  hypothetical protein  51.61 
 
 
207 aa  84.3  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  decreased coverage  0.00108668 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2994  helix-hairpin-helix motif  46.51 
 
 
121 aa  84  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.358565  hitchhiker  0.00170682 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  52.63 
 
 
196 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  45.35 
 
 
122 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  51.61 
 
 
207 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6234  hypothetical protein  49.48 
 
 
203 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.815006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1845  hypothetical protein  49.48 
 
 
203 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311424  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1869  hypothetical protein  50.54 
 
 
203 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.391692  hitchhiker  0.000308285 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  48.45 
 
 
199 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  48.45 
 
 
202 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1783  hypothetical protein  49.48 
 
 
203 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948816  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  48.45 
 
 
202 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  48.45 
 
 
202 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  48.45 
 
 
202 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1755  hypothetical protein  50.54 
 
 
203 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  48.45 
 
 
231 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  48.45 
 
 
231 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  48.45 
 
 
321 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  44.71 
 
 
112 aa  80.1  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  46.32 
 
 
126 aa  78.2  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  51.52 
 
 
125 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0944654  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0930  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.51 
 
 
114 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0934  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.51 
 
 
114 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0989  hypothetical protein  44.44 
 
 
121 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1920  hypothetical protein  46 
 
 
183 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199806  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1783  hypothetical protein  51.19 
 
 
181 aa  74.3  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0226713  hitchhiker  0.00393532 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.16 
 
 
105 aa  71.2  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4728  hypothetical protein  44.55 
 
 
136 aa  71.2  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0125771  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2802  hypothetical protein  44.23 
 
 
119 aa  70.5  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000358181 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.94 
 
 
142 aa  69.7  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1645  hypothetical protein  47.06 
 
 
105 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0420  competence protein ComE  49.18 
 
 
105 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2985  competence protein ComE  49.18 
 
 
105 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2564  competence protein ComE  49.18 
 
 
105 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0939  competence protein ComE  49.18 
 
 
105 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2875  putative competence protein  49.18 
 
 
105 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.680946  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2938  putative competence protein  49.18 
 
 
105 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.496433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0209  competence protein ComE  49.18 
 
 
105 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  34.95 
 
 
142 aa  64.7  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  41.05 
 
 
110 aa  63.5  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2010  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.59 
 
 
301 aa  63.5  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1610  hypothetical protein  43.82 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.9 
 
 
100 aa  59.7  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3910  hypothetical protein  48.81 
 
 
130 aa  60.1  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.795359  normal  0.0251943 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1387  hypothetical protein  38 
 
 
114 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0805977  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  50 
 
 
194 aa  58.5  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  44.07 
 
 
243 aa  57.8  0.00000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  40 
 
 
99 aa  57  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  40 
 
 
99 aa  57  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.03 
 
 
190 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2473  hypothetical protein  39.24 
 
 
114 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.180948  normal  0.194353 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  41.43 
 
 
89 aa  55.8  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2156  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  38.04 
 
 
90 aa  55.1  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.367346  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0962  DNA uptake protein or related DNA-binding protein  43.33 
 
 
109 aa  55.1  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1944  DNA uptake protein related DNA-binding protein  44.62 
 
 
200 aa  53.9  0.0000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.727384  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1737  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  51.79 
 
 
290 aa  53.9  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.98 
 
 
135 aa  53.5  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.98 
 
 
135 aa  53.5  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2211  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  48.28 
 
 
320 aa  52.8  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12460  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  50 
 
 
285 aa  52.8  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  46.88 
 
 
101 aa  53.5  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0993  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.84 
 
 
90 aa  52.8  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0367342  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1521  late competence protein required for DNA binding and uptake  48.21 
 
 
231 aa  52.4  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0558  Fis family transcriptional regulator  38.46 
 
 
99 aa  52.4  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340752  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.67 
 
 
100 aa  52.8  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1657  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.83 
 
 
226 aa  52.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.11522  hitchhiker  0.000932836 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1548  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40 
 
 
89 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0781  competence protein CelA  45.76 
 
 
217 aa  51.2  0.000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.918663  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  36.71 
 
 
265 aa  51.2  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.83 
 
 
213 aa  51.2  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  48.33 
 
 
279 aa  50.8  0.000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  52 
 
 
103 aa  50.4  0.000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.07 
 
 
187 aa  50.4  0.000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  44.07 
 
 
298 aa  48.9  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2338  S1 RNA-binding domain-containing protein  39.19 
 
 
754 aa  49.3  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.156081  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3003  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.97 
 
 
91 aa  49.3  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.347216  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17330  DNA uptake protein  48.21 
 
 
305 aa  48.9  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.353261  normal  0.0144782 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3304  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.79 
 
 
214 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0506678  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.38 
 
 
271 aa  48.5  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  42.11 
 
 
107 aa  48.5  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0496  DNA uptake-like protein  49.12 
 
 
220 aa  48.5  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0194671  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48.28 
 
 
545 aa  48.9  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1175  DNA uptake protein related DNA-binding protein  42.37 
 
 
246 aa  48.5  0.00003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000209814  hitchhiker  0.00000760392 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  41.94 
 
 
105 aa  48.5  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4318  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.64 
 
 
216 aa  48.9  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  45.76 
 
 
545 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2803  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.64 
 
 
277 aa  48.1  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.27 
 
 
121 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.27 
 
 
121 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2573  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.68 
 
 
112 aa  47.8  0.00005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.73465  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3470  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.76 
 
 
104 aa  47.8  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.6047 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>