225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0930 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0930  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 		 114 aa  220  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0934  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  98.25 
 
 		 114 aa  215  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  84.21 
 
 		 113 aa  183  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  86.96 
 
 		 115 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  86.96 
 
 		 115 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  86.96 
 
 		 115 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  70.11 
 
 		 122 aa  130  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  84.52 
 
 		 125 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0944654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2994  helix-hairpin-helix motif  71.76 
 
 		 121 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.358565  hitchhiker  0.00170682 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0989  hypothetical protein  73.75 
 
 		 121 aa  122  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1645  hypothetical protein  70.24 
 
 		 105 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0420  competence protein ComE  71.95 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2985  competence protein ComE  71.95 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2564  competence protein ComE  71.95 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0939  competence protein ComE  71.95 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2875  putative competence protein  71.95 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.680946  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2938  putative competence protein  71.95 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.496433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0209  competence protein ComE  71.95 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  44.35 
 
 		 105 aa  93.6  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  51.16 
 
 		 107 aa  92.8  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  48.51 
 
 		 201 aa  89  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  48.48 
 
 		 186 aa  88.2  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  55.7 
 
 		 112 aa  87  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  47.83 
 
 		 196 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1428  hypothetical protein  55.22 
 
 		 207 aa  85.5  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  decreased coverage  0.00108668 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1869  hypothetical protein  54.41 
 
 		 203 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.391692  hitchhiker  0.000308285 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6234  hypothetical protein  54.41 
 
 		 203 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.815006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1845  hypothetical protein  54.41 
 
 		 203 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311424  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1755  hypothetical protein  52.94 
 
 		 203 aa  83.6  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  52.94 
 
 		 199 aa  83.6  9e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  52.94 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1783  hypothetical protein  48.72 
 
 		 203 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948816  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  52.94 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  52.11 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  52.94 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  52.94 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  52.11 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  52.94 
 
 		 202 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  52.11 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  50.56 
 
 		 126 aa  80.5  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  46.51 
 
 		 104 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  41.41 
 
 		 99 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  41.41 
 
 		 99 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1920  hypothetical protein  41.23 
 
 		 183 aa  72  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199806  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1783  hypothetical protein  47.62 
 
 		 181 aa  72  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0226713  hitchhiker  0.00393532 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  45.57 
 
 		 105 aa  70.9  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1387  hypothetical protein  50 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0805977  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  50.72 
 
 		 89 aa  68.2  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  42 
 
 		 110 aa  68.2  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  43.37 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  50.82 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  50.82 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.89 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2473  hypothetical protein  51.9 
 
 		 114 aa  64.7  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.180948  normal  0.194353 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  40.43 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4728  hypothetical protein  43.64 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0125771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2802  hypothetical protein  40.23 
 
 		 119 aa  62  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000358181 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1610  hypothetical protein  45.16 
 
 		 113 aa  62  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  44.78 
 
 		 100 aa  60.5  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0558  Fis family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 99 aa  58.5  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340752  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1000  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  50.88 
 
 		 207 aa  57.4  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2451  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.1 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0119288  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3003  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.67 
 
 		 91 aa  55.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.347216  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1548  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.43 
 
 		 89 aa  55.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2489  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.37 
 
 		 99 aa  54.7  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.632838  normal  0.0131987 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  42.42 
 
 		 261 aa  54.3  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.37 
 
 		 206 aa  54.3  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 		 227 aa  53.9  0.0000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0977  hypothetical protein  43.08 
 
 		 109 aa  52.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1561  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.64 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.230085  hitchhiker  0.0000735026 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2010  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.67 
 
 		 301 aa  53.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.64 
 
 		 181 aa  53.1  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1987  hypothetical protein  46.77 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.19 
 
 		 194 aa  53.5  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0979  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.23 
 
 		 108 aa  52  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160032  normal  0.0718361 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2156  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  37.97 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.367346  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  48.28 
 
 		 243 aa  52.4  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.1 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0962  DNA uptake protein or related DNA-binding protein  43.1 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1218  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.24 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.206485 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0339  hypothetical protein  40.68 
 
 		 83 aa  51.6  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00775538  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3910  hypothetical protein  42.86 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.795359  normal  0.0251943 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004039  DNA uptake protein  47.37 
 
 		 97 aa  51.2  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000258752  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23480  hypothetical protein  46.43 
 
 		 109 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00152182  hitchhiker  0.00697209 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02250  DNA transport competence protein  44.78 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.37 
 
 		 187 aa  51.2  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 		 181 aa  51.2  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1157  comE operon protein 1, putative  41.27 
 
 		 224 aa  50.8  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.36 
 
 		 213 aa  50.8  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3093  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.64 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000182901 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.11 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.86 
 
 		 122 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330475  normal  0.397521 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2731  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.86 
 
 		 122 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0259304 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1508  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.64 
 
 		 127 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.11 
 
 		 121 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.11 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1612  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.86 
 
 		 122 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1623  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.86 
 
 		 122 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4074  comE operon protein 1  34.33 
 
 		 199 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4447  comE operon protein 1  37.29 
 
 		 198 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00373204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>