85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4728 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4728  hypothetical protein  100 
 
 		 136 aa  266  8e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0125771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2802  hypothetical protein  62.26 
 
 		 119 aa  117  4.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000358181 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1920  hypothetical protein  53.03 
 
 		 183 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199806  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  55.79 
 
 		 110 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1783  hypothetical protein  63.86 
 
 		 181 aa  104  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0226713  hitchhiker  0.00393532 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3910  hypothetical protein  47.76 
 
 		 130 aa  101  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.795359  normal  0.0251943 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1387  hypothetical protein  58.23 
 
 		 114 aa  101  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0805977  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1610  hypothetical protein  54.44 
 
 		 113 aa  100  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2473  hypothetical protein  58.23 
 
 		 114 aa  100  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.180948  normal  0.194353 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0977  hypothetical protein  60.47 
 
 		 109 aa  94  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  45.56 
 
 		 186 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  44.9 
 
 		 201 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  47.62 
 
 		 196 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  40.59 
 
 		 105 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2994  helix-hairpin-helix motif  48.81 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.358565  hitchhiker  0.00170682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  46.43 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1869  hypothetical protein  44.33 
 
 		 203 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.391692  hitchhiker  0.000308285 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.75 
 
 		 115 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  43.75 
 
 		 115 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.75 
 
 		 115 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6234  hypothetical protein  44.33 
 
 		 203 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.815006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1845  hypothetical protein  44.33 
 
 		 203 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311424  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  42 
 
 		 113 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  45.95 
 
 		 231 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  45.95 
 
 		 231 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  45.95 
 
 		 202 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  45.95 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  45.95 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  45.95 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  45.95 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  42.27 
 
 		 207 aa  62  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  45.95 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  53.85 
 
 		 125 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0944654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  50.75 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1755  hypothetical protein  42.27 
 
 		 203 aa  62  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1428  hypothetical protein  42.27 
 
 		 207 aa  62  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  decreased coverage  0.00108668 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1783  hypothetical protein  42.27 
 
 		 203 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948816  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  43.59 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  50 
 
 		 104 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0989  hypothetical protein  46.25 
 
 		 121 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0930  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.25 
 
 		 114 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0934  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.25 
 
 		 114 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.58 
 
 		 142 aa  58.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  40.45 
 
 		 112 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0420  competence protein ComE  45.9 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0209  competence protein ComE  45.9 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1645  hypothetical protein  40.48 
 
 		 105 aa  53.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2938  putative competence protein  45.9 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.496433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2875  putative competence protein  45.9 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.680946  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0939  competence protein ComE  45.9 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2985  competence protein ComE  45.9 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2564  competence protein ComE  45.9 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  37.5 
 
 		 142 aa  50.8  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3304  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  48.08 
 
 		 214 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0506678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  38.16 
 
 		 99 aa  47.4  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  38.16 
 
 		 99 aa  47.4  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2033  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.94 
 
 		 93 aa  47  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000281796  hitchhiker  0.000016405 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  37.8 
 
 		 100 aa  47  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  40 
 
 		 111 aa  46.2  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  39.02 
 
 		 89 aa  46.2  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  38.1 
 
 		 105 aa  46.2  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  43.75 
 
 		 116 aa  44.7  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  36.78 
 
 		 265 aa  45.1  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  41.67 
 
 		 279 aa  44.3  0.0005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0010  competence protein ComEA  38.36 
 
 		 79 aa  44.3  0.0006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3228  helix-hairpin-helix motif protein  36.21 
 
 		 545 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.269914 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  36.21 
 
 		 545 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0037  competence protein ComEA  38.36 
 
 		 79 aa  44.3  0.0006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0368973  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0011  competence protein ComEA  38.36 
 
 		 79 aa  44.3  0.0006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00025095  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0339  hypothetical protein  40.98 
 
 		 83 aa  43.9  0.0007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00775538  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4318  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.71 
 
 		 216 aa  43.9  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5471  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.07 
 
 		 225 aa  43.5  0.0009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  36.21 
 
 		 234 aa  42.7  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0943  comEA protein  37.93 
 
 		 262 aa  43.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0462  ComE operon protein 1  42.31 
 
 		 83 aa  41.6  0.004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0624  hypothetical protein  38.89 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  38.18 
 
 		 298 aa  41.2  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.46 
 
 		 181 aa  41.2  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0230  acetohydroxy acid synthase large subunit  38.89 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1407  hypothetical protein  38.89 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35 
 
 		 100 aa  40.8  0.006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2430  hypothetical protein  66.67 
 
 		 109 aa  40  0.01  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.368266  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0398  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  39.06 
 
 		 136 aa  40  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0049521  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  28.05 
 
 		 543 aa  40  0.01  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0558  Fis family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 99 aa  40  0.01  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340752  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>