262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A2562 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  100 
 
 		 112 aa  216  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  54.74 
 
 		 186 aa  99.4  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  52.48 
 
 		 201 aa  95.9  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1428  hypothetical protein  65.22 
 
 		 207 aa  95.9  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  decreased coverage  0.00108668 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  62.32 
 
 		 207 aa  92.8  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1869  hypothetical protein  62.32 
 
 		 203 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.391692  hitchhiker  0.000308285 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6234  hypothetical protein  62.32 
 
 		 203 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.815006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1845  hypothetical protein  62.32 
 
 		 203 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311424  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1755  hypothetical protein  60.87 
 
 		 203 aa  91.7  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  61.54 
 
 		 196 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1783  hypothetical protein  60.87 
 
 		 203 aa  91.7  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948816  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  53.33 
 
 		 115 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  53.33 
 
 		 115 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  53.33 
 
 		 115 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  50 
 
 		 107 aa  90.9  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  59.49 
 
 		 199 aa  90.9  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  59.49 
 
 		 202 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  59.49 
 
 		 202 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  59.49 
 
 		 202 aa  90.5  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  59.49 
 
 		 202 aa  90.1  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  59.49 
 
 		 231 aa  90.1  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  59.49 
 
 		 321 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  55.32 
 
 		 113 aa  89.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  59.49 
 
 		 231 aa  89.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  50 
 
 		 122 aa  89.4  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0930  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  60.87 
 
 		 114 aa  89  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2994  helix-hairpin-helix motif  53.01 
 
 		 121 aa  88.6  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.358565  hitchhiker  0.00170682 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  47.67 
 
 		 105 aa  85.5  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0934  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  59.42 
 
 		 114 aa  85.5  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  54.76 
 
 		 126 aa  85.5  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0989  hypothetical protein  55.26 
 
 		 121 aa  84.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  60 
 
 		 125 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0944654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  56.06 
 
 		 104 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1645  hypothetical protein  58.73 
 
 		 105 aa  80.5  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0420  competence protein ComE  60.66 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2985  competence protein ComE  60.66 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2938  putative competence protein  60.66 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.496433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0209  competence protein ComE  60.66 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2564  competence protein ComE  60.66 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0939  competence protein ComE  60.66 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2875  putative competence protein  60.66 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.680946  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.24 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  50 
 
 		 99 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  50 
 
 		 99 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  45.98 
 
 		 110 aa  69.7  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1387  hypothetical protein  45.88 
 
 		 114 aa  68.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0805977  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1920  hypothetical protein  47.06 
 
 		 183 aa  68.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199806  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  44.57 
 
 		 105 aa  66.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  48.57 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1783  hypothetical protein  50.56 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0226713  hitchhiker  0.00393532 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2802  hypothetical protein  46.07 
 
 		 119 aa  64.3  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000358181 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  48.68 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  46.99 
 
 		 100 aa  63.5  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.96 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.96 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1548  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.67 
 
 		 89 aa  61.6  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  35.79 
 
 		 265 aa  60.5  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4728  hypothetical protein  38.39 
 
 		 136 aa  60.1  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0125771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  42.86 
 
 		 89 aa  59.7  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3910  hypothetical protein  42.86 
 
 		 130 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.795359  normal  0.0251943 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2473  hypothetical protein  43.59 
 
 		 114 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.180948  normal  0.194353 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1610  hypothetical protein  38.55 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0977  hypothetical protein  50 
 
 		 109 aa  58.2  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0962  DNA uptake protein or related DNA-binding protein  41.67 
 
 		 109 aa  57.4  0.00000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.38 
 
 		 194 aa  57  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0570  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  44.83 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000494468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  46.88 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0558  Fis family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340752  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4318  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.43 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1257  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  44.26 
 
 		 422 aa  54.7  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0994426 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1531  COME operon protein 1  53.57 
 
 		 123 aa  54.7  0.0000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  38.89 
 
 		 261 aa  54.3  0.0000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  53.57 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000302899  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.1 
 
 		 187 aa  53.1  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  39.66 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12460  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  44.83 
 
 		 285 aa  52.8  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1944  DNA uptake protein related DNA-binding protein  41.38 
 
 		 200 aa  52.8  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.727384  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.64 
 
 		 181 aa  52.8  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0805  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.68 
 
 		 250 aa  53.1  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004039  DNA uptake protein  44.07 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000258752  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1813  DNA-binding protein, putative  49.12 
 
 		 121 aa  52  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2731  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  50.88 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0259304 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1644  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.96 
 
 		 109 aa  52  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.374375  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1612  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  50.88 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.68 
 
 		 271 aa  52.4  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2338  S1 RNA-binding domain-containing protein  34.69 
 
 		 754 aa  52.4  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.156081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  50.88 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330475  normal  0.397521 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12590  DNA uptake protein  43.33 
 
 		 352 aa  52.8  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1623  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  50.88 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1714  DNA transport competence protein  40.96 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0133378  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.37 
 
 		 121 aa  51.6  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.37 
 
 		 121 aa  52  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  44.64 
 
 		 298 aa  52  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.37 
 
 		 121 aa  51.2  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1508  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.33 
 
 		 127 aa  51.2  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.1 
 
 		 213 aa  51.2  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2573  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.54 
 
 		 112 aa  51.2  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.73465  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2033  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.19 
 
 		 93 aa  50.8  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000281796  hitchhiker  0.000016405 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1518  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.86 
 
 		 377 aa  50.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.663544  normal  0.893381 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1657  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.07 
 
 		 226 aa  50.8  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.11522  hitchhiker  0.000932836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>