83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0977 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0977  hypothetical protein  100 
 
 		 109 aa  211  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  63.16 
 
 		 110 aa  121  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2802  hypothetical protein  59.55 
 
 		 119 aa  113  8.999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000358181 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1920  hypothetical protein  53.51 
 
 		 183 aa  110  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199806  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4728  hypothetical protein  53.21 
 
 		 136 aa  104  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0125771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1783  hypothetical protein  59.76 
 
 		 181 aa  102  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0226713  hitchhiker  0.00393532 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1387  hypothetical protein  50.5 
 
 		 114 aa  100  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0805977  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2473  hypothetical protein  53.57 
 
 		 114 aa  97.1  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.180948  normal  0.194353 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1610  hypothetical protein  51.65 
 
 		 113 aa  94  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3910  hypothetical protein  55.14 
 
 		 130 aa  93.2  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.795359  normal  0.0251943 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  50.53 
 
 		 201 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  48.89 
 
 		 186 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  49.38 
 
 		 196 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  48.05 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  48.05 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1428  hypothetical protein  44.44 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  decreased coverage  0.00108668 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  44.44 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  48.05 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  48.05 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1755  hypothetical protein  44.44 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  48.05 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  48.05 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  48.05 
 
 		 321 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1783  hypothetical protein  44.44 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948816  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  48 
 
 		 199 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  47.5 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.78 
 
 		 115 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.78 
 
 		 115 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  45.78 
 
 		 115 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1869  hypothetical protein  42.22 
 
 		 203 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.391692  hitchhiker  0.000308285 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1845  hypothetical protein  42.22 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311424  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6234  hypothetical protein  42.22 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.815006  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  43.75 
 
 		 113 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  43.66 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  47.22 
 
 		 100 aa  59.3  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0934  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.45 
 
 		 114 aa  57  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0930  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.45 
 
 		 114 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  46.38 
 
 		 122 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  48.48 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0944654  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  40 
 
 		 105 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  39.51 
 
 		 107 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2994  helix-hairpin-helix motif  41.67 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.358565  hitchhiker  0.00170682 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0989  hypothetical protein  42.31 
 
 		 121 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  42.39 
 
 		 105 aa  50.8  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  41.54 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  44.44 
 
 		 545 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.84 
 
 		 142 aa  49.3  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3228  helix-hairpin-helix motif protein  44.44 
 
 		 545 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.269914 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  46.38 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  46.38 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0037  competence protein ComEA  42.42 
 
 		 79 aa  47  0.00009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0368973  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0010  competence protein ComEA  42.42 
 
 		 79 aa  47  0.00009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0011  competence protein ComEA  42.42 
 
 		 79 aa  47  0.00009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00025095  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  38.18 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  45.1 
 
 		 279 aa  45.8  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  38.71 
 
 		 142 aa  45.8  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  40 
 
 		 89 aa  45.4  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  31.9 
 
 		 265 aa  45.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.29 
 
 		 220 aa  45.1  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  40.35 
 
 		 298 aa  44.3  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1645  hypothetical protein  41.94 
 
 		 105 aa  44.3  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  35.09 
 
 		 103 aa  43.9  0.0007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2875  putative competence protein  43.33 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.680946  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40 
 
 		 222 aa  43.9  0.0007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0209  competence protein ComE  43.33 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2938  putative competence protein  43.33 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.496433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0420  competence protein ComE  43.33 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0939  competence protein ComE  43.33 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2564  competence protein ComE  43.33 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0596  hypothetical protein  34.33 
 
 		 134 aa  43.9  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.368264  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0510  hypothetical protein  34.33 
 
 		 134 aa  43.9  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.641204  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2985  competence protein ComE  43.33 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2033  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.82 
 
 		 93 aa  43.5  0.0009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000281796  hitchhiker  0.000016405 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2230  Soluble ligand binding domain protein  32.73 
 
 		 180 aa  43.5  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0322679  hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3304  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.84 
 
 		 214 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0506678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0339  hypothetical protein  42.86 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00775538  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  34.62 
 
 		 101 aa  42  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  33.87 
 
 		 543 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2007  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.67 
 
 		 585 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  33.33 
 
 		 261 aa  40.4  0.007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.83 
 
 		 100 aa  40.4  0.008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0943  comEA protein  34.55 
 
 		 262 aa  40.4  0.009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  36.36 
 
 		 234 aa  40  0.01  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>