190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0729 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  100 
 
 		 126 aa  249  8.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  55.32 
 
 		 105 aa  97.8  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  64.06 
 
 		 199 aa  87.4  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  60.81 
 
 		 186 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  62.5 
 
 		 321 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  61.64 
 
 		 201 aa  85.5  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  62.5 
 
 		 202 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  62.5 
 
 		 202 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  62.5 
 
 		 202 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  62.5 
 
 		 202 aa  84.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  67.69 
 
 		 196 aa  84.7  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  62.5 
 
 		 231 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  62.5 
 
 		 231 aa  84.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  54.22 
 
 		 112 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  50 
 
 		 107 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1428  hypothetical protein  59.38 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  decreased coverage  0.00108668 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  56.76 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6234  hypothetical protein  57.81 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.815006  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1869  hypothetical protein  57.81 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.391692  hitchhiker  0.000308285 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1783  hypothetical protein  52.56 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948816  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1845  hypothetical protein  57.81 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311424  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1755  hypothetical protein  52.56 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  56.25 
 
 		 207 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  54.17 
 
 		 115 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  54.17 
 
 		 115 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  54.17 
 
 		 115 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  47.78 
 
 		 113 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0930  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  55.88 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0934  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  55.88 
 
 		 114 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2994  helix-hairpin-helix motif  54.05 
 
 		 121 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.358565  hitchhiker  0.00170682 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  58.46 
 
 		 125 aa  72  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0944654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  50.75 
 
 		 104 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0989  hypothetical protein  55.88 
 
 		 121 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0420  competence protein ComE  59.02 
 
 		 105 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2985  competence protein ComE  59.02 
 
 		 105 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2564  competence protein ComE  59.02 
 
 		 105 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0939  competence protein ComE  59.02 
 
 		 105 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2875  putative competence protein  59.02 
 
 		 105 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.680946  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2938  putative competence protein  59.02 
 
 		 105 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.496433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0209  competence protein ComE  59.02 
 
 		 105 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2802  hypothetical protein  38.71 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000358181 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1645  hypothetical protein  57.14 
 
 		 105 aa  67  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1783  hypothetical protein  45.95 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0226713  hitchhiker  0.00393532 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  44.44 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.15 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  52.11 
 
 		 99 aa  63.5  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  52.11 
 
 		 99 aa  63.5  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1387  hypothetical protein  44.09 
 
 		 114 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0805977  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2473  hypothetical protein  47.37 
 
 		 114 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.180948  normal  0.194353 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1920  hypothetical protein  47.89 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199806  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4728  hypothetical protein  43.59 
 
 		 136 aa  61.2  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0125771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  49.12 
 
 		 194 aa  60.5  0.000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  40.96 
 
 		 89 aa  58.5  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3910  hypothetical protein  44.87 
 
 		 130 aa  58.5  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.795359  normal  0.0251943 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  46.97 
 
 		 110 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  42.5 
 
 		 100 aa  57  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  48.48 
 
 		 105 aa  56.2  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1610  hypothetical protein  41.89 
 
 		 113 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0977  hypothetical protein  47.54 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  45.9 
 
 		 265 aa  55.1  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.39 
 
 		 206 aa  54.3  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2573  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.59 
 
 		 112 aa  53.1  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.73465  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  42.19 
 
 		 261 aa  52  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3470  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.5 
 
 		 104 aa  52.4  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.6047 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1737  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  47.37 
 
 		 290 aa  51.6  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2211  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  47.37 
 
 		 320 aa  50.4  0.000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.5 
 
 		 135 aa  50.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.5 
 
 		 135 aa  50.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1611  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.43 
 
 		 278 aa  49.7  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  40.35 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0870  RNA binding S1 domain protein  45.9 
 
 		 756 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.611113 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  41.38 
 
 		 279 aa  48.9  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1531  COME operon protein 1  50 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0995  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.18 
 
 		 723 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5301 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  50 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000302899  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17330  DNA uptake protein  42.86 
 
 		 305 aa  48.1  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.353261  normal  0.0144782 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  46.43 
 
 		 243 aa  47.8  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  39.29 
 
 		 234 aa  47.4  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0962  DNA uptake protein or related DNA-binding protein  41.38 
 
 		 109 aa  47.4  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1657  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.56 
 
 		 226 aa  47  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.11522  hitchhiker  0.000932836 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0407  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.07 
 
 		 131 aa  47  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000244274  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0805  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.61 
 
 		 250 aa  46.6  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1534  RNA binding S1  43.75 
 
 		 719 aa  46.6  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.264491  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  42.86 
 
 		 298 aa  46.2  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0943  comEA protein  43.4 
 
 		 262 aa  46.2  0.0001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0558  Fis family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340752  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.1 
 
 		 122 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330475  normal  0.397521 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1612  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.1 
 
 		 122 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.1 
 
 		 121 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.1 
 
 		 121 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2731  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.1 
 
 		 122 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0259304 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4944  RNA binding S1 domain protein  42.19 
 
 		 718 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.840168 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.1 
 
 		 121 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1548  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  31.58 
 
 		 89 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1623  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.1 
 
 		 122 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12460  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  45.61 
 
 		 285 aa  46.2  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12590  DNA uptake protein  42.86 
 
 		 352 aa  45.4  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2316  RNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 		 740 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.78 
 
 		 190 aa  45.4  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.11 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>