82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1610 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1610  hypothetical protein  100 
 
 		 113 aa  215  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1920  hypothetical protein  56.86 
 
 		 183 aa  111  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199806  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4728  hypothetical protein  50.85 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0125771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2802  hypothetical protein  53.64 
 
 		 119 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000358181 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1783  hypothetical protein  59.76 
 
 		 181 aa  101  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0226713  hitchhiker  0.00393532 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3910  hypothetical protein  64.37 
 
 		 130 aa  98.6  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.795359  normal  0.0251943 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1387  hypothetical protein  51.16 
 
 		 114 aa  99  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0805977  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2473  hypothetical protein  51.16 
 
 		 114 aa  97.1  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.180948  normal  0.194353 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  48.86 
 
 		 110 aa  90.5  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0977  hypothetical protein  52.38 
 
 		 109 aa  76.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  41.96 
 
 		 186 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  45.87 
 
 		 105 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0753  hypothetical protein  50 
 
 		 122 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  46.43 
 
 		 107 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  42.22 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  44.55 
 
 		 113 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2994  helix-hairpin-helix motif  47.62 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.358565  hitchhiker  0.00170682 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  45.24 
 
 		 105 aa  63.5  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  46.38 
 
 		 196 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0989  hypothetical protein  47.5 
 
 		 121 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1428  hypothetical protein  43.62 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  decreased coverage  0.00108668 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  40.2 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  44.05 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.05 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.05 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  43.62 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1755  hypothetical protein  42.55 
 
 		 203 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1783  hypothetical protein  42.55 
 
 		 203 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948816  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1869  hypothetical protein  43.48 
 
 		 203 aa  57.8  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.391692  hitchhiker  0.000308285 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1845  hypothetical protein  43.48 
 
 		 203 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311424  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6234  hypothetical protein  43.48 
 
 		 203 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.815006  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  40.82 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  42.05 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  43.18 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  43.18 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  36.44 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  43.18 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  43.18 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  43.18 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  45.24 
 
 		 104 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  43.18 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0944654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  38.96 
 
 		 112 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0930  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.78 
 
 		 114 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0934  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.78 
 
 		 114 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.9 
 
 		 142 aa  50.8  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1645  hypothetical protein  46.03 
 
 		 105 aa  50.4  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  39.24 
 
 		 99 aa  50.4  0.000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  39.24 
 
 		 99 aa  50.4  0.000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2938  putative competence protein  47.54 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.496433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2875  putative competence protein  47.54 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.680946  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0939  competence protein ComE  47.54 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0420  competence protein ComE  47.54 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2564  competence protein ComE  47.54 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2985  competence protein ComE  47.54 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0209  competence protein ComE  47.54 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  32.53 
 
 		 142 aa  49.3  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  40.91 
 
 		 100 aa  49.3  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  41.46 
 
 		 89 aa  48.1  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.33 
 
 		 135 aa  46.2  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2033  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  34.15 
 
 		 93 aa  45.8  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000281796  hitchhiker  0.000016405 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.33 
 
 		 135 aa  46.2  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06940  glycogen/starch synthase, ADP-glucose type  39.66 
 
 		 587 aa  45.1  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.1185  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  31.75 
 
 		 543 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0010  competence protein ComEA  37.68 
 
 		 79 aa  43.5  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0037  competence protein ComEA  37.68 
 
 		 79 aa  43.5  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0368973  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1257  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  39.29 
 
 		 422 aa  43.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0994426 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0011  competence protein ComEA  37.68 
 
 		 79 aa  43.5  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00025095  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  32.73 
 
 		 111 aa  42.7  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0596  hypothetical protein  27.37 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.368264  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0510  hypothetical protein  27.37 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.641204  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0805  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.38 
 
 		 250 aa  42.7  0.002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0632  DNA polymerase III, alpha subunit  40.68 
 
 		 1182 aa  42  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.836983  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0570  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  39.06 
 
 		 224 aa  41.6  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000494468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0339  hypothetical protein  41.27 
 
 		 83 aa  41.6  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00775538  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3304  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.88 
 
 		 214 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0506678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1657  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.6 
 
 		 226 aa  41.2  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.11522  hitchhiker  0.000932836 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.71 
 
 		 545 aa  41.2  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4318  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.87 
 
 		 216 aa  41.2  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  30.91 
 
 		 116 aa  40.8  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  40 
 
 		 279 aa  40.8  0.007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3469  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.5 
 
 		 280 aa  40  0.01  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.389617  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>