More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0277 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0277  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  100 
 
 
126 aa  265  2e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0216595  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0122  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  46.96 
 
 
143 aa  109  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.214821  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0113  putative competence DNA binding protein ComEA  48.18 
 
 
115 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.203684  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2141  ComE domain-containing protein  37.82 
 
 
112 aa  75.5  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0497973  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01422  hypothetical protein  40 
 
 
95 aa  71.2  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48 
 
 
105 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1984  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  50.75 
 
 
107 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0142259  normal  0.337896 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3003  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.83 
 
 
91 aa  70.1  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.347216  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2489  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.7 
 
 
99 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.632838  normal  0.0131987 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1561  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  49.23 
 
 
105 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.230085  hitchhiker  0.0000735026 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1008  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  52.46 
 
 
114 aa  67.4  0.00000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000463906  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1507  hypothetical protein  54.84 
 
 
103 aa  67  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.24688e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0993  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.62 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0367342  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2142  flagellar motor switch protein FliM  36.7 
 
 
119 aa  65.9  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1548  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.77 
 
 
89 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2087  comE operon protein 1, putative  47.69 
 
 
254 aa  65.5  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2375  putative comE operon protein 1  47.69 
 
 
254 aa  65.5  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1175  DNA uptake protein related DNA-binding protein  49.18 
 
 
246 aa  64.7  0.0000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000209814  hitchhiker  0.00000760392 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0643  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.66 
 
 
210 aa  64.7  0.0000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000019703  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1243  DNA uptake protein-related DNA-binding protein  46.15 
 
 
103 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104956 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1879  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  49.21 
 
 
107 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.382969  normal  0.520774 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1508  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.67 
 
 
127 aa  62.8  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004039  DNA uptake protein  50 
 
 
97 aa  63.2  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000258752  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1415  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.62 
 
 
110 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0694411 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3635  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  33.33 
 
 
120 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.37256 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0740  DNA uptake/competence protein  43.59 
 
 
128 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.4977199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20070  ComEA-related protein  53.12 
 
 
110 aa  62.4  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1813  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.48 
 
 
112 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.88 
 
 
187 aa  62  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3888  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  49.18 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0912284  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1521  late competence protein required for DNA binding and uptake  45.9 
 
 
231 aa  62  0.000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1000  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  57.41 
 
 
207 aa  62  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1987  hypothetical protein  44.93 
 
 
107 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2451  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.26 
 
 
204 aa  61.6  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0119288  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3898  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.48 
 
 
111 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.209502 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  52.46 
 
 
99 aa  61.2  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  52.46 
 
 
99 aa  61.2  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0909  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.79 
 
 
129 aa  60.8  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1944  DNA uptake protein related DNA-binding protein  48.39 
 
 
200 aa  60.5  0.000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.727384  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4041  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  45.45 
 
 
111 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.203214  normal  0.860547 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1157  comE operon protein 1, putative  45.9 
 
 
224 aa  59.7  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2803  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  51.85 
 
 
277 aa  59.7  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3198  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.97 
 
 
102 aa  60.1  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23480  hypothetical protein  47.62 
 
 
109 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00152182  hitchhiker  0.00697209 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2967  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  34.52 
 
 
150 aa  58.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.938885  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0230  acetohydroxy acid synthase large subunit  60.78 
 
 
115 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0624  hypothetical protein  60.78 
 
 
115 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  48.39 
 
 
243 aa  59.3  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  52 
 
 
190 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3093  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.29 
 
 
107 aa  59.3  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000182901 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1218  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.16 
 
 
94 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.206485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1392  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48 
 
 
111 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0637588  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1407  hypothetical protein  60.78 
 
 
115 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4226  comE operon protein 1  34.07 
 
 
199 aa  58.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4064  comE operon protein 1  34.07 
 
 
199 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0884227  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4074  comE operon protein 1  34.07 
 
 
199 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1741  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.88 
 
 
184 aa  58.5  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0277947  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1673  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  49.12 
 
 
87 aa  58.5  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4553  ComE operon protein 1  34.07 
 
 
198 aa  58.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0361747  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4178  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.07 
 
 
199 aa  58.5  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.666456  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0824  hypothetical protein  45.31 
 
 
98 aa  58.5  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.138646  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  30.84 
 
 
135 aa  58.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4349  comE operon protein 1  34.07 
 
 
198 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000484477 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  30.84 
 
 
135 aa  58.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3167  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33 
 
 
123 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0593952  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40 
 
 
227 aa  58.2  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4408  comE operon protein 1  40.98 
 
 
198 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0365  competence protein ComEA  33 
 
 
123 aa  58.2  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.195685  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4460  comE operon protein 1  40.98 
 
 
198 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000156919  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0010  competence protein ComEA  50 
 
 
79 aa  57.8  0.00000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1757  competence protein, putative  32.74 
 
 
109 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.610163  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  45.9 
 
 
89 aa  57.8  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0126  ComE operon protein (competence protein)  46.67 
 
 
111 aa  57.8  0.00000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.45 
 
 
222 aa  57.8  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00394  hypothetical protein  32.29 
 
 
123 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887023  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0781  competence protein CelA  35.8 
 
 
217 aa  57.4  0.00000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.918663  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0478  competence protein ComEA  38.81 
 
 
123 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0555173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3190  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.29 
 
 
123 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.550856  normal  0.0175566 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.62 
 
 
121 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.62 
 
 
121 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4447  comE operon protein 1  32.97 
 
 
198 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00373204  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00398  hypothetical protein  32.29 
 
 
123 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.829915  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0519  competence protein ComEA  38.81 
 
 
123 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000437229  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0485  competence protein ComEA  38.81 
 
 
123 aa  57  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00167718  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  33.98 
 
 
105 aa  57  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0790  comE operon protein 1  39.34 
 
 
198 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0708257  hitchhiker  0.000000131461 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0037  competence protein ComEA  48.39 
 
 
79 aa  57  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0368973  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0011  competence protein ComEA  48.39 
 
 
79 aa  57  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00025095  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3219  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  49.12 
 
 
104 aa  57  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  49.18 
 
 
100 aa  57  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1714  DNA transport competence protein  48.39 
 
 
109 aa  57  0.00000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0133378  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0767  competence protein ComE, putative  45.9 
 
 
116 aa  56.6  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0528  competence protein ComEA  38.81 
 
 
123 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.740577 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2731  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.43 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0259304 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1428  hypothetical protein  60 
 
 
173 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.122979  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1644  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48.39 
 
 
109 aa  57  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.374375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.62 
 
 
121 aa  56.2  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.43 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330475  normal  0.397521 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  48.28 
 
 
298 aa  56.6  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1612  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.43 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>