103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0124 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0124  Polysulphide reductase NrfD  100 
 
 		 624 aa  1264    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0105  Polysulphide reductase NrfD  94.39 
 
 		 624 aa  1163    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00267927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2552  molybdopterin oxidoreductase  53.6 
 
 		 430 aa  442  1e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3984  Polysulphide reductase NrfD  51.25 
 
 		 478 aa  427  1e-118  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.545328  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1636  polysulphide reductase, NrfD  46.07 
 
 		 466 aa  400  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.513529  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3933  polysulphide reductase NrfD  47.53 
 
 		 493 aa  400  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.053608  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01305  molybdopterin oxidoredutase membrane subunit  45.29 
 
 		 593 aa  400  9.999999999999999e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2414  Polysulphide reductase NrfD  47.26 
 
 		 451 aa  402  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.0075882  normal  0.349671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0527  Polysulphide reductase NrfD  45.48 
 
 		 494 aa  397  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1812  polysulphide reductase, NrfD  45.45 
 
 		 456 aa  395  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2775  polysulphide reductase, NrfD  44.7 
 
 		 472 aa  388  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0295745  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0290  Polysulphide reductase NrfD  45.84 
 
 		 490 aa  380  1e-104  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0581587  hitchhiker  0.000681201 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0223  Polysulphide reductase NrfD  46.01 
 
 		 484 aa  382  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0842  polysulphide reductase NrfD  48.24 
 
 		 482 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.363179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1423  Polysulphide reductase NrfD  37.54 
 
 		 603 aa  377  1e-103  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2712  Polysulphide reductase NrfD  47.55 
 
 		 472 aa  372  1e-102  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544038  normal  0.344395 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3002  polysulphide reductase, NrfD  46.28 
 
 		 468 aa  371  1e-101  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130542 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4141  polysulphide reductase, NrfD  46.34 
 
 		 476 aa  371  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1464  polysulphide reductase NrfD  46.1 
 
 		 471 aa  367  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.920048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0797  polysulphide reductase, NrfD  45.2 
 
 		 478 aa  365  2e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0845  Polysulphide reductase NrfD  47.67 
 
 		 478 aa  365  2e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.207631  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0849  Polysulphide reductase NrfD  47.67 
 
 		 478 aa  365  2e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1594  Polysulphide reductase NrfD  48.21 
 
 		 463 aa  364  2e-99  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2211  molybdopterin oxidoreductase  43.41 
 
 		 451 aa  363  7.0000000000000005e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.554905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5666  Polysulphide reductase NrfD  45.93 
 
 		 476 aa  362  2e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.544636  normal  0.989219 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4429  polysulphide reductase, NrfD  45.12 
 
 		 466 aa  359  8e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.217558  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3475  Polysulphide reductase NrfD  42.83 
 
 		 477 aa  354  2.9999999999999997e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.198201  normal  0.251286 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1239  polysulphide reductase, NrfD  42.82 
 
 		 454 aa  339  9.999999999999999e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.39739  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3385  Polysulphide reductase NrfD  46.44 
 
 		 486 aa  331  2e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.253171 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0161  Polysulphide reductase NrfD  39.5 
 
 		 456 aa  319  7.999999999999999e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116185  normal  0.0186835 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0217  polysulphide reductase NrfD  39.27 
 
 		 456 aa  319  9e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0019  Polysulphide reductase NrfD  39.12 
 
 		 461 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0465805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5954  Polysulphide reductase NrfD  43.39 
 
 		 445 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.604828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6892  Polysulphide reductase NrfD  41.18 
 
 		 454 aa  310  5e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5823  polysulphide reductase NrfD  42.71 
 
 		 451 aa  308  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110878  normal  0.0226017 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6224  polysulphide reductase NrfD  38.17 
 
 		 452 aa  298  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.468999  normal  0.0125183 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0834  Polysulphide reductase NrfD  38.28 
 
 		 448 aa  296  6e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.352451 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1872  Polysulphide reductase NrfD  37.33 
 
 		 448 aa  270  8e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0540714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4186  polysulphide reductase, NrfD  37.59 
 
 		 456 aa  267  4e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.317108  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1042  polysulphide reductase NrfD  30.62 
 
 		 674 aa  197  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0482955  normal  0.0753031 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3083  Polysulphide reductase NrfD  26.55 
 
 		 448 aa  113  8.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1867  Polysulphide reductase NrfD  23.78 
 
 		 411 aa  109  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0715566 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0481  Polysulphide reductase NrfD  25.28 
 
 		 413 aa  103  9e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1631  Polysulphide reductase NrfD  25.06 
 
 		 393 aa  102  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1759  Polysulphide reductase NrfD  26.51 
 
 		 453 aa  101  4e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2403  Polysulphide reductase NrfD  25 
 
 		 406 aa  99  2e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.418724  normal  0.657025 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27750  polysulphide reductase  27.52 
 
 		 388 aa  94  8e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.273464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1258  Polysulphide reductase NrfD  24.94 
 
 		 483 aa  93.2  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3543  Polysulphide reductase NrfD  25 
 
 		 469 aa  91.3  5e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.400001  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02130  polysulphide reductase  24.39 
 
 		 389 aa  90.9  7e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2523  Polysulphide reductase NrfD  26.63 
 
 		 416 aa  89.7  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0454  polysulphide reductase NrfD  25.12 
 
 		 389 aa  89.7  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2436  Polysulphide reductase NrfD  24.71 
 
 		 416 aa  89  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.136872  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27690  polysulphide reductase  24.73 
 
 		 384 aa  88.6  3e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1906  polysulphide reductase, NrfD  24.93 
 
 		 413 aa  87.4  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.105136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4973  hypothetical protein  24.38 
 
 		 666 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.492562  normal  0.0494168 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13670  polysulphide reductase  25.7 
 
 		 414 aa  85.1  0.000000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1424  polysulphide reductase, NrfD  24.01 
 
 		 416 aa  85.1  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2406  polysulphide reductase NrfD  25.67 
 
 		 417 aa  85.1  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.148885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3262  Polysulphide reductase NrfD  27.19 
 
 		 442 aa  81.6  0.00000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0389204 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2275  reductase, transmembrane subunit, putative  25.59 
 
 		 387 aa  77  0.0000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0140  polysulphide reductase, NrfD  24.94 
 
 		 383 aa  76.3  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1603  polysulphide reductase, NrfD  22.45 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00601969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2372  Polysulphide reductase NrfD  25.72 
 
 		 408 aa  71.6  0.00000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.103022  normal  0.75303 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0066  Polysulphide reductase NrfD  23.45 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.411771 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1150  polysulphide reductase, NrfD  23.95 
 
 		 385 aa  68.6  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0596071  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1779  polysulphide reductase, NrfD  24.64 
 
 		 387 aa  68.2  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.263014 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1240  transmembrane prediction  29.78 
 
 		 180 aa  65.5  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.861409  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1593  transmembrane prediction  30.38 
 
 		 181 aa  64.7  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0260  Polysulphide reductase NrfD  23.26 
 
 		 383 aa  64.3  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4459  hypothetical protein  24.73 
 
 		 642 aa  63.5  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0707  Polysulphide reductase NrfD  24.05 
 
 		 385 aa  62  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4923  hypothetical protein  24.18 
 
 		 642 aa  61.6  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2383  Polysulphide reductase NrfD  25.07 
 
 		 408 aa  61.2  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.290901 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1845  Polysulphide reductase NrfD  22.57 
 
 		 384 aa  58.5  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0829523  normal  0.148655 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0274  Polysulphide reductase NrfD  21.8 
 
 		 384 aa  58.9  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00211929  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0041  Polysulphide reductase NrfD  23.45 
 
 		 383 aa  58.2  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0218  hypothetical protein  29.3 
 
 		 172 aa  57.8  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0162  hypothetical protein  29.3 
 
 		 172 aa  57.8  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.274906  normal  0.0137404 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0239  Polysulphide reductase NrfD  24.03 
 
 		 386 aa  57.4  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0447  Polysulphide reductase NrfD  23.48 
 
 		 389 aa  57  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.542742  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5953  transmembrane prediction  30.92 
 
 		 186 aa  57  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.637245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4185  hypothetical protein  29.45 
 
 		 174 aa  55.1  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381027  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6891  hypothetical protein  29.94 
 
 		 175 aa  54.3  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0526  hypothetical protein  23.81 
 
 		 197 aa  53.9  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1709  polysulphide reductase, NrfD  24.24 
 
 		 397 aa  53.1  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0260794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4142  hypothetical protein  29.71 
 
 		 192 aa  53.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2774  hypothetical protein  32.37 
 
 		 194 aa  52.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000161314  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1465  hypothetical protein  30.65 
 
 		 192 aa  52.4  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1562  Polysulphide reductase NrfD  23.52 
 
 		 435 aa  51.2  0.00006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.382538  normal  0.988263 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0226  hypothetical protein  30.28 
 
 		 417 aa  50.4  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.567411  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4225  Polysulphide reductase NrfD  26.52 
 
 		 389 aa  49.3  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000782128  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4229  Polysulphide reductase NrfD  26.39 
 
 		 386 aa  49.3  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3384  transmembrane prediction  28.48 
 
 		 179 aa  49.3  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.311692 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3001  transmembrane prediction  30.29 
 
 		 181 aa  48.9  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000988417 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6225  hypothetical protein  29.8 
 
 		 175 aa  47.8  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.906298  normal  0.031693 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0020  hypothetical protein  27.1 
 
 		 172 aa  47.4  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.764117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3932  hypothetical protein  26.98 
 
 		 180 aa  47  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0284827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0224  hypothetical protein  27.33 
 
 		 217 aa  46.6  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.478413  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1798  Polysulphide reductase NrfD  21.86 
 
 		 391 aa  45.8  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>