More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4261 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4261  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  561  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.904669  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5390  two component transcriptional regulator, winged helix family  43 
 
 		 243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0356  two component transcriptional regulator  69.23 
 
 		 357 aa  129  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.983136  normal  0.0146672 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8335  response regulator receiver protein  44.4 
 
 		 239 aa  129  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.09 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  30.29 
 
 		 236 aa  120  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0334  two component transcriptional regulator  40.86 
 
 		 241 aa  116  6e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  31.16 
 
 		 239 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 		 248 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2316  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.32 
 
 		 230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  31.16 
 
 		 239 aa  114  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  31.16 
 
 		 239 aa  114  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.12 
 
 		 248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0290  two component transcriptional regulator  41.71 
 
 		 251 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.552765 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 228 aa  113  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.56 
 
 		 226 aa  112  8.000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  35.09 
 
 		 226 aa  112  1.0000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4515  two component transcriptional regulator  36.25 
 
 		 247 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4602  two component transcriptional regulator  36.25 
 
 		 247 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4898  two component transcriptional regulator  36.25 
 
 		 247 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.37 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4036  two component transcriptional regulator  36.19 
 
 		 248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.37 
 
 		 230 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  36.24 
 
 		 233 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 228 aa  110  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1827  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.1 
 
 		 227 aa  109  4.0000000000000004e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0200  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.35 
 
 		 242 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0955644  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  35.83 
 
 		 252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2549  response regulator receiver  35.37 
 
 		 222 aa  109  5e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02200  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.46 
 
 		 231 aa  109  5e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1046  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.35 
 
 		 230 aa  109  5e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0213528  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  33.63 
 
 		 225 aa  109  5e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08590  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.76 
 
 		 239 aa  109  5e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.857083 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.38 
 
 		 230 aa  109  5e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2168  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.63 
 
 		 247 aa  109  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.222815 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4619  two component transcriptional regulator  33.92 
 
 		 245 aa  109  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.93 
 
 		 228 aa  109  6e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02230  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  32.16 
 
 		 229 aa  108  7.000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.4 
 
 		 228 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0875  two component transcriptional regulator  32.27 
 
 		 242 aa  108  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000486966  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0421  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 245 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0518956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4009  two component transcriptional regulator  34.5 
 
 		 230 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00751412  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  32.74 
 
 		 229 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1491  two component transcriptional regulator  33.47 
 
 		 236 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00391258 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1871  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.89 
 
 		 226 aa  108  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.105791  normal  0.266081 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.97 
 
 		 226 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.8 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3815  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.92 
 
 		 225 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0278114  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0188  two component transcriptional regulator  35.93 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00347389  normal  0.0545477 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0835  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.96 
 
 		 222 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000540746 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  30.23 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.5 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0042  response regulator  31.12 
 
 		 240 aa  107  3e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.382747  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.89 
 
 		 226 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.8 
 
 		 226 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  36.16 
 
 		 227 aa  107  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3778  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.08 
 
 		 232 aa  107  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0820994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14770  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  33.48 
 
 		 226 aa  107  3e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.383411  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  30.77 
 
 		 236 aa  106  4e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  34.06 
 
 		 227 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2083  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.74 
 
 		 237 aa  105  8e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.873655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  30.14 
 
 		 239 aa  105  8e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4913  two component transcriptional regulator  36.67 
 
 		 231 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121364 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 231 aa  105  9e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3846  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.06 
 
 		 222 aa  105  9e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  29 
 
 		 237 aa  105  9e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.5 
 
 		 240 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.85 
 
 		 232 aa  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4122  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.2 
 
 		 223 aa  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  31.76 
 
 		 235 aa  105  1e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 247 aa  105  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2443  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.22 
 
 		 224 aa  105  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00121019 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6002  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.51 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0997  response regulator receiver  32.02 
 
 		 228 aa  105  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.62 
 
 		 231 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  31.42 
 
 		 229 aa  104  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1269  two component transcriptional regulator  37.37 
 
 		 228 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0471  two component transcriptional regulator  35.65 
 
 		 226 aa  104  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.734397 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0195  two component transcriptional regulator  33.01 
 
 		 243 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 226 aa  104  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1893  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 235 aa  104  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2389  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.34 
 
 		 240 aa  104  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0687652  decreased coverage  0.0000973314 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2866  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.39 
 
 		 231 aa  104  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1600  two component transcriptional regulator  32.63 
 
 		 224 aa  104  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000237714  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.3 
 
 		 236 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 230 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4344  two component transcriptional regulator  32.52 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.325933  normal  0.345767 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.23 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.520505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0415  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2550  two component transcriptional regulator  35.83 
 
 		 228 aa  103  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605198 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1333  response regulator receiver protein  35.22 
 
 		 222 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.40527  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1155  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.02 
 
 		 230 aa  103  4e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.560017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 233 aa  103  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05980  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  37.84 
 
 		 230 aa  103  4e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.553702 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0834  two component transcriptional regulator  31.6 
 
 		 226 aa  103  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.6033  unclonable  0.00000000040546 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0707  winged helix family two component transcriptional regulator  34.78 
 
 		 222 aa  102  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4351  two component transcriptional regulator  33.91 
 
 		 245 aa  102  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.65 
 
 		 233 aa  103  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 227 aa  103  5e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>