More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3466 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1177  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  68.19 
 
 		 637 aa  889    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0271932  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1615  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  63.24 
 
 		 647 aa  846    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2442  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  64.95 
 
 		 646 aa  843    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1706  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  76.55 
 
 		 643 aa  1026    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00254463 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3333  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  68.98 
 
 		 637 aa  890    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000650978  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0211  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  62.96 
 
 		 659 aa  847    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.24526 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3922  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  76.01 
 
 		 648 aa  1010    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2213  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  67.77 
 
 		 638 aa  862    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00041911  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2452  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  76.01 
 
 		 646 aa  1015    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924781  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1917  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  57.12 
 
 		 664 aa  693    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.030086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0445  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  68.82 
 
 		 637 aa  899    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000586543  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2852  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  63.22 
 
 		 646 aa  819    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0241  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  61.64 
 
 		 679 aa  853    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.588419  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2081  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  63.89 
 
 		 646 aa  802    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0585  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  59.37 
 
 		 638 aa  777    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.755326  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1934  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  62.87 
 
 		 646 aa  814    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2087  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  59.21 
 
 		 639 aa  751    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2396  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  68.66 
 
 		 637 aa  888    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000124649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0670  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  67.45 
 
 		 640 aa  885    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3080  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.93 
 
 		 656 aa  942    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6535  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  63.62 
 
 		 657 aa  860    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.064478  normal  0.326104 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0641  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  64.72 
 
 		 635 aa  818    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.889552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3325  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  58.78 
 
 		 636 aa  794    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3019  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  69.18 
 
 		 638 aa  905    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.07389  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2637  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  72.04 
 
 		 636 aa  910    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2933  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  69.5 
 
 		 638 aa  905    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5227  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  78.63 
 
 		 646 aa  1006    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.416084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3466  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  100 
 
 		 645 aa  1329    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2399  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  73.78 
 
 		 656 aa  941    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3970  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  63.05 
 
 		 662 aa  842    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.755749  normal  0.869131 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1277  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  85.87 
 
 		 654 aa  1106    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157042  normal  0.449147 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0385  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  77.29 
 
 		 649 aa  1025    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.342601  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1122  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  76.86 
 
 		 646 aa  1016    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1556  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  67.14 
 
 		 637 aa  876    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75468  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2723  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  71.41 
 
 		 636 aa  906    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1053  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  75.19 
 
 		 648 aa  996    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8457  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  75.98 
 
 		 642 aa  980    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2473  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  69.45 
 
 		 637 aa  924    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0571713 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1709  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  76.09 
 
 		 643 aa  1021    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0636844  normal  0.274652 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5010  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  64.85 
 
 		 645 aa  872    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5880  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  68.34 
 
 		 642 aa  872    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0917761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2818  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  71.25 
 
 		 636 aa  904    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0676  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  61.63 
 
 		 666 aa  852    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.762108  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2482  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  67.5 
 
 		 638 aa  855    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00128  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0101  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  64.05 
 
 		 658 aa  853    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04695  succinate dehydrogenase  62.35 
 
 		 667 aa  867    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3552  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  72.02 
 
 		 672 aa  934    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5261  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  61.82 
 
 		 639 aa  790    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23330  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  70.99 
 
 		 735 aa  939    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0913  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  68.98 
 
 		 637 aa  891    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.27671e-31 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2452  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  70.08 
 
 		 644 aa  906    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3256  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  68.55 
 
 		 638 aa  877    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000224901  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2603  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  71.25 
 
 		 637 aa  914    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1733  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  71.22 
 
 		 637 aa  919    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3126  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  69.18 
 
 		 638 aa  905    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.940484  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0985  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  64.64 
 
 		 652 aa  867    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.831931  normal  0.817147 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3264  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  59.68 
 
 		 638 aa  791    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000706874  normal  0.0228464 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1577  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  74.8 
 
 		 657 aa  978    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0114016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01691  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  58.27 
 
 		 638 aa  711    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.555604 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2571  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.25 
 
 		 593 aa  342  1e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3216  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.48 
 
 		 597 aa  339  9.999999999999999e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4345  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.78 
 
 		 597 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4264  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.26 
 
 		 597 aa  337  5e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.41034  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0610  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.26 
 
 		 597 aa  337  5.999999999999999e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4645  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.09 
 
 		 597 aa  336  7e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0401261  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4644  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.09 
 
 		 597 aa  336  7e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1862  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.96 
 
 		 586 aa  336  7.999999999999999e-91  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4413  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.09 
 
 		 597 aa  335  1e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.630404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4252  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.09 
 
 		 597 aa  335  1e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4754  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.09 
 
 		 597 aa  335  1e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4629  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.09 
 
 		 597 aa  335  1e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4625  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.09 
 
 		 597 aa  335  2e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0772987  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2606  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.78 
 
 		 585 aa  329  1.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000856903  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1869  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.57 
 
 		 585 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000746215  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0844  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.95 
 
 		 585 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1229  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.59 
 
 		 588 aa  323  5e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1207  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.59 
 
 		 588 aa  323  5e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0731  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  35.54 
 
 		 588 aa  311  2e-83  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.306166  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0744  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.96 
 
 		 578 aa  310  6.999999999999999e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000832162  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0881  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  33.44 
 
 		 625 aa  303  5.000000000000001e-81  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0430  succinate dehydrogenase subunit A  31.75 
 
 		 568 aa  236  9e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1687  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  31.1 
 
 		 575 aa  233  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0263858 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0382  fumarate reductase flavoprotein subunit  31.55 
 
 		 598 aa  233  1e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1206  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  30.5 
 
 		 596 aa  230  6e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0936  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  29.57 
 
 		 578 aa  229  9e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0471  fumarate reductase flavoprotein subunit  31.18 
 
 		 598 aa  228  4e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3936  fumarate reductase flavoprotein subunit  30.56 
 
 		 598 aa  225  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3758  fumarate reductase flavoprotein subunit  30.38 
 
 		 598 aa  223  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0419  fumarate reductase flavoprotein subunit  30.81 
 
 		 598 aa  221  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000541529 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002237  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  29.64 
 
 		 599 aa  220  6e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0343  fumarate reductase flavoprotein subunit  30.44 
 
 		 596 aa  219  7.999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  unclonable  0.00000264119 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3813  fumarate reductase flavoprotein subunit  30.26 
 
 		 607 aa  219  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.924769  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00131  fumarate reductase flavoprotein subunit  29.57 
 
 		 606 aa  219  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3667  fumarate reductase flavoprotein subunit  30.26 
 
 		 607 aa  219  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0714  fumarate reductase flavoprotein subunit  30.26 
 
 		 607 aa  219  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04026  fumarate reductase  29.89 
 
 		 602 aa  216  8e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3836  fumarate reductase, flavoprotein subunit  29.89 
 
 		 602 aa  216  8e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03988  hypothetical protein  29.89 
 
 		 602 aa  216  8e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4713  fumarate reductase flavoprotein subunit  29.89 
 
 		 602 aa  216  8e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5672  fumarate reductase flavoprotein subunit  29.89 
 
 		 602 aa  216  8e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.140483 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>