More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1346 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2024  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal  64.98 
 
 
1008 aa  1254    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.203605  normal  0.826831 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1346  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  100 
 
 
1017 aa  2056    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.907313 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1382  glutamate dehydrogenase (NAD)  56.9 
 
 
984 aa  1173    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.257754  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0171  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  45.99 
 
 
981 aa  885    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.875485 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4376  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  38.24 
 
 
1003 aa  575  1.0000000000000001e-162  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.5366  normal  0.591323 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45239  predicted protein  35.87 
 
 
1097 aa  543  1e-153  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.536296  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0111  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal  34.95 
 
 
1004 aa  415  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0691  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  35.27 
 
 
992 aa  415  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000693443  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1444  Glutamate dehydrogenase  34.65 
 
 
986 aa  405  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2777  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  34.52 
 
 
986 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0956  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal  34.36 
 
 
986 aa  398  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152632  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1728  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  33.6 
 
 
992 aa  394  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.398358 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1564  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase family protein  37.48 
 
 
686 aa  365  2e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0612615  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND00180  glutamate dehydrogenase, putative  34.35 
 
 
1056 aa  312  2e-83  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.481448  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07451  NAD dependent glutamate dehydrogenase (EC 1.4.1.2) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6XNK7]  34.03 
 
 
1096 aa  290  1e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.520656 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78004  NAD-specific glutamate dehydrogenase  28.06 
 
 
1055 aa  278  3e-73  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3986  NAD-glutamate dehydrogenase  28.73 
 
 
1685 aa  100  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000244751 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3605  NAD-glutamate dehydrogenase  28.68 
 
 
1685 aa  99  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.194242 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1129  NAD-glutamate dehydrogenase  29.79 
 
 
1651 aa  98.6  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4527  NAD-glutamate dehydrogenase  25.64 
 
 
1613 aa  98.6  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.770165  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1137  glutamate dehydrogenase (NAD)  26.5 
 
 
1613 aa  98.2  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204013  normal  0.359646 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5617  NAD-glutamate dehydrogenase  26.35 
 
 
1613 aa  96.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1660  NAD-glutamate dehydrogenase  24.75 
 
 
1609 aa  97.1  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.734015  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4541  NAD-glutamate dehydrogenase  25.67 
 
 
1613 aa  97.1  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.307846 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3684  NAD-glutamate dehydrogenase  26.35 
 
 
1613 aa  96.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4683  NAD-glutamate dehydrogenase  26.35 
 
 
1613 aa  96.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00323881 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2481  glutamate dehydrogenase (NAD)  27.18 
 
 
1617 aa  94.7  7e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.344958  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1225  glutamate dehydrogenase (NAD)  30.3 
 
 
1639 aa  94.7  7e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2529  glutamate dehydrogenase (NAD)  25.39 
 
 
1618 aa  94.4  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4011  NAD-glutamate dehydrogenase  30.08 
 
 
1614 aa  94.4  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4010  NAD-glutamate dehydrogenase  26.35 
 
 
1622 aa  93.2  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.633534 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2027  NAD-glutamate dehydrogenase  26.37 
 
 
1578 aa  93.2  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0842  glutamate dehydrogenase (NAD)  25.36 
 
 
1613 aa  93.2  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.72085  normal  0.0805923 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4077  NAD-glutamate dehydrogenase  25.25 
 
 
1613 aa  93.2  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.993105  normal  0.739224 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3020  glutamate dehydrogenase (NAD)  27.62 
 
 
1628 aa  92  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2078  NAD-glutamate dehydrogenase  26.42 
 
 
1585 aa  90.9  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.660991 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1509  NAD-glutamate dehydrogenase  25.39 
 
 
1590 aa  90.5  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.869455  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11780  glutamate dehydrogenase (NAD)  30.46 
 
 
1643 aa  89.7  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.313552 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4838  NAD-glutamate dehydrogenase  25.95 
 
 
1638 aa  90.1  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3761  NAD-glutamate dehydrogenase  25.95 
 
 
1638 aa  90.1  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2779  glutamate dehydrogenase (NAD)  26.35 
 
 
1616 aa  89.4  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1831  NAD-specific glutamate dehydrogenase  25.82 
 
 
1598 aa  89  4e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1591  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal  28.88 
 
 
416 aa  89  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3422  glutamate dehydrogenase (NAD)  27.1 
 
 
1586 aa  89  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1944  NAD-glutamate dehydrogenase  27.57 
 
 
1626 aa  88.6  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2699  glutamate dehydrogenase (NAD)  25.25 
 
 
1617 aa  88.6  6e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0650155  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2430  NAD-glutamate dehydrogenase  25.16 
 
 
1617 aa  87.8  8e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0296451 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4521  NAD-glutamate dehydrogenase  25.27 
 
 
1614 aa  87.4  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1340  glutamate dehydrogenase (NAD)  25.21 
 
 
1612 aa  87.4  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1181  glutamate dehydrogenase (NAD)  26.27 
 
 
1623 aa  87.4  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.137841  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1110  NAD-glutamate dehydrogenase  25.17 
 
 
1605 aa  87.8  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2684  NAD-glutamate dehydrogenase  27.27 
 
 
1614 aa  87.8  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.631766 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2140  NAD-glutamate dehydrogenase  24.6 
 
 
1614 aa  86.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.520621  normal  0.34702 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4787  NAD-glutamate dehydrogenase  29.06 
 
 
1615 aa  86.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7895  NAD-glutamate dehydrogenase  28.49 
 
 
1656 aa  86.3  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4626  NAD-glutamate dehydrogenase  25.18 
 
 
1634 aa  85.1  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.841907  normal  0.0635951 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1288  glutamate dehydrogenase (NAD)  24.4 
 
 
1613 aa  84  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.889016  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2928  glutamate dehydrogenase (NAD)  27.02 
 
 
1613 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.606686 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2476  NAD-glutamate dehydrogenase  24.22 
 
 
1614 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.450478  hitchhiker  0.00166764 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3187  NAD-glutamate dehydrogenase  28.28 
 
 
1595 aa  83.6  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.558998  normal  0.862409 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1084  NAD-glutamate dehydrogenase  26.62 
 
 
1602 aa  82.8  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3797  NAD-glutamate dehydrogenase  29.61 
 
 
1653 aa  82.8  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.847994  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3725  NAD-glutamate dehydrogenase  24.48 
 
 
1622 aa  82.4  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.339605  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1809  NAD-glutamate dehydrogenase  24.7 
 
 
1614 aa  82.4  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.785222  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0851  NAD-glutamate dehydrogenase  25.57 
 
 
1595 aa  82.4  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.601054  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2440  NAD-glutamate dehydrogenase  24.14 
 
 
1614 aa  81.6  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1819  hypothetical protein  26.76 
 
 
1600 aa  81.6  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.793104  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1751  hypothetical protein  26.76 
 
 
1600 aa  81.6  0.00000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.64982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2553  NAD-glutamate dehydrogenase  24.14 
 
 
1614 aa  81.6  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.46973  normal  0.0469703 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1456  glutamate dehydrogenase (NAD)  27.07 
 
 
1623 aa  81.6  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1749  glutamate dehydrogenase (NAD)  26.05 
 
 
1584 aa  81.6  0.00000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2433  NAD-glutamate dehydrogenase  24.14 
 
 
1614 aa  81.3  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.254369  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1927  NAD-glutamate dehydrogenase  29.41 
 
 
1627 aa  81.3  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1911  NAD-glutamate dehydrogenase  23.75 
 
 
1614 aa  80.9  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.329452  normal  0.0735968 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3663  glutamate dehydrogenase (NAD)  27.25 
 
 
1625 aa  80.1  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1575  NAD-glutamate dehydrogenase  28.46 
 
 
1590 aa  80.5  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1684  hypothetical protein  25.78 
 
 
1122 aa  79.3  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3913  NAD-glutamate dehydrogenase  29.83 
 
 
1591 aa  79.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0782582 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02008  NAD-specific glutamate dehydrogenase  26.14 
 
 
1511 aa  79.7  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0306  glutamate dehydrogenase (NAD)  22.96 
 
 
1582 aa  79.3  0.0000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2569  NAD-glutamate dehydrogenase  27.86 
 
 
1623 aa  79.3  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.768031  normal  0.550986 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0315  hypothetical protein  25.66 
 
 
1119 aa  79  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2195  NAD-glutamate dehydrogenase  24.43 
 
 
1614 aa  79  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.262176  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1201  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  28.41 
 
 
435 aa  79  0.0000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000645757  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1427  NAD-glutamate dehydrogenase  28.45 
 
 
1586 aa  79  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1449  NAD-glutamate dehydrogenase  27.87 
 
 
1625 aa  79.3  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.569456  normal  0.5643 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0299  hypothetical protein  25.66 
 
 
1119 aa  78.6  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1031  NAD-glutamate dehydrogenase  26.23 
 
 
1610 aa  78.6  0.0000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08770  NAD-specific glutamate dehydrogenase  26.17 
 
 
1630 aa  78.2  0.0000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0347841  normal  0.226839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1598  NAD-glutamate dehydrogenase  28.3 
 
 
1621 aa  77.4  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000510782 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1748  glutamate dehydrogenase (NAD)  28.77 
 
 
1627 aa  77.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4237  NAD-glutamate dehydrogenase  29.77 
 
 
1591 aa  77.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.271074 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2080  NAD-glutamate dehydrogenase  28.3 
 
 
1663 aa  77  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.264525 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1099  hypothetical protein  25.09 
 
 
1382 aa  77  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1385  NAD-glutamate dehydrogenase  26.77 
 
 
1404 aa  77  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.6028  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4115  glutamate dehydrogenase (NADP)  27.87 
 
 
365 aa  76.3  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0838715 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1819  NAD-glutamate dehydrogenase  27.87 
 
 
1641 aa  76.6  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  unclonable  0.000181151  decreased coverage  0.00683073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3660  NAD-glutamate dehydrogenase  28.3 
 
 
1621 aa  76.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89214  normal  0.99848 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3614  glutamate dehydrogenase (NAD)  28.25 
 
 
1619 aa  76.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3687  glutamate dehydrogenase (NAD)  28.25 
 
 
1619 aa  76.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>