223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1662 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1662  periplasmic binding protein-like II  100 
 
 		 392 aa  788    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.429682  hitchhiker  0.00361023 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3039  putative nitrate transport protein  53.61 
 
 		 389 aa  411  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4454  putative nitrate transport protein  48.97 
 
 		 390 aa  354  1e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  39.02 
 
 		 432 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1704  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  37.63 
 
 		 410 aa  263  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1263  nitrate transporter component, nrtA  38.48 
 
 		 403 aa  262  6.999999999999999e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  34.02 
 
 		 467 aa  253  3e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1085  nitrate transporter component, nrtA  37.15 
 
 		 415 aa  249  6e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0919  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  36.25 
 
 		 398 aa  246  4e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4527  putative nitrate transport protein  38.58 
 
 		 435 aa  244  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2972  nitrate transporter component, nrtA  38.52 
 
 		 402 aa  238  1e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1449  nitrate transporter component, nrtA  39.59 
 
 		 403 aa  236  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1152  nitrate transporter, putative  33.61 
 
 		 382 aa  228  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1454  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  36.29 
 
 		 425 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1631  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  36.87 
 
 		 424 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0841796 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1133  nitrate transporter, putative  34.27 
 
 		 406 aa  220  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0226657  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5899  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (nitrate)  35.79 
 
 		 423 aa  218  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4138  putative nitrate transporter component, nrtA  38.11 
 
 		 384 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.349195 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2820  nitrate transporter  33.53 
 
 		 397 aa  203  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.571583  normal  0.694753 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3769  nitrate transporter, putative  33.51 
 
 		 407 aa  202  6e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  33.76 
 
 		 382 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.23 
 
 		 380 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4228  putative nitrate transport protein  37.36 
 
 		 386 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0904389  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  38.66 
 
 		 347 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  38.66 
 
 		 347 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.71 
 
 		 353 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1761  nitrate transporter component, nrtA  36.21 
 
 		 386 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.786473  normal  0.0141893 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2105  hypothetical protein  34.93 
 
 		 403 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.498438  hitchhiker  0.00655849 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2505  putative nitrate transport protein  32.56 
 
 		 377 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1210  putative nitrate transporter component, nrtA  36.21 
 
 		 387 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.24 
 
 		 385 aa  192  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  37.38 
 
 		 353 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  37.38 
 
 		 353 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  37.38 
 
 		 353 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  37.38 
 
 		 353 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.72 
 
 		 383 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  37.06 
 
 		 353 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.91 
 
 		 669 aa  190  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4511  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  39.43 
 
 		 353 aa  189  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000302779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  33.89 
 
 		 440 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5793  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  39.43 
 
 		 350 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3857  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  39.43 
 
 		 350 aa  189  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  33.99 
 
 		 404 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  33.99 
 
 		 404 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  36.42 
 
 		 353 aa  187  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2307  hypothetical protein  34.46 
 
 		 403 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4143  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  39.49 
 
 		 347 aa  187  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0553251 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2580  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  34.65 
 
 		 403 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.457398  hitchhiker  0.00316434 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  32.95 
 
 		 403 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1605  nitrate-binding protein NasS  34.29 
 
 		 421 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1672  putative regulatory protein  35.58 
 
 		 353 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3518  hypothetical protein  34.82 
 
 		 402 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4960  putative nitrate transport protein  35.76 
 
 		 338 aa  180  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  29.95 
 
 		 450 aa  180  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2528  nitrate transporter, putative  31.01 
 
 		 370 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.341637  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0247  nitrate transport ATP-binding protein  35.26 
 
 		 353 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  29.59 
 
 		 431 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  29.62 
 
 		 437 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  29.63 
 
 		 425 aa  178  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  28.69 
 
 		 417 aa  177  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  29.14 
 
 		 433 aa  177  3e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  28.64 
 
 		 437 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  31.85 
 
 		 529 aa  176  5e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3040  putative nitrate transport protein  32.98 
 
 		 452 aa  176  5e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0757013  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4497  putative nitrate transport protein  36.59 
 
 		 338 aa  176  6e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1612  nitrate-binding protein NasS  32.86 
 
 		 400 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.837424  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  30.5 
 
 		 668 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0177  nitrate transport ATP-binding protein  32.5 
 
 		 454 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125703  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5013  putative nitrate transport protein  35.57 
 
 		 338 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.826042 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  33.14 
 
 		 415 aa  173  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  29.69 
 
 		 418 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41480  hypothetical protein  33.15 
 
 		 402 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2264  histidine kinase  30.41 
 
 		 470 aa  172  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00574253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  31.08 
 
 		 461 aa  171  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  30.49 
 
 		 466 aa  171  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  29.97 
 
 		 442 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  29.71 
 
 		 423 aa  170  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  27.82 
 
 		 430 aa  170  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2301  putative nitrate transport protein  36.52 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.910203 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  30.98 
 
 		 491 aa  169  6e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  31.36 
 
 		 457 aa  169  7e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  28.1 
 
 		 442 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  30.79 
 
 		 420 aa  169  9e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  27.32 
 
 		 430 aa  169  9e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3316  putative nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein  30.46 
 
 		 461 aa  168  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163343  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  30.28 
 
 		 444 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  30.28 
 
 		 444 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  29.97 
 
 		 405 aa  168  2e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1392  NO3-/NO2- ABC transporter  28.29 
 
 		 417 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  30.83 
 
 		 657 aa  167  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  29.53 
 
 		 414 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  29.48 
 
 		 414 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  27.82 
 
 		 430 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  29.71 
 
 		 437 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  30.03 
 
 		 407 aa  165  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  30.2 
 
 		 443 aa  165  1.0000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  28.9 
 
 		 414 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1663  periplasmic binding protein-like II  32.74 
 
 		 455 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.550763  normal  0.0123781 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  26.67 
 
 		 414 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  28.24 
 
 		 432 aa  165  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>