211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2554 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  72.91 
 
 		 420 aa  634    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  73.01 
 
 		 425 aa  642    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  74.2 
 
 		 437 aa  641    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  81.64 
 
 		 414 aa  719    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  72.38 
 
 		 426 aa  641    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  78.08 
 
 		 417 aa  658    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 414 aa  849    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  72.62 
 
 		 426 aa  642    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3267  twin-arginine translocation pathway signal  87.68 
 
 		 414 aa  770    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  73.71 
 
 		 434 aa  634    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  79.76 
 
 		 426 aa  687    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  82.37 
 
 		 414 aa  727    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  85.75 
 
 		 414 aa  728    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1414  twin-arginine translocation pathway signal  87.68 
 
 		 414 aa  768    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.922981 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  82.61 
 
 		 414 aa  729    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2590  twin-arginine translocation pathway signal  77.78 
 
 		 414 aa  695    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0514763 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1392  NO3-/NO2- ABC transporter  79.51 
 
 		 417 aa  685    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0999  ABC transporter periplasmic protein  71.18 
 
 		 431 aa  621  1e-177  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  69.74 
 
 		 423 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  62.04 
 
 		 433 aa  547  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  61.12 
 
 		 419 aa  534  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  63.41 
 
 		 427 aa  528  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  59.51 
 
 		 419 aa  525  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  59.75 
 
 		 419 aa  522  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  59.9 
 
 		 418 aa  524  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1438  nitrate-binding proteint  61.03 
 
 		 432 aa  508  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.28551  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  56.4 
 
 		 415 aa  459  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  54.47 
 
 		 403 aa  448  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2580  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  52.21 
 
 		 403 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.457398  hitchhiker  0.00316434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  51.45 
 
 		 404 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  51.45 
 
 		 404 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  51.17 
 
 		 440 aa  431  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2307  hypothetical protein  50.26 
 
 		 403 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2105  hypothetical protein  50.52 
 
 		 403 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.498438  hitchhiker  0.00655849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1612  nitrate-binding protein NasS  51.19 
 
 		 400 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.837424  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1605  nitrate-binding protein NasS  48.52 
 
 		 421 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41480  hypothetical protein  50 
 
 		 402 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3518  hypothetical protein  48.97 
 
 		 402 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  44.34 
 
 		 405 aa  342  1e-92  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  45.58 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  46.21 
 
 		 407 aa  338  7e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  44.62 
 
 		 383 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  44.13 
 
 		 380 aa  334  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0247  nitrate transport ATP-binding protein  45.35 
 
 		 353 aa  325  7e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  44.94 
 
 		 353 aa  324  1e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1672  putative regulatory protein  45.35 
 
 		 353 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  43.9 
 
 		 353 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  43.9 
 
 		 353 aa  318  1e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  43.9 
 
 		 353 aa  318  1e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  43.9 
 
 		 353 aa  318  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  43.9 
 
 		 353 aa  318  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  42.77 
 
 		 353 aa  299  5e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4511  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  43.79 
 
 		 353 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000302779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  36.42 
 
 		 467 aa  294  2e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5793  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  44.73 
 
 		 350 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3857  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  44.73 
 
 		 350 aa  294  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4143  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  45.05 
 
 		 347 aa  293  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0553251 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  39.58 
 
 		 437 aa  292  8e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  44.65 
 
 		 347 aa  292  9e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  45.05 
 
 		 347 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  39.48 
 
 		 437 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  38.92 
 
 		 475 aa  275  9e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  38.19 
 
 		 432 aa  273  5.000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  38.32 
 
 		 450 aa  269  8e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  38.69 
 
 		 430 aa  267  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  38.99 
 
 		 430 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  39.39 
 
 		 444 aa  266  5e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  39.39 
 
 		 444 aa  266  5e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  38.99 
 
 		 430 aa  266  7e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  39.69 
 
 		 434 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2817  ABC transporter nitrate-binding protein (nrtA)  37.3 
 
 		 438 aa  263  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  37.47 
 
 		 431 aa  261  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  39.2 
 
 		 443 aa  258  9e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  38.32 
 
 		 442 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  38.13 
 
 		 442 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.13 
 
 		 669 aa  245  9e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4540  twin-arginine translocation pathway signal  38.34 
 
 		 440 aa  242  7.999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  33.42 
 
 		 432 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  32.75 
 
 		 491 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3656  twin-arginine translocation pathway signal  31.13 
 
 		 427 aa  231  2e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.69 
 
 		 673 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  34.52 
 
 		 462 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  33.89 
 
 		 469 aa  229  9e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.89 
 
 		 669 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.89 
 
 		 669 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03654  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  32.18 
 
 		 469 aa  226  4e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.71 
 
 		 668 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.71 
 
 		 668 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001607  nitrate ABC transporter nitrate-binding protein  32.2 
 
 		 449 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05588  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic component  31.97 
 
 		 454 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4923  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.85 
 
 		 668 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.502071 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5415  putative nitrate ABC transporter (substrate-binding protein) (ntrA-like protein)  35.01 
 
 		 461 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  30.77 
 
 		 466 aa  223  3e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2403  ABC transporter nitrate-binding protein  32.46 
 
 		 462 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0310148  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1148  ABC transporter nitrate-binding protein  33.89 
 
 		 453 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294193  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.78 
 
 		 668 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1027  bicarbonate transport system substrate-binding protein  33.33 
 
 		 458 aa  219  7e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.181538 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  30.36 
 
 		 486 aa  219  7e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1307  ABC transporter nitrate-binding protein  33.65 
 
 		 453 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.870256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  33.1 
 
 		 457 aa  218  1e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>