257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5897 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  100 
 
 		 432 aa  889    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  77.73 
 
 		 437 aa  705    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  78.44 
 
 		 437 aa  698    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  71.86 
 
 		 450 aa  640    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2817  ABC transporter nitrate-binding protein (nrtA)  68.43 
 
 		 438 aa  611  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  68.56 
 
 		 430 aa  591  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  69.83 
 
 		 431 aa  591  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  67.21 
 
 		 430 aa  584  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  67.21 
 
 		 430 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  66.82 
 
 		 434 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  65.25 
 
 		 444 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  65.25 
 
 		 444 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  67.44 
 
 		 442 aa  546  1e-154  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  61.68 
 
 		 475 aa  539  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  63.29 
 
 		 442 aa  522  1e-147  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4540  twin-arginine translocation pathway signal  62.02 
 
 		 440 aa  484  1e-136  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  57.89 
 
 		 443 aa  488  1e-136  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3656  twin-arginine translocation pathway signal  52.47 
 
 		 427 aa  459  9.999999999999999e-129  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3521  bicarbonate transport system substrate-binding protein  52.62 
 
 		 457 aa  421  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2596  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  52.62 
 
 		 457 aa  421  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4925  bicarbonate transport system substrate-binding protein  50.12 
 
 		 454 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1027  bicarbonate transport system substrate-binding protein  49.51 
 
 		 458 aa  387  1e-106  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.181538 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4678  ABC-type bicarbonate transport system substrate-binding protein  47.39 
 
 		 452 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1488  membrane protein  43.39 
 
 		 450 aa  339  5e-92  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.976236 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  40.19 
 
 		 418 aa  296  7e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  39.62 
 
 		 419 aa  294  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  36.47 
 
 		 405 aa  292  9e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  38.37 
 
 		 419 aa  291  2e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  39.15 
 
 		 419 aa  290  4e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  38.79 
 
 		 433 aa  288  1e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  40.8 
 
 		 415 aa  288  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  40.6 
 
 		 423 aa  287  2.9999999999999996e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  35.96 
 
 		 467 aa  284  2.0000000000000002e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  38.19 
 
 		 414 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  39.39 
 
 		 417 aa  283  5.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1414  twin-arginine translocation pathway signal  38.71 
 
 		 414 aa  281  1e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.922981 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  40.14 
 
 		 426 aa  280  5e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  40.14 
 
 		 426 aa  280  5e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3267  twin-arginine translocation pathway signal  38.25 
 
 		 414 aa  279  8e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  39.58 
 
 		 426 aa  278  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2590  twin-arginine translocation pathway signal  37.94 
 
 		 414 aa  278  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0514763 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  37.59 
 
 		 425 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0999  ABC transporter periplasmic protein  39.24 
 
 		 431 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  38.02 
 
 		 414 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  38.02 
 
 		 414 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1392  NO3-/NO2- ABC transporter  38.84 
 
 		 417 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  39.48 
 
 		 420 aa  274  3e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  38.62 
 
 		 414 aa  273  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  39.15 
 
 		 437 aa  271  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  39.39 
 
 		 434 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  38.63 
 
 		 407 aa  270  4e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1438  nitrate-binding proteint  39.16 
 
 		 432 aa  268  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.28551  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  38.19 
 
 		 427 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  38.25 
 
 		 414 aa  262  6.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.09 
 
 		 669 aa  253  5.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  35.43 
 
 		 440 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.82 
 
 		 668 aa  243  7e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2105  hypothetical protein  34.17 
 
 		 403 aa  242  9e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.498438  hitchhiker  0.00655849 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  34.38 
 
 		 657 aa  240  4e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2307  hypothetical protein  34.42 
 
 		 403 aa  239  9e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  35.81 
 
 		 403 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.24 
 
 		 668 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.24 
 
 		 668 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  35.41 
 
 		 432 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  33.33 
 
 		 382 aa  231  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.65 
 
 		 669 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.65 
 
 		 669 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  33.67 
 
 		 404 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2580  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  33.59 
 
 		 403 aa  226  8e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.457398  hitchhiker  0.00316434 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.15 
 
 		 673 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1612  nitrate-binding protein NasS  34.18 
 
 		 400 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.837424  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  33.42 
 
 		 404 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1605  nitrate-binding protein NasS  32.91 
 
 		 421 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.62 
 
 		 380 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3518  hypothetical protein  32.91 
 
 		 402 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  32.17 
 
 		 461 aa  218  2e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.85 
 
 		 385 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41480  hypothetical protein  32.15 
 
 		 402 aa  216  8e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2403  ABC transporter nitrate-binding protein  33.26 
 
 		 462 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0310148  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0177  nitrate transport ATP-binding protein  32.29 
 
 		 454 aa  215  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125703  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  33.18 
 
 		 466 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  33.26 
 
 		 457 aa  215  1.9999999999999998e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  31.63 
 
 		 457 aa  214  2.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1148  ABC transporter nitrate-binding protein  32.95 
 
 		 453 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294193  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4663  ABC transporter nitrate-binding protein  33.87 
 
 		 453 aa  212  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  35.24 
 
 		 353 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1490  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  30.67 
 
 		 663 aa  211  2e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.810592  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  35.86 
 
 		 353 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5899  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (nitrate)  33.57 
 
 		 423 aa  210  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  35.86 
 
 		 353 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  35.47 
 
 		 353 aa  210  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  32.55 
 
 		 462 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1663  periplasmic binding protein-like II  33.18 
 
 		 455 aa  211  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.550763  normal  0.0123781 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  32.41 
 
 		 383 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  35.86 
 
 		 353 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  35.86 
 
 		 353 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  31.71 
 
 		 486 aa  210  4e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3769  nitrate transporter, putative  32.06 
 
 		 407 aa  210  4e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1454  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  34.06 
 
 		 425 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  34.66 
 
 		 456 aa  210  5e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>