220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4228 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4228  putative nitrate transport protein  100 
 
 		 386 aa  773    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0904389  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1761  nitrate transporter component, nrtA  86.53 
 
 		 386 aa  675    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.786473  normal  0.0141893 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1210  putative nitrate transporter component, nrtA  81.32 
 
 		 387 aa  627  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4138  putative nitrate transporter component, nrtA  65.27 
 
 		 384 aa  502  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.349195 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2505  putative nitrate transport protein  47.01 
 
 		 377 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  38.6 
 
 		 467 aa  306  5.0000000000000004e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4527  putative nitrate transport protein  42.67 
 
 		 435 aa  306  6e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5899  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (nitrate)  43.22 
 
 		 423 aa  305  9.000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1631  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  43.04 
 
 		 424 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0841796 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1454  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  43.04 
 
 		 425 aa  298  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  42.82 
 
 		 382 aa  283  3.0000000000000004e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1263  nitrate transporter component, nrtA  41.19 
 
 		 403 aa  271  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1085  nitrate transporter component, nrtA  42.23 
 
 		 415 aa  264  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1449  nitrate transporter component, nrtA  38.9 
 
 		 403 aa  259  4e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  39.16 
 
 		 432 aa  257  3e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2972  nitrate transporter component, nrtA  40.05 
 
 		 402 aa  253  4.0000000000000004e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2820  nitrate transporter  38.11 
 
 		 397 aa  244  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.571583  normal  0.694753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4960  putative nitrate transport protein  42.65 
 
 		 338 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5013  putative nitrate transport protein  42.61 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.826042 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4497  putative nitrate transport protein  41.62 
 
 		 338 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1133  nitrate transporter, putative  37.98 
 
 		 406 aa  227  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0226657  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1152  nitrate transporter, putative  34.77 
 
 		 382 aa  226  4e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.14 
 
 		 669 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.37 
 
 		 668 aa  220  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.37 
 
 		 668 aa  220  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0919  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  35.28 
 
 		 398 aa  219  7.999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.81 
 
 		 668 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1704  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  34.49 
 
 		 410 aa  218  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2528  nitrate transporter, putative  36.86 
 
 		 370 aa  212  9e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.341637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0177  nitrate transport ATP-binding protein  33.49 
 
 		 454 aa  209  5e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125703  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  31.46 
 
 		 443 aa  204  2e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001607  nitrate ABC transporter nitrate-binding protein  35.33 
 
 		 449 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3769  nitrate transporter, putative  36.81 
 
 		 407 aa  204  3e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  33.51 
 
 		 657 aa  202  8e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05588  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic component  34.51 
 
 		 454 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  32.49 
 
 		 469 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1662  periplasmic binding protein-like II  37.36 
 
 		 392 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.429682  hitchhiker  0.00361023 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2264  histidine kinase  31.76 
 
 		 470 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00574253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  33.06 
 
 		 466 aa  194  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2301  putative nitrate transport protein  40.17 
 
 		 333 aa  193  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.910203 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  32.97 
 
 		 491 aa  192  6e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3040  putative nitrate transport protein  34.44 
 
 		 452 aa  192  8e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0757013  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  36.16 
 
 		 423 aa  192  9e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  32.79 
 
 		 461 aa  191  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  31.68 
 
 		 467 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1734  nitrate transporter, putative  36.73 
 
 		 361 aa  190  4e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0918495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  30.36 
 
 		 431 aa  189  5e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  30.77 
 
 		 405 aa  189  5.999999999999999e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  30.2 
 
 		 437 aa  189  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  31.35 
 
 		 425 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3742  putative nitrate transport protein  41.86 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.114721 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  29.44 
 
 		 437 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03654  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  31.61 
 
 		 469 aa  186  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  31.3 
 
 		 450 aa  186  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.12 
 
 		 669 aa  186  7e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.12 
 
 		 669 aa  186  9e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  38.66 
 
 		 353 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  30.1 
 
 		 430 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  39.13 
 
 		 347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  39.13 
 
 		 347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  30.53 
 
 		 430 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3316  putative nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein  32.08 
 
 		 461 aa  184  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163343  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  32.76 
 
 		 407 aa  184  3e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  31.04 
 
 		 434 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  29.34 
 
 		 444 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  29.34 
 
 		 444 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1663  periplasmic binding protein-like II  32.42 
 
 		 455 aa  182  6e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.550763  normal  0.0123781 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3039  putative nitrate transport protein  38.31 
 
 		 389 aa  182  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  30.28 
 
 		 430 aa  183  6e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  31.4 
 
 		 457 aa  182  7e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4143  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  39.71 
 
 		 347 aa  182  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0553251 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  31.85 
 
 		 427 aa  182  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  32.19 
 
 		 414 aa  181  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.11 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  31.35 
 
 		 426 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  31.96 
 
 		 418 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  32.19 
 
 		 414 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1490  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  31.52 
 
 		 663 aa  180  4e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.810592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4923  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.07 
 
 		 668 aa  180  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.502071 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  31.28 
 
 		 475 aa  179  5.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.07 
 
 		 383 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.55 
 
 		 380 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  30.03 
 
 		 433 aa  177  3e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5793  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  38.3 
 
 		 350 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  31.78 
 
 		 419 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  37.43 
 
 		 353 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3857  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  38.3 
 
 		 350 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4511  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  38.3 
 
 		 353 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000302779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  29.44 
 
 		 442 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  30.4 
 
 		 442 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  37.39 
 
 		 353 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  31.35 
 
 		 417 aa  176  6e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  37.39 
 
 		 353 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  37.39 
 
 		 353 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  37.39 
 
 		 353 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  31.68 
 
 		 456 aa  176  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  37.39 
 
 		 353 aa  176  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  32.22 
 
 		 419 aa  176  9e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  32.68 
 
 		 437 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4540  twin-arginine translocation pathway signal  29.55 
 
 		 440 aa  175  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>