203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_4960 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4497  putative nitrate transport protein  98.22 
 
 
338 aa  646    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4960  putative nitrate transport protein  100 
 
 
338 aa  655    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5013  putative nitrate transport protein  84.91 
 
 
338 aa  522  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.826042 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2301  putative nitrate transport protein  57.44 
 
 
333 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.910203 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3742  putative nitrate transport protein  60.3 
 
 
334 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.114721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2505  putative nitrate transport protein  50.14 
 
 
377 aa  295  1e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249861  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2870  putative nitrate transport protein  57.91 
 
 
334 aa  280  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4527  putative nitrate transport protein  42.65 
 
 
435 aa  261  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4138  putative nitrate transporter component, nrtA  42.9 
 
 
384 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.349195 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1454  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  41.62 
 
 
425 aa  252  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1631  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  42.49 
 
 
424 aa  248  9e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0841796 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5899  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (nitrate)  41.71 
 
 
423 aa  248  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1210  putative nitrate transporter component, nrtA  42.32 
 
 
387 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4228  putative nitrate transport protein  43.39 
 
 
386 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0904389  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1761  nitrate transporter component, nrtA  40.75 
 
 
386 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.786473  normal  0.0141893 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  37.97 
 
 
467 aa  232  6e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1085  nitrate transporter component, nrtA  40.29 
 
 
415 aa  226  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1449  nitrate transporter component, nrtA  42.61 
 
 
403 aa  225  9e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1263  nitrate transporter component, nrtA  41.69 
 
 
403 aa  219  7e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2820  nitrate transporter  33.92 
 
 
397 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.571583  normal  0.694753 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2528  nitrate transporter, putative  37.46 
 
 
370 aa  216  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.341637  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  40.06 
 
 
432 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  40.41 
 
 
382 aa  207  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1704  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  38.89 
 
 
410 aa  205  8e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  34.88 
 
 
491 aa  204  2e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2972  nitrate transporter component, nrtA  40.06 
 
 
402 aa  202  7e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1152  nitrate transporter, putative  35.36 
 
 
382 aa  200  3e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0919  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  40.23 
 
 
398 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3316  putative nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein  33.06 
 
 
461 aa  195  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163343  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  32.15 
 
 
461 aa  192  7e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  34.95 
 
 
467 aa  192  7e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3769  nitrate transporter, putative  37.94 
 
 
407 aa  190  4e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0177  nitrate transport ATP-binding protein  34.43 
 
 
454 aa  186  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125703  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  39.94 
 
 
380 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1662  periplasmic binding protein-like II  35.94 
 
 
392 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.429682  hitchhiker  0.00361023 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  31.88 
 
 
466 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03654  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  31.79 
 
 
469 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  31.86 
 
 
457 aa  179  4.999999999999999e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001607  nitrate ABC transporter nitrate-binding protein  32.61 
 
 
449 aa  179  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3039  putative nitrate transport protein  38.15 
 
 
389 aa  176  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3040  putative nitrate transport protein  32.69 
 
 
452 aa  175  9e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0757013  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05588  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic component  32.61 
 
 
454 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  29.53 
 
 
405 aa  175  9.999999999999999e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.02 
 
 
383 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1663  periplasmic binding protein-like II  31.42 
 
 
455 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.550763  normal  0.0123781 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.91 
 
 
385 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  30.89 
 
 
469 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1734  nitrate transporter, putative  37.46 
 
 
361 aa  170  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0918495  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2264  histidine kinase  30.71 
 
 
470 aa  169  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00574253  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  36.84 
 
 
347 aa  169  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  37.89 
 
 
353 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  36.84 
 
 
347 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  37.89 
 
 
353 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  37.89 
 
 
353 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  37.89 
 
 
353 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1133  nitrate transporter, putative  35.86 
 
 
406 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0226657  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4143  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  36.65 
 
 
347 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0553251 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.57 
 
 
353 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  28.9 
 
 
433 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4511  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  36.7 
 
 
353 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000302779  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1672  putative regulatory protein  45.54 
 
 
353 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3857  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  36.7 
 
 
350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5793  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.7 
 
 
350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1414  twin-arginine translocation pathway signal  30.64 
 
 
414 aa  162  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.922981 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0247  nitrate transport ATP-binding protein  45.07 
 
 
353 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  41.57 
 
 
353 aa  162  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  31.36 
 
 
414 aa  161  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  37.46 
 
 
353 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  29.91 
 
 
414 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  29.48 
 
 
417 aa  160  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2590  twin-arginine translocation pathway signal  30.99 
 
 
414 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0514763 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  30.59 
 
 
407 aa  158  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3267  twin-arginine translocation pathway signal  29.48 
 
 
414 aa  158  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159892  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4454  putative nitrate transport protein  38.92 
 
 
390 aa  158  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1392  NO3-/NO2- ABC transporter  31.37 
 
 
417 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  30.81 
 
 
427 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  31.61 
 
 
418 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  29.71 
 
 
414 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  30.03 
 
 
425 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  30.99 
 
 
419 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  31.58 
 
 
419 aa  151  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.41 
 
 
669 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  29.91 
 
 
426 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  33.58 
 
 
423 aa  150  4e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  30 
 
 
434 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  30.75 
 
 
419 aa  150  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  30.38 
 
 
420 aa  149  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  29.91 
 
 
426 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  29.41 
 
 
437 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  30.5 
 
 
414 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  29.91 
 
 
426 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1438  nitrate-binding proteint  32.75 
 
 
432 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.28551  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  30.5 
 
 
414 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  28.28 
 
 
450 aa  146  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  34.31 
 
 
404 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  30.91 
 
 
456 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  30.99 
 
 
668 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  28.53 
 
 
431 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  31.53 
 
 
415 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  33.72 
 
 
404 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>