213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5899 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5899  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (nitrate)  100 
 
 
423 aa  860    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1454  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  69.74 
 
 
425 aa  597  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1631  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  74.49 
 
 
424 aa  587  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0841796 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4527  putative nitrate transport protein  68.21 
 
 
435 aa  543  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1449  nitrate transporter component, nrtA  46.48 
 
 
403 aa  333  4e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1085  nitrate transporter component, nrtA  43.18 
 
 
415 aa  307  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4228  putative nitrate transport protein  43.22 
 
 
386 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0904389  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  38.39 
 
 
467 aa  304  2.0000000000000002e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1761  nitrate transporter component, nrtA  43.54 
 
 
386 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.786473  normal  0.0141893 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1210  putative nitrate transporter component, nrtA  42.78 
 
 
387 aa  299  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4138  putative nitrate transporter component, nrtA  42 
 
 
384 aa  287  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.349195 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2505  putative nitrate transport protein  43.1 
 
 
377 aa  286  5e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249861  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  39.47 
 
 
432 aa  279  8e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1263  nitrate transporter component, nrtA  40.25 
 
 
403 aa  278  2e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2820  nitrate transporter  38.46 
 
 
397 aa  259  5.0000000000000005e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.571583  normal  0.694753 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2972  nitrate transporter component, nrtA  40.4 
 
 
402 aa  258  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1704  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  39.04 
 
 
410 aa  257  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  38.56 
 
 
382 aa  255  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  37.12 
 
 
668 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001607  nitrate ABC transporter nitrate-binding protein  35.32 
 
 
449 aa  251  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05588  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic component  34.63 
 
 
454 aa  245  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0919  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  36.73 
 
 
398 aa  244  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  36.84 
 
 
669 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0177  nitrate transport ATP-binding protein  36.57 
 
 
454 aa  244  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125703  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4960  putative nitrate transport protein  40.8 
 
 
338 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2264  histidine kinase  36.17 
 
 
470 aa  241  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00574253  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  33.86 
 
 
466 aa  241  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  35.65 
 
 
457 aa  239  5e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.52 
 
 
668 aa  239  5.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03654  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  35.21 
 
 
469 aa  239  5.999999999999999e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.52 
 
 
668 aa  239  5.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3316  putative nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein  35.12 
 
 
461 aa  238  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163343  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  34.89 
 
 
469 aa  238  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1152  nitrate transporter, putative  38.98 
 
 
382 aa  237  3e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4497  putative nitrate transport protein  41.09 
 
 
338 aa  237  4e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  34.26 
 
 
491 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1133  nitrate transporter, putative  38.36 
 
 
406 aa  232  7.000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0226657  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5013  putative nitrate transport protein  41.45 
 
 
338 aa  231  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.826042 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  35.06 
 
 
657 aa  230  3e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  34.73 
 
 
461 aa  229  9e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3040  putative nitrate transport protein  38.08 
 
 
452 aa  225  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0757013  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.39 
 
 
385 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  33.16 
 
 
405 aa  222  9.999999999999999e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  33.96 
 
 
467 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.19 
 
 
380 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1663  periplasmic binding protein-like II  35.73 
 
 
455 aa  218  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.550763  normal  0.0123781 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1662  periplasmic binding protein-like II  35.79 
 
 
392 aa  218  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.429682  hitchhiker  0.00361023 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3769  nitrate transporter, putative  36.09 
 
 
407 aa  216  7e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3742  putative nitrate transport protein  43.44 
 
 
334 aa  216  7e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.114721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  33.58 
 
 
450 aa  215  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.26 
 
 
383 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  32.76 
 
 
431 aa  212  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  32.58 
 
 
433 aa  211  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2528  nitrate transporter, putative  36.24 
 
 
370 aa  210  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.341637  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.76 
 
 
669 aa  210  4e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.76 
 
 
669 aa  210  4e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3039  putative nitrate transport protein  35.68 
 
 
389 aa  209  5e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  33.1 
 
 
432 aa  209  6e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.75 
 
 
673 aa  209  9e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  31.37 
 
 
437 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  37.26 
 
 
353 aa  207  4e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  37.26 
 
 
353 aa  207  4e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  37.26 
 
 
353 aa  207  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  37.26 
 
 
353 aa  207  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1490  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  32.34 
 
 
663 aa  205  1e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.810592  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4923  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.55 
 
 
668 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.502071 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2301  putative nitrate transport protein  39.42 
 
 
333 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.910203 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1734  nitrate transporter, putative  36.75 
 
 
361 aa  204  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0918495  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4454  putative nitrate transport protein  36.36 
 
 
390 aa  204  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  30.97 
 
 
437 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  34.94 
 
 
407 aa  203  4e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  33.97 
 
 
475 aa  203  5e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  31.39 
 
 
434 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  31.6 
 
 
430 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  34.84 
 
 
419 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1672  putative regulatory protein  36.51 
 
 
353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  34.87 
 
 
419 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  32.41 
 
 
417 aa  200  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  31.41 
 
 
425 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0247  nitrate transport ATP-binding protein  36.24 
 
 
353 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  35.26 
 
 
403 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  30.98 
 
 
442 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  31.37 
 
 
414 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3857  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  38.77 
 
 
350 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4511  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  38.77 
 
 
353 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000302779  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  36.44 
 
 
353 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2580  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  34.34 
 
 
403 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.457398  hitchhiker  0.00316434 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  37.43 
 
 
347 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  31.03 
 
 
430 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  32.49 
 
 
414 aa  196  7e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  31.03 
 
 
430 aa  196  7e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5793  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  38.46 
 
 
350 aa  196  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  31.16 
 
 
414 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  37.43 
 
 
347 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  34.34 
 
 
440 aa  196  9e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  33.17 
 
 
456 aa  196  9e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2307  hypothetical protein  34.59 
 
 
403 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2105  hypothetical protein  34.09 
 
 
403 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.498438  hitchhiker  0.00655849 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.17 
 
 
353 aa  195  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  31.82 
 
 
414 aa  195  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>