234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4138 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4138  putative nitrate transporter component, nrtA  100 
 
 
384 aa  770    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.349195 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1210  putative nitrate transporter component, nrtA  67.89 
 
 
387 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1761  nitrate transporter component, nrtA  66.84 
 
 
386 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.786473  normal  0.0141893 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4228  putative nitrate transport protein  65.27 
 
 
386 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0904389  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2505  putative nitrate transport protein  46.49 
 
 
377 aa  340  2.9999999999999998e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249861  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4527  putative nitrate transport protein  43.16 
 
 
435 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  41.88 
 
 
467 aa  291  1e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1454  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  42.94 
 
 
425 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5899  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (nitrate)  42 
 
 
423 aa  287  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1631  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  42.78 
 
 
424 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0841796 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1263  nitrate transporter component, nrtA  44.33 
 
 
403 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1449  nitrate transporter component, nrtA  41.97 
 
 
403 aa  266  4e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  40.41 
 
 
382 aa  261  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1085  nitrate transporter component, nrtA  40.99 
 
 
415 aa  261  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2972  nitrate transporter component, nrtA  41.21 
 
 
402 aa  256  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4960  putative nitrate transport protein  42.03 
 
 
338 aa  251  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  40.57 
 
 
432 aa  250  3e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4497  putative nitrate transport protein  42.32 
 
 
338 aa  245  9e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2820  nitrate transporter  37.71 
 
 
397 aa  243  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.571583  normal  0.694753 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5013  putative nitrate transport protein  41.86 
 
 
338 aa  226  8e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.826042 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0919  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  37.35 
 
 
398 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2528  nitrate transporter, putative  39.04 
 
 
370 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.341637  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1152  nitrate transporter, putative  35.24 
 
 
382 aa  219  8.999999999999998e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1704  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  34.56 
 
 
410 aa  218  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1662  periplasmic binding protein-like II  38.11 
 
 
392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.429682  hitchhiker  0.00361023 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1133  nitrate transporter, putative  35.17 
 
 
406 aa  213  5.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0226657  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0177  nitrate transport ATP-binding protein  35.99 
 
 
454 aa  212  7.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125703  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001607  nitrate ABC transporter nitrate-binding protein  34.35 
 
 
449 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  34.43 
 
 
491 aa  211  1e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  35.52 
 
 
469 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03654  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  33.41 
 
 
469 aa  209  5e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  35.54 
 
 
466 aa  209  6e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.03 
 
 
668 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  33.98 
 
 
467 aa  207  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05588  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic component  34.69 
 
 
454 aa  207  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  33.42 
 
 
461 aa  203  4e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3040  putative nitrate transport protein  35.99 
 
 
452 aa  203  4e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0757013  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3769  nitrate transporter, putative  36.92 
 
 
407 aa  202  6e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.02 
 
 
669 aa  202  8e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2264  histidine kinase  33.8 
 
 
470 aa  201  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00574253  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.21 
 
 
668 aa  199  6e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.21 
 
 
668 aa  199  6e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1663  periplasmic binding protein-like II  34.16 
 
 
455 aa  195  9e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.550763  normal  0.0123781 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2301  putative nitrate transport protein  38.57 
 
 
333 aa  195  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.910203 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3316  putative nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein  33.33 
 
 
461 aa  192  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163343  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3039  putative nitrate transport protein  38.44 
 
 
389 aa  189  5.999999999999999e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  32.04 
 
 
457 aa  189  7e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  32.74 
 
 
657 aa  187  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3742  putative nitrate transport protein  38.71 
 
 
334 aa  186  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.114721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  30.61 
 
 
431 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1025  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  32.21 
 
 
667 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.129474 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.38 
 
 
669 aa  182  9.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.38 
 
 
669 aa  182  9.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  30.36 
 
 
434 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.96 
 
 
673 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1734  nitrate transporter, putative  35.73 
 
 
361 aa  181  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0918495  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  30.65 
 
 
405 aa  180  4e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4454  putative nitrate transport protein  35.61 
 
 
390 aa  179  5.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  34.15 
 
 
407 aa  179  8e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  30.61 
 
 
430 aa  176  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  30.61 
 
 
430 aa  176  7e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  29.85 
 
 
430 aa  176  7e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1490  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  30.49 
 
 
663 aa  175  9e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.810592  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  32.48 
 
 
425 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  31.02 
 
 
443 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  30.48 
 
 
437 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  29.91 
 
 
437 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4923  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.96 
 
 
668 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.502071 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2817  ABC transporter nitrate-binding protein (nrtA)  29.7 
 
 
438 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  35.82 
 
 
353 aa  172  9e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  35.82 
 
 
353 aa  172  9e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  35.82 
 
 
353 aa  172  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  35.82 
 
 
353 aa  172  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  31.94 
 
 
423 aa  172  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  32.02 
 
 
380 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  35.53 
 
 
353 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1672  putative regulatory protein  35.24 
 
 
353 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.96 
 
 
353 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  31.77 
 
 
404 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  35.14 
 
 
347 aa  169  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4143  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  36.39 
 
 
347 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0553251 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.48 
 
 
383 aa  169  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  35.61 
 
 
353 aa  169  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.6 
 
 
385 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  35.14 
 
 
347 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  30.92 
 
 
450 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  30.81 
 
 
442 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  31.51 
 
 
404 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.89 
 
 
427 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0247  nitrate transport ATP-binding protein  34.96 
 
 
353 aa  167  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  31.88 
 
 
437 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  30.37 
 
 
444 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  30.37 
 
 
444 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  30.59 
 
 
475 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  31.59 
 
 
417 aa  165  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1612  nitrate-binding protein NasS  32.55 
 
 
400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.837424  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  29.69 
 
 
433 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  30.88 
 
 
440 aa  163  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4511  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  35.38 
 
 
353 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000302779  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5793  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.38 
 
 
350 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>